More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3496 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2086  major facilitator superfamily MFS_1  86.45 
 
 		 547 aa  776    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.389714  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3058  major facilitator superfamily permease  67.04 
 
 		 527 aa  651    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0549474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3496  MFS transporter  100 
 
 		 531 aa  1043    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1958  major facilitator transporter  87.01 
 
 		 530 aa  853    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1405  major facilitator transporter  64.35 
 
 		 519 aa  597  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1794  major facilitator transporter  73.68 
 
 		 525 aa  591  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0821089 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1152  major facilitator transporter  62.26 
 
 		 516 aa  554  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0257451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2009  major facilitator transporter  45.16 
 
 		 512 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.192597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1542  major facilitator superfamily MFS_1  43.25 
 
 		 498 aa  343  5e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1340  major facilitator transporter  42.83 
 
 		 614 aa  340  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.407656  normal  0.251685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3490  major facilitator transporter  43.03 
 
 		 503 aa  309  9e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.691229 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1314  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  42.28 
 
 		 535 aa  291  3e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00952843  normal  0.308238 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1388  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.08 
 
 		 483 aa  286  9e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4335  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.08 
 
 		 483 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.84 
 
 		 483 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146647  normal  0.357206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.96 
 
 		 483 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.634124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2437  major facilitator transporter  38.57 
 
 		 494 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.516021  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.84 
 
 		 539 aa  272  9e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4300  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  38.29 
 
 		 504 aa  272  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03040  putative MFS transporter  36.47 
 
 		 501 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.479989  hitchhiker  0.0000743098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0331  MFS family transporter  36.88 
 
 		 515 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05770  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.44 
 
 		 528 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.148276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.22 
 
 		 569 aa  268  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.22 
 
 		 505 aa  264  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4163  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.92 
 
 		 676 aa  263  6e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.14 
 
 		 535 aa  258  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3291  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  42.69 
 
 		 666 aa  258  3e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.47407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4004  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.53 
 
 		 498 aa  257  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0041  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.73 
 
 		 530 aa  256  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.216862  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.15 
 
 		 522 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5285  major facilitator superfamily MFS_1  36.51 
 
 		 491 aa  254  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0017  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.74 
 
 		 528 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4266  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.88 
 
 		 526 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.657921 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4154  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.88 
 
 		 526 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1000  major facilitator transporter  41.85 
 
 		 531 aa  246  8e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.48 
 
 		 525 aa  245  9.999999999999999e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.43 
 
 		 565 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4090  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.92 
 
 		 523 aa  244  3e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.588022  normal  0.0353646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.47 
 
 		 680 aa  243  7e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.61 
 
 		 682 aa  242  1e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.61 
 
 		 682 aa  242  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.61 
 
 		 682 aa  242  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3321  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.65 
 
 		 650 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.157992  normal  0.0742968 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3945  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.64 
 
 		 528 aa  239  9e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00181565  hitchhiker  0.00620132 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.6 
 
 		 504 aa  239  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0241  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.89 
 
 		 523 aa  239  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.232516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08840  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.68 
 
 		 592 aa  238  2e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1299  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.6 
 
 		 504 aa  238  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1016  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.6 
 
 		 504 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80336  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0550  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.6 
 
 		 504 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.976745  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0279  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.6 
 
 		 504 aa  238  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2584  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2318  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.27 
 
 		 678 aa  236  6e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2533  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.6 
 
 		 519 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4140  major facilitator superfamily MFS_1  35.85 
 
 		 512 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347022  normal  0.239769 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5086  major facilitator transporter  38.66 
 
 		 529 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0190759  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1157  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.91 
 
 		 504 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153598  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1356  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.84 
 
 		 504 aa  234  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.991135  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.93 
 
 		 685 aa  234  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.29 
 
 		 697 aa  233  5e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1278  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.35 
 
 		 504 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.66 
 
 		 509 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.66 
 
 		 509 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0391  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.77 
 
 		 530 aa  233  6e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.979828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2169  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.93 
 
 		 554 aa  233  7.000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.2 
 
 		 504 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3811  major facilitator superfamily MFS_1  35.14 
 
 		 512 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4512  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.51 
 
 		 504 aa  232  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.34 
 
 		 685 aa  231  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4056  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.51 
 
 		 509 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.010273  normal  0.647251 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0614  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.01 
 
 		 607 aa  229  8e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05301  integral membrane transmembrane protein  35.06 
 
 		 520 aa  229  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3357  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.07 
 
 		 505 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000299723 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0210  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.8 
 
 		 592 aa  228  2e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.852197 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1250  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.26 
 
 		 567 aa  228  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000544425 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0717  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.1 
 
 		 558 aa  227  3e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.770491 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3298  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.23 
 
 		 538 aa  227  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1179  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.52 
 
 		 538 aa  227  4e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00903391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.96 
 
 		 504 aa  226  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8653  Arabinose efflux permease-like protein  39.23 
 
 		 666 aa  226  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5244  major facilitator superfamily transporter  34.87 
 
 		 513 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4672  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.95 
 
 		 593 aa  225  1e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349364  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2339  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.03 
 
 		 918 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00297311  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4024  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.55 
 
 		 509 aa  225  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179138  normal  0.623334 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1199  putative multidrug transporter  34.98 
 
 		 477 aa  224  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.467724  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0306  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.34 
 
 		 555 aa  224  4e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2747  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.21 
 
 		 500 aa  223  6e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1177  MFS permease  32.58 
 
 		 520 aa  223  7e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2612  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  31.93 
 
 		 565 aa  223  8e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000331464  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0763  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.11 
 
 		 641 aa  222  9.999999999999999e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1424  major facilitator family transporter  35.13 
 
 		 537 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000410629  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4278  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.41 
 
 		 685 aa  221  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00129972  normal  0.114111 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1036  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.75 
 
 		 672 aa  221  3e-56  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0043  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.71 
 
 		 504 aa  220  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.258133  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5139  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.1 
 
 		 519 aa  220  6e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.306727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0388  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.44 
 
 		 532 aa  219  7.999999999999999e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4605  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.52 
 
 		 478 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000135395  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4441  multidrug resistance protein B  32.52 
 
 		 478 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000526976  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4459  multidrug resistance protein B  32.52 
 
 		 478 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0324211  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4961  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.52 
 
 		 478 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0262919  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4540  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.78 
 
 		 480 aa  219  1e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>