284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3654 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3654  PfkB  100 
 
 		 300 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1805  PfkB  94.24 
 
 		 318 aa  593  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.512756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4302  PfkB domain protein  93.24 
 
 		 297 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2838  putative sugar kinase  87.21 
 
 		 299 aa  559  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1648  PfkB  82.77 
 
 		 297 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2483  PfkB domain protein  28.29 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3386  ribokinase-like domain-containing protein  32.87 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1940  PfkB  28.11 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.123547  normal  0.0238447 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1736  PfkB domain protein  28.09 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0970  carbohydrate kinase  31.05 
 
 		 314 aa  102  7e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1986  PfkB  25.82 
 
 		 286 aa  96.7  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.842187 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1546  PfkB domain protein  26.83 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.418317 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0799  ribokinase-like domain-containing protein  31.48 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1913  PfkB domain-containing protein  26.12 
 
 		 288 aa  91.3  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0692  carbohydrate kinase  29.01 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.19709  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0022  PfkB domain protein  25.79 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0020  PfkB domain protein  25.4 
 
 		 291 aa  89.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2334  PfkB domain protein  27.05 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0161012  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2812  PfkB  29.11 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2817  PfkB domain protein  28.57 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.575722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5021  PfkB domain protein  26.12 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5471  PfkB domain protein  30.23 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.784292 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4348  kinase, PfkB family  31.01 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4235  kinase, PfkB family  31.01 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.907464  normal  0.927219 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4302  kinase PfkB family  31.01 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4413  PfkB family kinase  31.01 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4257  kinase, PfkB family  31.01 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1802  ribokinase family sugar kinase  22.26 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00331295  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03768  predicted sugar kinase  29.69 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4103  PfkB domain protein  29.69 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4406  PfkB family kinase  29.69 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03717  hypothetical protein  29.69 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4029  carbohydrate kinase, PfkB  29.67 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4268  PfkB family kinase  29.37 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0460  PfkB  28.39 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.413409  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5201  PfkB domain protein  29.97 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515111  normal  0.135366 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5330  kinase, PfkB family  29.35 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.574224 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1314  PfkB domain protein  31.01 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0587994  hitchhiker  0.00301376 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0980  ribokinase-like domain-containing protein  28.9 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.167032 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39540  sugar kinase, ribokinase  24.76 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0924  ribokinase-like domain-containing protein  23.26 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.108155  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  25.69 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4851  PfkB  28.66 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  21.2 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7479  ribokinase  25.56 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  23.51 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  23.51 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  23.51 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  23.51 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  23.51 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  23.18 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0113  PfkB domain protein  30.08 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.245631  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  23.18 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  22.52 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  30.39 
 
 		 709 aa  63.2  0.000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  23.39 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4122  PfkB  25.62 
 
 		 320 aa  62.4  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  23.18 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0252  PfkB domain protein  24.35 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4103  PfkB family kinase  26.33 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4140  ribokinase-like domain-containing protein  26.33 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.682006  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0671  PfkB  27.42 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  23.38 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0147  ribokinase-like domain-containing protein  24.84 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.719935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  23.38 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  23.38 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  23.38 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  22.15 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0616  PfkB domain protein  26.85 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246916  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  23.38 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2205  PfkB  27.43 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.503057  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0118  ribokinase  28.57 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6168  PfkB domain protein  23.95 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.369146  hitchhiker  0.00391077 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2296  PfkB domain-containing protein  23.36 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  24.84 
 
 		 307 aa  58.9  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  21.36 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  23.73 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5931  hypothetical protein  35 
 
 		 453 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.090162  decreased coverage  0.00187432 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4349  kinase, PfkB family  26 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  24.1 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  24.17 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  23.47 
 
 		 313 aa  57.8  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  23.96 
 
 		 305 aa  58.2  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3552  1-phosphofructokinase  30.19 
 
 		 313 aa  57.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  24.1 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  24.1 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  24.17 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  21.65 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0090  PfkB  26.42 
 
 		 309 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  22.15 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  22.01 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3511  PfkB domain protein  28.46 
 
 		 306 aa  57  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.280812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  23.47 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0358  ribokinase-like domain-containing protein  27.21 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0389  PfkB  25 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.211683  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  24.17 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1888  PfkB  24.51 
 
 		 323 aa  55.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.389987  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  23.47 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  23.55 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3555  PfkB domain protein  28.46 
 
 		 284 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>