50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4438 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4438  SpoVT/AbrB-like  100 
 
 		 106 aa  213  7e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.844975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4599  putative nitrogen regulatory protein  77.61 
 
 		 86 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.589266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1682  SpoVT/AbrB-like  53.16 
 
 		 82 aa  72.8  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.134426  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0233  SpoVT/AbrB domain-containing protein  61.54 
 
 		 89 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3967  SpoVT/AbrB domain-containing protein  66.67 
 
 		 80 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239536  normal  0.337915 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3460  SpoVT/AbrB domain-containing protein  66.67 
 
 		 80 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910373  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0152  SpoVT/AbrB-like protein  46.25 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.887256  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1916  SpoVT/AbrB-like protein  62.22 
 
 		 55 aa  58.5  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3906  SpoVT/AbrB domain-containing protein  39.47 
 
 		 77 aa  57.8  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.5498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0601  SpoVT/AbrB domain protein  51.79 
 
 		 75 aa  56.6  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0989005  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0443  putative nitrogen regulatory protein NtrP  44.44 
 
 		 92 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0092  virulence associated protein B  61.9 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2473  virulence associated protein B  41.03 
 
 		 75 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00364614  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4630  SpoVT/AbrB-like protein  55.1 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.393791  normal  0.205384 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0729  SpoVT/AbrB domain protein  57.14 
 
 		 77 aa  54.7  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.295778  hitchhiker  0.00050185 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6177  putative virulence-associated protein homologue  58.49 
 
 		 80 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.576491  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1867  SpoVT/AbrB domain-containing protein  41.03 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0477  virulence protein, putative  43.21 
 
 		 76 aa  53.5  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0637  SpoVT/AbrB domain protein  43.21 
 
 		 76 aa  53.5  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4146  SpoVT/AbrB domain-containing protein  41 
 
 		 111 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.580775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2827  SpoVT/AbrB-like  63.41 
 
 		 86 aa  52.4  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0643594  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1096  virulence associated protein B  50 
 
 		 85 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2062  SpoVT/AbrB-like  66.67 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6877  SpoVT/AbrB domain-containing protein  47.06 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.755088  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0482  SpoVT/AbrB domain-containing protein  39.71 
 
 		 87 aa  50.4  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0067  SpoVT/AbrB domain protein  54.76 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1485  SpoVT/AbrB family protein  42.86 
 
 		 81 aa  49.7  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.659289  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0897  SpoVT/AbrB domain protein  39.74 
 
 		 82 aa  48.1  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.502606  normal  0.0264449 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2367  hypothetical protein  61.54 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6254  SpoVT/AbrB domain-containing protein  45.1 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0237746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2718  virulence-associated protein VapB-like  50 
 
 		 102 aa  47.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2596  SpoVT/AbrB-like protein  41.56 
 
 		 77 aa  47  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0157  SpoVT/AbrB domain protein  45.61 
 
 		 90 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1578  virulence-associated protein  44.44 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.962884  normal  0.0411245 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0796  virulence-associated protein VapB-like protein  46.51 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1565  SpoVT/AbrB domain-containing protein  40 
 
 		 88 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283133  normal  0.296294 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4793  SpoVT/AbrB-like protein  40 
 
 		 87 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0360396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1318  virulence-associated protein VapB-like protein  43.9 
 
 		 79 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1544  SpoVT/AbrB domain-containing protein  39.39 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3730  SpoVT/AbrB-like  45.24 
 
 		 78 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2392  virulence-associated protein VapB-like protein  42.86 
 
 		 79 aa  44.7  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1510  putative virulence-associated protein  66.67 
 
 		 86 aa  44.7  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.239503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2771  SpoVT/AbrB like domain protein  42.86 
 
 		 79 aa  44.7  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.551096  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1877  SpoVT/AbrB-like protein  38.96 
 
 		 87 aa  44.3  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5366  SpoVT/AbrB domain protein  37.97 
 
 		 76 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511901  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1770  hypothetical protein  41.79 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2551  virulence-associated protein VapB-like protein  38.18 
 
 		 102 aa  43.5  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.420847  normal  0.0335146 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3379  SpoVT/AbrB-like  56.41 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3733  Virulence-associated protein  54.29 
 
 		 100 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3559  SpoVT/AbrB domain-containing protein  48.98 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>