More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4108 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4108  diguanylate cyclase  100 
 
 		 320 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.87577  normal  0.0844825 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 327 aa  139  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1035  response regulator  46.15 
 
 		 380 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0905  response regulator receiver modulated serine phosphatase  46.15 
 
 		 380 aa  133  3e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0915  sigma factor sigB regulation protein  46.15 
 
 		 380 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116334  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0898  sigma factor sigB regulation protein  46.15 
 
 		 380 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.503671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1070  response regulator  46.15 
 
 		 358 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.209800000000002e-41 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  46.15 
 
 		 380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1161  response regulator  45.45 
 
 		 380 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4268  response regulator  45.45 
 
 		 380 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568873 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0930  response regulator  45.45 
 
 		 380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0994  response regulator  45.45 
 
 		 380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 571 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 317 aa  113  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.9 
 
 		 338 aa  109  5e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.11 
 
 		 312 aa  102  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 317 aa  99  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 317 aa  99  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 461 aa  98.6  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.39 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.39 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.73 
 
 		 454 aa  98.2  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4555  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.28 
 
 		 406 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 457 aa  97.8  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4702  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  40.74 
 
 		 381 aa  97.4  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0901362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.25 
 
 		 455 aa  97.1  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0959  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 		 372 aa  96.3  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 322 aa  95.9  8e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.09 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.75 
 
 		 457 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.97 
 
 		 584 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.31 
 
 		 844 aa  95.1  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  40.76 
 
 		 369 aa  94.7  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.847548  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  42.75 
 
 		 457 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  33.18 
 
 		 457 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  30.4 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  48.11 
 
 		 449 aa  93.6  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  33.18 
 
 		 457 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.68 
 
 		 455 aa  93.6  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  30.11 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  32.29 
 
 		 457 aa  93.2  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.98 
 
 		 461 aa  92.8  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2180  response regulator receiver  40 
 
 		 151 aa  92.8  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.269305  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2262  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 		 406 aa  92.4  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.146487 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 464 aa  92  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  31.67 
 
 		 457 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 465 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1391  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 		 373 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.540189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 314 aa  90.5  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0130  two component transcriptional regulator  32.5 
 
 		 260 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.907894  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01471  two-component response regulator  32.5 
 
 		 260 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.37604  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.35 
 
 		 374 aa  90.5  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  32.58 
 
 		 457 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01451  two-component response regulator  32.5 
 
 		 260 aa  90.5  4e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  31.84 
 
 		 457 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0809  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.47 
 
 		 367 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  29.89 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 357 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  32.27 
 
 		 466 aa  89.4  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  35.25 
 
 		 458 aa  89  9e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 469 aa  89  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01561  two-component response regulator  31.87 
 
 		 260 aa  89  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.22181  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3109  response regulator receiver  34.33 
 
 		 285 aa  89  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0893452  normal  0.677049 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 		 443 aa  88.6  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  36.5 
 
 		 456 aa  88.6  1e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  36.96 
 
 		 457 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.08 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 357 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.25 
 
 		 458 aa  87.8  2e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3616  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  39.87 
 
 		 393 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159723  normal  0.789101 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2179  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  38.76 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.378064  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0836  response regulator receiver protein  37.66 
 
 		 395 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.75 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2188  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 		 384 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00677544 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2205  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.49 
 
 		 887 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.188088 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1815  response regulator receiver domain-containing protein  35.92 
 
 		 411 aa  87.8  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.800608  normal  0.49797 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2378  two component transcriptional regulator  32.92 
 
 		 262 aa  87  4e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.936352 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3999  adenylate/guanylate cyclase  32.19 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  37.69 
 
 		 462 aa  87  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3072  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.37 
 
 		 353 aa  87  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000480818 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.88 
 
 		 310 aa  86.7  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1963  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.53 
 
 		 246 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.470012 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 		 612 aa  86.7  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2855  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 		 348 aa  86.7  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1936  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.53 
 
 		 246 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1777  metal dependent phosphohydrolase, HD region with response regulator receiver modulation  39.53 
 
 		 414 aa  86.3  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.72 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  36.8 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0045  adenylate/guanylate cyclase  37.01 
 
 		 382 aa  86.3  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.62 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3637  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.13 
 
 		 246 aa  86.3  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4937  two component transcriptional regulator  33.73 
 
 		 257 aa  86.3  6e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.565868 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  34.88 
 
 		 461 aa  85.9  7e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 322 aa  86.3  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1038  sensory box histidine kinase/response regulator  37.58 
 
 		 513 aa  85.9  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>