More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3890 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3890  ABC transporter related  100 
 
 		 255 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.563961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4099  ABC transporter related  57.96 
 
 		 251 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1819  ABC transporter related  57.2 
 
 		 253 aa  289  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1520  ABC transporter related  60.17 
 
 		 270 aa  288  4e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0909  ABC transporter related  58.82 
 
 		 248 aa  281  8.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.179486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2940  ABC transporter related  58.47 
 
 		 255 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0524506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0575  ABC transporter related  59.02 
 
 		 248 aa  279  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3361  ABC transporter related  56.1 
 
 		 247 aa  278  5e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280372  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0695  ABC transporter related  56.38 
 
 		 252 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.321828  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01742  amino-acid composite ATP-binding transmembrane ABC transporter protein  55.06 
 
 		 247 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.823741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0027  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  55.1 
 
 		 254 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3906  ABC transporter related  55.1 
 
 		 250 aa  272  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0109  ABC transporter related  55.51 
 
 		 251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2963  ABC transporter related  55.51 
 
 		 251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0092  ABC transporter related  55.51 
 
 		 251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0092  ABC transporter related  56.25 
 
 		 251 aa  268  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.65269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3274  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  54.58 
 
 		 251 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.760616  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3510  ABC transporter-related protein  54.47 
 
 		 247 aa  266  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4656  ABC transporter related  53.66 
 
 		 247 aa  265  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114918 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4524  ABC transporter related  53.66 
 
 		 247 aa  265  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.180068  normal  0.792034 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7087  ABC transporter, ATP-binding protein  57.02 
 
 		 241 aa  264  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.657304 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0988  ABC transporter-related protein  53.72 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3040  ABC transporter related  53.06 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0083  ABC transporter related  54.22 
 
 		 252 aa  261  6e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1227  ABC transporter related  58.47 
 
 		 243 aa  261  6.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0093  ABC transporter related  53.54 
 
 		 252 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.899173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0998  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  53.47 
 
 		 271 aa  256  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0803  ABC transporter related  55.56 
 
 		 252 aa  256  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1890  ABC transporter related  55.74 
 
 		 239 aa  254  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.865524  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1507  ABC transporter related  57.02 
 
 		 243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5330  ABC transporter related  57.08 
 
 		 251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.240884  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0191  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  53.75 
 
 		 251 aa  252  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.148253  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4057  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  53.75 
 
 		 251 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3321  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.46 
 
 		 252 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3573  ABC transporter related  54.55 
 
 		 239 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.402201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4631  ABC transporter related  54.66 
 
 		 241 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1993  ABC transporter related  55.79 
 
 		 239 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.535094  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2943  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  53.33 
 
 		 251 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1600  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  53.33 
 
 		 252 aa  250  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.671798  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3368  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  53.33 
 
 		 251 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3002  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  53.33 
 
 		 251 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3983  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  52.92 
 
 		 251 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0778  ABC transporter related  54.24 
 
 		 241 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113362  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2319  ABC transporter related protein  49.59 
 
 		 249 aa  248  6e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3247  putative high-affinity branched-chain amino acid transport protein, ATP binding protein  57.14 
 
 		 231 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.438057 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2426  ABC transporter-related protein  53.94 
 
 		 249 aa  244  9.999999999999999e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0266  ABC transporter related  52.77 
 
 		 249 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.084852  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2873  ABC transporter related  54.24 
 
 		 252 aa  238  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.296726  normal  0.770144 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3234  ABC transporter related  46.4 
 
 		 248 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.171288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1325  ABC transporter-like protein  49.16 
 
 		 243 aa  235  5.0000000000000005e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0593111 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0999  ABC transporter related  52.28 
 
 		 246 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1675  ABC transporter related  48.32 
 
 		 247 aa  229  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1677  ABC transporter related  50.62 
 
 		 247 aa  228  9e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2042  ABC transporter related  48.15 
 
 		 247 aa  227  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000858552 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1730  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  48.95 
 
 		 247 aa  227  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0676  ABC transporter related  50 
 
 		 234 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.607821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2185  ABC transporter related protein  47.33 
 
 		 247 aa  224  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1819  ABC transporter-related protein  48.12 
 
 		 247 aa  222  4e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4553  ABC transporter related  49.37 
 
 		 234 aa  222  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2125  ABC transporter related  46.56 
 
 		 247 aa  221  6e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1865  ABC transporter related  46.22 
 
 		 247 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2269  ABC transporter related  46.19 
 
 		 233 aa  220  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3053  ABC transporter related protein  47.88 
 
 		 235 aa  220  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1946  ABC transporter related protein  46.19 
 
 		 233 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.987949  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2931  ABC transporter related  44.49 
 
 		 237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3007  ABC transporter-related protein  44.76 
 
 		 258 aa  219  3e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0515162  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0262  ATPase  47.7 
 
 		 238 aa  219  5e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2267  ABC transporter related  51.63 
 
 		 238 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00164993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0889  ABC transporter related  51.05 
 
 		 233 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0335  ABC transporter related  50 
 
 		 249 aa  217  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2363  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.84 
 
 		 235 aa  216  2e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1127  ABC transporter related  47.26 
 
 		 235 aa  215  4e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.674727  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2182  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  48.95 
 
 		 238 aa  215  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0614  ABC transporter related  45.96 
 
 		 231 aa  215  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3532  ABC transporter related  45.34 
 
 		 236 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.10442  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1767  ABC transporter related  48.95 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.428045  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1696  ABC transporter-related protein  48.95 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0250061  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3204  ABC transporter related  45.34 
 
 		 237 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1384  ABC transporter related  47.26 
 
 		 234 aa  212  3.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2855  ABC transporter related protein  47.26 
 
 		 245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4922  ABC transporter related  46.19 
 
 		 233 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104533  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0329  ABC transporter related  44.73 
 
 		 230 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.287188  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3391  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.61 
 
 		 234 aa  211  7e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1895  branched-chain amino acid ABC transporter ATPase  45.34 
 
 		 234 aa  211  7.999999999999999e-54  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.250393  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0364  ABC transporter  44.58 
 
 		 437 aa  211  7.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0199162  unclonable  0.000000063148 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1126  putative amino acid ATP-binding ABC transporter protein  44.54 
 
 		 237 aa  211  9e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.577077  normal  0.0994747 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0356  ABC transporter related  48.12 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.435146 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4073  ABC transporter related  47.46 
 
 		 243 aa  210  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.131918 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1724  ABC transporter related  45.57 
 
 		 235 aa  209  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0609  ABC transporter related  48.12 
 
 		 240 aa  209  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.773218 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0506  ABC transporter related  43.4 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00971431  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0672  ABC transporter related  45.61 
 
 		 239 aa  209  4e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0113  ABC transporter related  43.04 
 
 		 236 aa  209  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2754  ABC transporter related  46.89 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1578  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  44.92 
 
 		 236 aa  209  5e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0476  ABC transporter related  48.73 
 
 		 236 aa  208  6e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0358  ABC transporter related  44.58 
 
 		 242 aa  208  6e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1520  ABC transporter related  48.68 
 
 		 234 aa  208  6e-53  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.00000116911  normal  0.55124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19610  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP binding component  46.61 
 
 		 233 aa  207  9e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0269  ABC transporter related  40.91 
 
 		 244 aa  207  1e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00740442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>