14 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0038 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0038  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0042  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.217311  normal  0.0105918 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0033  tRNA-Cys  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0980795  normal  0.992488 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0031  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.392405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA45  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0027    86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0027  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.925736  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0816  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.713516  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0002  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0035  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00020868  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>