More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3627 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1936  beta-galactosidase  83.08 
 
 
458 aa  818    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111209  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3627  Beta-glucosidase  100 
 
 
458 aa  936    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.904469  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1840  Beta-glucosidase  89.08 
 
 
458 aa  853    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185877  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6477  putative beta-glucosidase  60.09 
 
 
450 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.87446  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5087  beta-glucosidase  48.62 
 
 
453 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.167744  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4587  Beta-glucosidase  46.49 
 
 
465 aa  385  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.349984  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15280  glycoside hydrolase family 1  43.47 
 
 
451 aa  381  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000225524  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1349  beta-galactosidase  45.78 
 
 
453 aa  372  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.135254  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4773  beta-galactosidase  47.85 
 
 
447 aa  372  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0839  beta-galactosidase  47.99 
 
 
488 aa  366  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.411706  normal  0.263792 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0952  Beta-glucosidase  43.78 
 
 
446 aa  365  1e-100  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000326763  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0969  beta-galactosidase  43.78 
 
 
446 aa  365  1e-100  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00738034  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1799  beta-galactosidase  42.79 
 
 
446 aa  365  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000188458  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1509  Beta-glucosidase  45.32 
 
 
478 aa  362  1e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143364 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5333  beta-galactosidase  47.6 
 
 
470 aa  360  3e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.622206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7167  Beta-glucosidase  46.5 
 
 
459 aa  359  6e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0225404 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1019  Beta-glucosidase  46.4 
 
 
448 aa  359  6e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.477065  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0212  Beta-glucosidase  40.22 
 
 
471 aa  356  5.999999999999999e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.292852  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1683  beta-galactosidase  42.98 
 
 
467 aa  355  1e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.13987  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2422  Beta-glucosidase  42.34 
 
 
474 aa  353  2e-96  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000277167  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0288  beta-galactosidase  44.95 
 
 
444 aa  354  2e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000531793  normal  0.536803 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1895  beta-galactosidase  43.84 
 
 
453 aa  354  2e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.785457  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2763  beta-galactosidase  46.47 
 
 
436 aa  354  2e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0493  beta-galactosidase  44.75 
 
 
446 aa  353  2.9999999999999997e-96  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1788  beta-galactosidase  44.25 
 
 
472 aa  353  2.9999999999999997e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.586379  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2401  Beta-glucosidase  44.67 
 
 
452 aa  352  7e-96  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00110187  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2534  beta-galactosidase  45.54 
 
 
468 aa  352  7e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.574019 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1530  Beta-glucosidase  42.69 
 
 
438 aa  352  8e-96  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111423  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2862  Beta-glucosidase  45.39 
 
 
443 aa  351  1e-95  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.753347  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1939  beta-galactosidase  44.7 
 
 
458 aa  352  1e-95  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000180548  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3701  beta-galactosidase  43.75 
 
 
457 aa  350  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3614  Beta-glucosidase  47.93 
 
 
448 aa  349  5e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1560  glycoside hydrolase family protein  46.24 
 
 
478 aa  349  5e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.677245 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1481  beta-galactosidase  43.38 
 
 
467 aa  348  1e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7951  Beta-glucosidase  46.38 
 
 
437 aa  348  1e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0937  beta-galactosidase  44.71 
 
 
484 aa  347  2e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0483408  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1894  beta-galactosidase  43.71 
 
 
476 aa  347  2e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.301665 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0521  Beta-glucosidase  47.4 
 
 
453 aa  345  7e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3403  beta-galactosidase  43.22 
 
 
457 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.968269  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2781  beta-galactosidase  43.43 
 
 
456 aa  344  2e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2605  beta-galactosidase  44.37 
 
 
472 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.620464 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0133  beta-galactosidase  43.39 
 
 
478 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3961  Beta-glucosidase  43.36 
 
 
487 aa  343  4e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000589535  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1629  beta-glucosidase  43.35 
 
 
463 aa  342  8e-93  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.011647  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1733  beta-galactosidase  44.87 
 
 
482 aa  341  1e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.174879  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2517  beta-galactosidase  44.81 
 
 
462 aa  340  4e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.447454  normal  0.232688 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4280  beta-galactosidase  44.39 
 
 
445 aa  340  4e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0714025  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6572  Beta-glucosidase  43.27 
 
 
458 aa  338  9e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0265684  normal  0.0290842 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3225  beta-galactosidase  45.29 
 
 
444 aa  338  9.999999999999999e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0458  beta-galactosidase  41.07 
 
