29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4117 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4117  flagellar hook-length control protein  100 
 
 
525 aa  995    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3963  flagellar hook-length control protein  70.35 
 
 
526 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.687066  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1495  flagellar hook-length control protein  44.84 
 
 
532 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0986  flagellar hook-length control protein  70.2 
 
 
534 aa  216  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000102639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1880  putative flagellar hook length determination protein  46.56 
 
 
542 aa  202  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0602  flagellar hook-length control protein  62.13 
 
 
528 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.174165  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0694  flagellar hook-length control protein  50.38 
 
 
525 aa  194  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2187  flagellar hook-length control protein  45.99 
 
 
495 aa  123  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5062  flagellar hook-length control protein  44.35 
 
 
526 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5119  flagellar hook-length control protein  46.58 
 
 
446 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0145364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6064  flagellar hook-length control protein  47.92 
 
 
387 aa  97.4  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.467248  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0690  flagellar hook-length control protein  37.93 
 
 
641 aa  92.4  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.464695 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4463  flagellar hook-length control protein  42.86 
 
 
463 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4095  flagellar hook-length control protein  42.86 
 
 
463 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1008  flagellar hook-length control protein  33.33 
 
 
558 aa  79.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345301  normal  0.688575 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0548  flagellar hook-length control protein  40.22 
 
 
607 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0503077  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3364  putative flagellar hook-length control protein  32.1 
 
 
778 aa  50.4  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1711  putative flagellar hook-length control protein FliK  31.15 
 
 
674 aa  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2977  hypothetical protein  31.06 
 
 
528 aa  48.1  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.618788  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03156  hypothetical protein  30.3 
 
 
686 aa  46.2  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1713  hypothetical protein  34.09 
 
 
592 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0847  flagellar hook-length control protein  28.47 
 
 
504 aa  46.2  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2434  flagellar hook-length control protein  29.32 
 
 
693 aa  46.2  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5853  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1047  motD-related protein  31.5 
 
 
420 aa  45.1  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002820  flagellar hook-length control protein FliK  30.3 
 
 
623 aa  45.1  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1634  flagellar hook-length control protein  32.18 
 
 
531 aa  43.9  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0344613  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1142  motD-related protein  30.16 
 
 
420 aa  44.3  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3888  hypothetical protein  33.33 
 
 
428 aa  43.9  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.669233  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45830  hypothetical protein  38.75 
 
 
427 aa  43.9  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>