72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4379 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4379  hypothetical protein  100 
 
 
400 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.204255  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4263  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  86.25 
 
 
400 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409839  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4968  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  80.75 
 
 
400 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1528  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  60.46 
 
 
368 aa  371  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3665  YeeE/YedE family membrane protein  44.17 
 
 
352 aa  233  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318075  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4152  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  42.59 
 
 
347 aa  206  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0839918  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0151  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  38.53 
 
 
345 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2872  hypothetical protein  38.59 
 
 
357 aa  193  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.418737  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3923  hypothetical protein  37.39 
 
 
348 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.554926 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2813  hypothetical protein  37.21 
 
 
362 aa  179  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.106511 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0739  hypothetical protein  35.52 
 
 
371 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.359729  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2696  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  39.4 
 
 
360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4145  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  36.84 
 
 
349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689999  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2671  hypothetical protein  34.45 
 
 
371 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00350575  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0811  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  33.43 
 
 
373 aa  161  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.865482  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1028  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  34.43 
 
 
373 aa  160  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0799  YeeE/YedE  33.53 
 
 
373 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236196  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0688  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  36.89 
 
 
371 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4041  YeeE/YedE  33.61 
 
 
367 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3776  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  36.34 
 
 
373 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0732  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  36.89 
 
 
371 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.90241  normal  0.157208 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1268  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  41.28 
 
 
368 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4970  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  36.09 
 
 
351 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.317851  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4381  hypothetical protein  35.87 
 
 
351 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1667  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  31.15 
 
 
423 aa  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.432658  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1941  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  34.27 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.368246 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0777  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  33.23 
 
 
368 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.226768  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2201  transmembrane protein  31.65 
 
 
420 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000866574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3681  putative membrane protein of unknown function with YeeE/YedE motives  34.02 
 
 
366 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241689  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0571  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.45 
 
 
423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.484751  normal  0.560137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3126  YeeE/YedE  33.23 
 
 
361 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1485  putative transmembrane protein  34.64 
 
 
374 aa  113  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.552146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4250  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  34.52 
 
 
363 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.778498  normal  0.233136 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1966  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  30.73 
 
 
421 aa  106  8e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629772  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4366  hypothetical protein  33.64 
 
 
363 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4955  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  33.13 
 
 
370 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2224  hypothetical protein  29.97 
 
 
421 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1987  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  40.32 
 
 
374 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1097  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  30.57 
 
 
355 aa  96.3  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1287  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.56 
 
 
364 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.298807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3774  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.27 
 
 
374 aa  94.4  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00550  predicted transporter component  30.29 
 
 
385 aa  94  4e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3909  hypothetical protein  32.24 
 
 
353 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.192183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2440  putative transmembrane protein  31.14 
 
 
373 aa  92.4  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.746191  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2151  YeeE/YedE family membrane protein  26.67 
 
 
352 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1627  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.09 
 
 
352 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.275433 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01902  hypothetical protein  26.38 
 
 
352 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04720  YeeE/YedE family protein (DUF395)  28.83 
 
 
359 aa  85.1  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01916  predicted inner membrane protein  26.38 
 
 
352 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2119  hypothetical protein  23.51 
 
 
359 aa  84.7  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0187465  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2946  membrane protein, YeeE/YedE family  26.09 
 
 
352 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000897604 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2082  hypothetical protein  23.51 
 
 
359 aa  84.7  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000100553  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1047  YeeE/YedE family membrane protein  26.38 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.588627  normal  0.12651 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4161  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  28.23 
 
 
360 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2304  YeeE/YedE family membrane protein  26 
 
 
349 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1644  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.07 
 
 
334 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1823  transporter component  26.28 
 
 
343 aa  71.2  0.00000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00974172  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2101  inner membrane protein YeeE  25.21 
 
 
344 aa  70.1  0.00000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0511  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.38 
 
 
330 aa  63.9  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000413537  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1759  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  26.99 
 
 
332 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000112803  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22780  YeeE/YedE family protein (DUF395)  26.84 
 
 
375 aa  56.2  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1691  hypothetical protein  27.86 
 
 
386 aa  54.3  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.187562 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04350  YeeE/YedE family protein (DUF395)  23.85 
 
 
355 aa  53.1  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217444 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1055  hypothetical protein  28.48 
 
 
371 aa  50.1  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.523045  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0449  hypothetical protein  31.25 
 
 
394 aa  49.7  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3453  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  27.06 
 
 
371 aa  49.3  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0045  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  29.82 
 
 
216 aa  48.5  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1170  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  32.65 
 
 
368 aa  47.8  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.100634  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3683  hypothetical protein  29.21 
 
 
186 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2590  hypothetical protein  26.75 
 
 
455 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1260  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  32.74 
 
 
402 aa  45.4  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5899  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  29.14 
 
 
404 aa  43.1  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0653542  normal  0.677854 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>