194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4260 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4260  DGPF protein  100 
 
 		 123 aa  249  7e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.286045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4161  hypothetical protein  93.5 
 
 		 123 aa  237  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.78704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1298  DGPFAETKE family protein  90.24 
 
 		 123 aa  226  6e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.670188  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1364  YCII-related  77.24 
 
 		 123 aa  196  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.524126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6898  hypothetical protein  73.55 
 
 		 122 aa  186  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.788351  normal  0.0941617 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1747  YCII-related  70.34 
 
 		 126 aa  176  8e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0003  DGPFAETKE family protein  64.17 
 
 		 124 aa  162  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398282  hitchhiker  0.0000769661 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4188  DGPFAETKE family protein  70.34 
 
 		 124 aa  158  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.974254 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1110  DGPFAETKE family protein  63.41 
 
 		 126 aa  155  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3965  DGPFAETKE family protein  60.83 
 
 		 121 aa  154  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.34547  normal  0.855639 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3127  YCII-related  62.6 
 
 		 124 aa  152  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2858  DGPFAETKE family protein  60.98 
 
 		 124 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0828  DGPFAETKE family protein  68.33 
 
 		 131 aa  142  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1474  DGPFAETKE domain-containing protein  54.62 
 
 		 128 aa  139  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.847936  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1379  DGPFAETKE family protein  55.83 
 
 		 129 aa  136  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4062  DGPFAETKE family protein  39.5 
 
 		 114 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4555  DGPFAETKE family protein  38.66 
 
 		 114 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1334  DGPFAETKE family protein  38.66 
 
 		 114 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.277602 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3850  DGPFAETKE family protein  40.16 
 
 		 114 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3319  hypothetical protein  39.47 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.419553  hitchhiker  0.0000411841 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2336  YCII-related  39.47 
 
 		 118 aa  67  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000398459  hitchhiker  0.000316604 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4454  DGPFAETKE domain-containing protein  38.94 
 
 		 122 aa  67  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4327  DGPFAETKE  37.72 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.189764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46830  hypothetical protein  37.39 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000423585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2176  DGPFAETKE family protein  33.9 
 
 		 119 aa  65.1  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.66649  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3455  YCII-related protein  39.64 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8876  YCII-related protein  37.72 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0955  DGPFAETKE family protein  41.96 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.410711  normal  0.159018 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3536  YCII-related protein  39.66 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3416  YCII-related protein  49.28 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.162675  hitchhiker  0.00509587 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6406  DGPFAETKE family protein  33.61 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.177622  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1553  YCII-related protein  51.43 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.374591 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2210  YCII-related protein  36.29 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.822068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0409  DGPFAETKE family protein  36.94 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00347395  normal  0.0963285 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2507  YCII-related protein  32.74 
 
 		 114 aa  61.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.521642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4035  DGPF domain-containing protein  38.26 
 
 		 116 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4175  hypothetical protein  35 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2144  YCII-related protein  30.97 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2170  YCII-related protein  46.27 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.87091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6291  DGPFAETKE family protein  32.76 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0814  YCII-related protein  38.84 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.487046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3474  YCII-related  50 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116135  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3855  hypothetical protein  34.75 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.936414 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0961  DGPFAETKE family protein  35.34 
 
 		 116 aa  57  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5546  DGPFAETKE family protein  35.29 
 
 		 132 aa  57  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.112549  normal  0.266141 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6185  hypothetical protein  31.9 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353039  normal  0.674023 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0824  DGPFAETKE family protein  43.48 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0396  DGPFAETKE family protein  33.33 
 
 		 120 aa  56.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1334  DGPFAETKE family protein  41.89 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177164  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0545  YCII-related protein  37.72 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.150513  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1112  YCII-related  32.76 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0499919 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1406  YCII-related protein  31.03 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48237  normal  0.318259 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3072  DGPFAETKE domain-containing protein  45.45 
 
 		 117 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2503  YCII-related protein  30.7 
 
 		 122 aa  53.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4396  hypothetical protein  48.44 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0759442  normal  0.0566576 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3428  DGPFAETKE domain-containing protein  30.43 
 
 		 226 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0198  YCII-related protein  45 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.569189  normal  0.0536776 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18250  hypothetical protein  45.28 
 
 		 139 aa  52.4  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2136  YCII-related protein  45.28 
 
 		 139 aa  52.4  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4943  DGPFAETKE family protein  43.06 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0561  YCII-related protein  35.04 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0502519 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3549  YCII-related  33.63 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1555  YCII-related  45.9 
 
 		 118 aa  51.2  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00194658  normal  0.0318419 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2314  DGPFAETKE family protein  42.68 
 
 		 118 aa  51.6  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.268997 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1521  YCII-related protein  31.25 
 
 		 118 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000673434 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3323  YCII-related protein  29.31 
 
 		 120 aa  50.8  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0170058  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3057  YCII-related protein  35.96 
 
 		 116 aa  50.4  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00227791  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4760  YCII-related protein  34.65 
 
 		 130 aa  50.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000445708  hitchhiker  0.000508919 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4928  DGPFAETKE family protein  31.62 
 
 		 117 aa  50.4  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0813146 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0472  YCII-related protein  43.84 
 
 		 115 aa  50.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.354888  normal  0.131281 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5460  hypothetical protein  27.59 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.382977  normal  0.0527528 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3252  DGPFAETKE family protein  32.74 
 
 		 112 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.899565  normal  0.150715 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2715  DGPFAETKE family protein  29.51 
 
 		 126 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.651883  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4403  DGPFAETKE family protein  33.98 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4076  YCII-related protein  45.28 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4218  DGPFAETKE family protein  39.39 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0382  YCII-related protein  39.53 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00477239  decreased coverage  0.00575194 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0260  hypothetical protein  28.07 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0261  hypothetical protein  31.58 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0813  YCII-related protein  29.91 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0226  YCII-related protein  33.04 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1441  DGPF domain-containing protein  28.07 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1442  DGPF domain-containing protein  31.58 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1638  DGPF domain-containing protein  28.07 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1639  DGPF domain-containing protein  31.58 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2634  DGPF domain-containing protein  31.58 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.821675  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2496  DGPF domain-containing protein  31.58 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2497  DGPF domain-containing protein  28.07 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706224  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0293  DGPF domain-containing protein  28.07 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.493225  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0294  DGPF domain-containing protein  31.58 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.360873  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0929  DGPF domain-containing protein  31.58 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0931  DGPF domain-containing protein  28.07 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2635  DGPF domain-containing protein  28.07 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.230357  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2918  DGPFAETKE family protein  33.98 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4227  YCII-related protein  40.91 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0725817 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2256  YCII-related protein  40.3 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0567  YCII-related protein  31.46 
 
 		 111 aa  47.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.115419  normal  0.692983 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2464  YCII-related protein  34.83 
 
 		 120 aa  47.4  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0107767  hitchhiker  0.00332743 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0245  hypothetical protein  33.33 
 
 		 135 aa  47.4  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8235  YCII-related protein  33.33 
 
 		 139 aa  47.4  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>