66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0004 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0004  hypothetical protein  100 
 
 		 414 aa  791    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  26.67 
 
 		 4334 aa  87.8  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0102  putative calcium binding hemolysin protein  30.61 
 
 		 1217 aa  77  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2439  hemolysin-type calcium-binding region  35.94 
 
 		 1286 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.220432 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  32.47 
 
 		 2667 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2300  hypothetical protein  30.16 
 
 		 739 aa  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.259939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2864  RTX toxins and related Ca2+-binding protein- like protein  30.29 
 
 		 728 aa  63.5  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.792912 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1592  hemolysin-type calcium binding domain-containing protein  29.57 
 
 		 1789 aa  63.5  0.000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4562  hemolysin-type calcium-binding region  33.16 
 
 		 245 aa  62  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.478129 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1525  rhizobiocin/RTX toxin  30.7 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.715875  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1512  hemolysin-type calcium binding domain-containing protein  26.97 
 
 		 2107 aa  60.5  0.00000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.821841  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5076  hypothetical protein  32.16 
 
 		 736 aa  57.4  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4753  Hemolysin-type calcium-binding region  28.24 
 
 		 724 aa  57  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.321529  normal  0.052918 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0797  hypothetical protein  31.49 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1416  hypothetical protein  28.96 
 
 		 1424 aa  55.8  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259976  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6438  hypothetical protein  31.48 
 
 		 680 aa  56.2  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.541051 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0986  Hemolysin-type calcium binding domain protein  28.27 
 
 		 4798 aa  55.5  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0104  putative hemolysin-type calcium-binding protein  35.04 
 
 		 960 aa  54.7  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1287  VCBS  31.83 
 
 		 610 aa  53.9  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.535504  normal  0.448224 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1242  Hemolysin-type calcium-binding region  31.03 
 
 		 1400 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  30.2 
 
 		 3954 aa  53.5  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  27.72 
 
 		 1363 aa  52.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1059  RTX protein  34.55 
 
 		 2648 aa  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1355  hypothetical protein  27.55 
 
 		 500 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1696  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.13 
 
 		 1586 aa  52.4  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5021  RTX toxins and related Ca2+-binding protein- like protein  32 
 
 		 717 aa  51.2  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.63904  normal  0.0614603 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06445  bifunctional hemolysin-adenylate cyclase  31.9 
 
 		 860 aa  51.2  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06448  hemolysin A  27.11 
 
 		 1112 aa  50.8  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0327  hemolysin-type calcium binding protein  26.89 
 
 		 1814 aa  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0391395  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03668  putative hemolysin-type protein  30.09 
 
 		 692 aa  49.7  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4306  hemolysin-type calcium-binding region  34.13 
 
 		 682 aa  48.9  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0651981 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3869  Ca 2+ binding protein  27.25 
 
 		 1572 aa  48.9  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385063  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  28.95 
 
 		 1855 aa  48.5  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1355  hemolysin-type calcium-binding region  30.07 
 
 		 623 aa  48.5  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.530325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2786  hemolysin-type calcium-binding region  29.87 
 
 		 518 aa  48.9  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.248121  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1648  hemolysin-type calcium binding protein  34 
 
 		 940 aa  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0640  Hemolysin-type calcium-binding region  31.56 
 
 		 572 aa  47.8  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.128085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  26.32 
 
 		 824 aa  47.8  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06446  hypothetical protein  34.78 
 
 		 959 aa  47.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  26.92 
 
 		 3598 aa  47  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3629  hemolysin-type calcium-binding region  27.42 
 
 		 589 aa  46.6  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.170344 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2206  Cadherin  34.34 
 
 		 928 aa  46.6  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.802036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.29 
 
 		 1236 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  30.79 
 
 		 2775 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1662  hemolysin-type calcium-binding region  25.93 
 
 		 260 aa  45.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0281  protein of unknown function DUF839  32.9 
 
 		 686 aa  45.8  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0804  hemolysin-type calcium-binding region  32.7 
 
 		 2885 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3999  phytase  28.49 
 
 		 1844 aa  45.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  32.42 
 
 		 950 aa  45.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0016  hypothetical protein  24.78 
 
 		 468 aa  45.4  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1057  putative DNA methylase  30 
 
 		 1787 aa  45.1  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.574551  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2409  hypothetical protein  31.46 
 
 		 15831 aa  44.7  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  31.46 
 
 		 1279 aa  44.7  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2500  Hemolysin-type calcium-binding region  41.96 
 
 		 932 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  31.08 
 
 		 946 aa  44.7  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  31.21 
 
 		 2954 aa  44.7  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  28.88 
 
 		 589 aa  44.3  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1877  Hemolysin-type calcium-binding region  28.97 
 
 		 4800 aa  43.9  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1441  Ig family protein  26.95 
 
 		 2245 aa  43.9  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.195412  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0246  putative calcium binding hemolysin protein  27.62 
 
 		 1156 aa  43.5  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3872  hemolysin-type calcium-binding region  28.99 
 
 		 1895 aa  43.9  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1054  hypothetical protein  34.88 
 
 		 527 aa  43.5  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0263  hypothetical protein  28.69 
 
 		 742 aa  43.5  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4310  Hemolysin-type calcium-binding region  32.39 
 
 		 620 aa  43.1  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0262  Hemolysin-type calcium-binding region  28.99 
 
 		 729 aa  43.5  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0558  hypothetical protein  29.43 
 
 		 1880 aa  43.1  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>