34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4276 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4276  hypothetical protein  100 
 
 
95 aa  191  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4937  hypothetical protein  56.82 
 
 
99 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0968098  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6131  hypothetical protein  50.82 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0823462 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3800  hypothetical protein  45.45 
 
 
74 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291016  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2056  hypothetical protein  40.91 
 
 
80 aa  52.8  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3725  hypothetical protein  34.29 
 
 
88 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3450  hypothetical protein  42 
 
 
91 aa  50.4  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0951964  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4254  hypothetical protein  40.91 
 
 
85 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319334  normal  0.900273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2482  hypothetical protein  44 
 
 
103 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0500007  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6286  hypothetical protein  47.73 
 
 
245 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0052  hypothetical protein  43.1 
 
 
80 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0176443  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4690  hypothetical protein  38.1 
 
 
88 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2546  hypothetical protein  33.33 
 
 
84 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.256304  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3779  hypothetical protein  42.31 
 
 
89 aa  47  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0936  hypothetical protein  36.07 
 
 
91 aa  45.4  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0280  hypothetical protein  27.78 
 
 
95 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.929583  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2451  hypothetical protein  39.44 
 
 
109 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.459872  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6950  hypothetical protein  31.58 
 
 
198 aa  43.9  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3823  hypothetical protein  44.74 
 
 
113 aa  43.5  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.661206  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2441  hypothetical protein  40 
 
 
85 aa  43.5  0.0009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0176869 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2012  hypothetical protein  35.94 
 
 
240 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.502792  normal  0.293014 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1551  hypothetical protein  33.33 
 
 
84 aa  43.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1105  hypothetical protein  42.86 
 
 
175 aa  43.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2659  hypothetical protein  36.51 
 
 
84 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6758  hypothetical protein  32.35 
 
 
80 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1341  hypothetical protein  38.57 
 
 
89 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0540863 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2498  cysteine-rich repeat-containing protein  26.61 
 
 
169 aa  42.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2522  hypothetical protein  33.33 
 
 
84 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1991  hypothetical protein  39.62 
 
 
144 aa  42  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.39715  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0584  hypothetical protein  39.02 
 
 
83 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  decreased coverage  0.00189585 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2220  hypothetical protein  41.18 
 
 
103 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.595512  normal  0.241423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3243  hypothetical protein  38.46 
 
 
104 aa  41.2  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1716  hypothetical protein  40 
 
 
77 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214011  normal  0.0942361 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0455  hypothetical protein  33.33 
 
 
227 aa  40.4  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.462018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>