 
452 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000753308  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3305  Beta-glucosidase  42.76 
 
 
474 aa  338  9.999999999999999e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.40854 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1578  beta-glucosidase  44.11 
 
 
450 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0390  Beta-glucosidase  43.54 
 
 
467 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0163066 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2958  Beta-glucosidase  43.99 
 
 
463 aa  336  5e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08390  broad-specificity cellobiase  41.68 
 
 
494 aa  335  7.999999999999999e-91  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.817528  normal  0.180996 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0808  beta-galactosidase  45.13 
 
 
466 aa  335  7.999999999999999e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.201383 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6279  beta-galactosidase  43.02 
 
 
463 aa  333  3e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5462  Beta-glucosidase  43.76 
 
 
489 aa  333  4e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7170  Beta-glucosidase  45.02 
 
 
474 aa  332  6e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0420556 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2614  beta-galactosidase  43.07 
 
 
517 aa  332  6e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3397  beta-galactosidase  42.03 
 
 
482 aa  332  1e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0879388 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1102  Beta-glucosidase  42.36 
 
 
448 aa  330  3e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1825  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4295  Beta-glucosidase  39.73 
 
 
447 aa  330  4e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000161333 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2840  beta-galactosidase  42.22 
 
 
500 aa  328  9e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.574509  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3603  TonB-like  39.78 
 
 
461 aa  328  1.0000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.70293  hitchhiker  0.00573623 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0188  beta-galactosidase  43.11 
 
 
472 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2786  Beta-glucosidase  41.55 
 
 
468 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0326  Beta-glucosidase  42.54 
 
 
466 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1896  beta-galactosidase  42.56 
 
 
439 aa  327  3e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.42466 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5888  beta-galactosidase  42.34 
 
 
470 aa  326  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1402  Beta-glucosidase  41.46 
 
 
452 aa  326  7e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00588198  normal  0.0441628 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1084  beta-galactosidase  42.98 
 
 
482 aa  325  8.000000000000001e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.106414  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3827  beta-glucosidase  41.38 
 
 
457 aa  325  1e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2046  beta-galactosidase  43.65 
 
 
457 aa  325  1e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4221  Beta-glucosidase  43.11 
 
 
467 aa  323  4e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0294315  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1131  Beta-glucosidase  39.91 
 
 
451 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.563632  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_50351  beta-glucosidase  41.67 
 
 
909 aa  323  5e-87  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00482034  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1638  Beta-glucosidase  39.4 
 
 
439 aa  322  6e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3445  beta-galactosidase  39.41 
 
 
499 aa  322  7e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3174  beta-galactosidase  40.55 
 
 
451 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00114145  normal  0.862939 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1183  Beta-glucosidase  40.78 
 
 
451 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0012185  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3917  Beta-glucosidase  42.41 
 
 
455 aa  322  9.999999999999999e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06938  beta-glucosidase  39.64 
 
 
449 aa  321  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3061  beta-galactosidase  42.13 
 
 
456 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1082  beta-galactosidase  40.68 
 
 
447 aa  320  3.9999999999999996e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.655373  normal  0.120438 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0402  beta-galactosidase  42.37 
 
 
494 aa  319  6e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2689  beta-galactosidase  41.4 
 
 
479 aa  319  6e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.651295 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1216  beta-glucosidase  40.13 
 
 
451 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.282879  normal  0.209165 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1111  Beta-glucosidase  38.41 
 
 
456 aa  317  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127283  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1520  Beta-glucosidase  41.97 
 
 
440 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0705421 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2607  Beta-glucosidase  40.65 
 
 
443 aa  317  3e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.776876  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2977  glycoside hydrolase family protein  40.74 
 
 
473 aa  317  3e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10170  broad-specificity cellobiase  43.81 
 
 
479 aa  316  5e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2874  putative Beta-glucosidase A  41.51 
 
 
440 aa  315  9e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.355603  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5434  beta-galactosidase  41.9 
 
 
463 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.139102  normal  0.287143 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2084  Beta-glucosidase  41.8 
 
 
440 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.483435  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1316  Beta-glucosidase  40.65 
 
 
443 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2440  beta-galactosidase  40.21 
 
 
491 aa  313  3.9999999999999997e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.972736  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4282  beta-galactosidase  42.2 
 
 
455 aa  313  4.999999999999999e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0189474  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3706  beta-glucosidase  37.86 
 
 
443 aa  312  6.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>