50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3709 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3709  low termperature growth protein  100 
 
 
396 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.848697  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1756  low temperature requirement A  84.09 
 
 
396 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.812736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1595  low temperature requirement A  71.08 
 
 
370 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.622684  normal  0.393956 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1638  low temperature requirement A  64.61 
 
 
377 aa  473  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5396  hypothetical protein  60.53 
 
 
400 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11667  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0079  low temperature requirement A  56.64 
 
 
397 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0230  hypothetical protein  60.36 
 
 
398 aa  393  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2245  low temperature requirement A  49.74 
 
 
396 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2023  low temperature requirement A  50 
 
 
396 aa  360  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.226611  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2126  low temperature requirement A  44.53 
 
 
396 aa  342  9e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1011  low temperature requirement A  44.07 
 
 
393 aa  338  7e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.778441 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1086  low temperature requirement A  44.91 
 
 
400 aa  334  1e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0684  low temperature requirement A  46.34 
 
 
395 aa  314  9.999999999999999e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00174131 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2141  low temperature requirement A  45.84 
 
 
390 aa  313  3.9999999999999997e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0326  low temperature requirement A  44.57 
 
 
408 aa  288  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.697028  normal  0.0510824 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1068  low temperature requirement A  49.13 
 
 
397 aa  255  8e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2001  low temperature requirement A  54.63 
 
 
251 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0159  low temperature requirement A  40.79 
 
 
294 aa  228  1e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2946  low temperature requirement A  35.97 
 
 
398 aa  192  7e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.830285  normal  0.0563456 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5996  low temperature requirement A  31.23 
 
 
414 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.322871 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7104  hypothetical protein  28.49 
 
 
403 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255946  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1999  membrane protein-like protein  45.21 
 
 
236 aa  116  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4271  low temperature requirement A  28.97 
 
 
387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2495  low temperature requirement A  29.19 
 
 
407 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5907  low temperature requirement A  23.73 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3183  hypothetical protein  31 
 
 
435 aa  83.2  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.509046 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3409  low temperature requirement A  30.73 
 
 
435 aa  82.8  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0729  low temperature requirement A  26.75 
 
 
405 aa  79.7  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.093434  normal  0.0881541 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1936  low temperature requirement A  26.86 
 
 
404 aa  77.4  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0842703  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2297  low temperature requirement A  25 
 
 
403 aa  73.2  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4128  low temperature requirement A  26.87 
 
 
415 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.412927 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1785  low temperature requirement A  28.24 
 
 
399 aa  70.5  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0222615  normal  0.0711399 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5687  low temperature requirement A  27.22 
 
 
395 aa  68.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107888  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3762  low temperature requirement A  28.29 
 
 
419 aa  68.2  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0370  low temperature requirement protein A  24.51 
 
 
363 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.299438  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1984  low temperature requirement A  25.08 
 
 
366 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0150581 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3982  low temperature requirement A  26.69 
 
 
421 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4143  low temperature requirement A  28.28 
 
 
397 aa  62.4  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0830  low temperature requirement A  27.05 
 
 
417 aa  62.8  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0461764  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1616  low temperature requirement A  28.57 
 
 
406 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5167  low temperature requirement A protein (LtrA) family protein  25.86 
 
 
417 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.27425  normal  0.0220056 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2961  low temperature requirement A  24.57 
 
 
389 aa  58.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.16347 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3417  K channel inward rectifier conserved region 2 domain protein  23.08 
 
 
752 aa  54.7  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.236805  normal  0.109266 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2308  low temperature requirement A  29.15 
 
 
388 aa  50.8  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1646  hypothetical protein  24.28 
 
 
374 aa  50.8  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000452381  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0439  low temperature requirement A  24.33 
 
 
417 aa  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000555172 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3662  low temperature requirement A  25.93 
 
 
412 aa  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.649592  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2218  low temperature requirement A  24.25 
 
 
401 aa  45.8  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.342328  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0411  hypothetical protein  23.44 
 
 
377 aa  44.7  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0429253  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0401  hypothetical protein  23.44 
 
 
377 aa  44.7  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.311059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>