More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4654 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0749  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  82.19 
 
 
556 aa  924    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0093  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  58.83 
 
 
558 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1540  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  58.88 
 
 
560 aa  651    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4654  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  100 
 
 
562 aa  1150    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0671  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  63.57 
 
 
549 aa  741    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.519849  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6640  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  69.04 
 
 
562 aa  801    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2696  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  58.03 
 
 
556 aa  658    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1422  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  58.03 
 
 
556 aa  656    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314547  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0892  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  57.97 
 
 
559 aa  652    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316468  normal  0.0805923 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0880  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  93.24 
 
 
562 aa  1082    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.436676  normal  0.55485 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1222  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  58.21 
 
 
558 aa  657    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677268  normal  0.0150752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0743  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  81.51 
 
 
564 aa  944    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1325  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  58.58 
 
 
560 aa  631  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1628  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  56.24 
 
 
552 aa  629  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00278933  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0732  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  58.66 
 
 
560 aa  631  1e-179  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.693691  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3659  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  57.82 
 
 
555 aa  629  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2944  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  56.62 
 
 
552 aa  627  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3907  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  56 
 
 
558 aa  621  1e-177  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2008  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  55.85 
 
 
573 aa  613  9.999999999999999e-175  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.274826  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0220  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  56.91 
 
 
575 aa  610  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.205685  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0074  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  55.35 
 
 
556 aa  601  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5224  benzoyl-CoA-dihydrodiol lyase  53.09 
 
 
548 aa  563  1.0000000000000001e-159  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2829  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.41 
 
 
265 aa  91.7  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1857  enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.99 
 
 
270 aa  84.3  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.172746  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2001  short chain enoyl-CoA hydratase  34.21 
 
 
259 aa  81.3  0.00000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1664  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  28.51 
 
 
717 aa  76.6  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0455542  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4309  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.53 
 
 
249 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.184062  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4079  short chain enoyl-CoA hydratase  29.53 
 
 
249 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4155  short chain enoyl-CoA hydratase  29.53 
 
 
249 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0408  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  31.06 
 
 
724 aa  74.3  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02700  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.35 
 
 
719 aa  73.6  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2117  enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.05 
 
 
261 aa  73.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.409112 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2854  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.11 
 
 
257 aa  72.4  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.509119  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09590  short chain enoyl-CoA hydratase  30.77 
 
 
268 aa  71.6  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0374629  normal  0.0718522 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0337  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  29.29 
 
 
659 aa  72  0.00000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.598683  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4588  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.9 
 
 
268 aa  71.6  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.61629  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0901  hypothetical protein  34.38 
 
 
258 aa  70.9  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2603  short chain enoyl-CoA hydratase  31.33 
 
 
263 aa  70.9  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.167852  normal  0.240881 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2444  enoyl-CoA hydratase  32.43 
 
 
260 aa  70.9  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2607  enoyl-CoA hydratase  33.53 
 
 
262 aa  70.9  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.43779  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01709  fatty oxidation complex alpha subunit  32.75 
 
 
693 aa  70.9  0.00000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1308  enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.99 
 
 
253 aa  70.5  0.00000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000837602 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1837  enoyl-CoA hydratase  31.71 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.334105  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4162  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  33.33 
 
 
723 aa  69.7  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.180685 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2552  enoyl-CoA hydratase  33.53 
 
 
262 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0932  hypothetical protein  34.38 
 
 
258 aa  70.1  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1806  enoyl-CoA hydratase  32.34 
 
 
262 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.595083  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2808  enoyl-CoA hydratase  32.11 
 
 
262 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000147189 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2515  enoyl-CoA hydratase  32.94 
 
 
262 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2881  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  28.26 
 
 
715 aa  68.9  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452872  normal  0.163686 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3100  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.33 
 
 
264 aa  68.9  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000599217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6109  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding protein  36.59 
 
 
718 aa  68.6  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.403763  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0436  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.46 
 
 
725 aa  68.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.977403  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0437  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.55 
 
 
725 aa  68.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2721  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.39 
 
 
714 aa  68.2  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3779  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.18 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.834377  normal  0.388082 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2374  enoyl-CoA hydratase  32.94 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2551  enoyl-CoA hydratase  32.94 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2500  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.46 
 
 
714 aa  68.2  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273227  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0936  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.47 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2564  enoyl-CoA hydratase  32.94 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45986e-17 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3593  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.95 
 
 
264 aa  67.8  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.127236  normal  0.0102117 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2280  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.11 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2331  enoyl-CoA hydratase  32.94 
 
 
262 aa  67.8  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1572  short chain enoyl-CoA hydratase  36.67 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150745  normal  0.335046 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4604  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  32.35 
 
 
738 aa  67.8  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2213  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.33 
 
 
257 aa  67.8  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0591948  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0829  enoyl-CoA hydratase  32 
 
 
257 aa  67.8  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1743  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  29.44 
 
 
663 aa  67.4  0.0000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.987316  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4169  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  23.68 
 
 
280 aa  67.8  0.0000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3890  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding protein  31.13 
 
 
711 aa  67.8  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0297605  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30240  short chain enoyl-CoA hydratase /3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  36.97 
 
 
728 aa  67.4  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1316  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.65 
 
 
260 aa  67.8  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.200035  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4093  short chain enoyl-CoA hydratase  28.65 
 
 
266 aa  67.4  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2301  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.33 
 
 
257 aa  67.4  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.684552  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4034  carnitinyl-CoA dehydratase  28.99 
 
 
261 aa  67.4  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2290  enoyl-CoA hydratase  32.35 
 
 
262 aa  67  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8123  enoyl-CoA hydratase  30.67 
 
 
257 aa  67  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.86506  normal  0.402683 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1505  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding protein  31.1 
 
 
735 aa  67  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.216267 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2637  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.39 
 
 
714 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3225  carnitinyl-CoA dehydratase  28.5 
 
 
261 aa  67  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02265  fused enoyl-CoA hydratase and epimerase and isomerase/3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  28.98 
 
 
714 aa  67  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02226  hypothetical protein  28.98 
 
 
714 aa  67  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0807  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  31.33 
 
 
738 aa  67  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.35193 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0841  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  30.69 
 
 
662 aa  67  0.0000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1316  fatty acid oxidation complex, alpha subunit FadJ  29.39 
 
 
714 aa  67  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3378  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.41 
 
 
721 aa  66.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1312  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.39 
 
 
714 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.474156  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0541  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  31.49 
 
 
661 aa  66.6  0.000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.000690617 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2597  fatty acid oxidation complex, alpha subunit FadJ  34.25 
 
 
714 aa  66.6  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2492  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.39 
 
 
714 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1762  short chain enoyl-CoA hydratase  27.35 
 
 
267 aa  66.6  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0266496  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002857  fatty oxidation complex alpha subunit FadJ  28.46 
 
 
703 aa  66.6  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3041  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.02 
 
 
260 aa  66.6  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0775149  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1202  enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.61 
 
 
261 aa  65.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.255383  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0254  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.71 
 
 
262 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.168242  normal  0.0914474 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2337  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.91 
 
 
280 aa  65.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0655331  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0565  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  28.49 
 
 
708 aa  65.9  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.486274  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2625  enoyl-CoA hydratase-isomerase  32.94 
 
 
257 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0382  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  29.89 
 
 
775 aa  65.1  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>