More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2820 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_1531  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  44.9 
 
 
857 aa  694    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.511204  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0638  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  45.71 
 
 
829 aa  700    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2355  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  45.21 
 
 
854 aa  701    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.336912  normal  0.166651 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2081  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  45.21 
 
 
864 aa  701    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220554  normal  0.237576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1851  Outer membrane protein  75.94 
 
 
843 aa  1293    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0454165 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2041  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  45.44 
 
 
854 aa  705    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.103106 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3837  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  47.88 
 
 
821 aa  773    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133754 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0131  hypothetical protein  74.65 
 
 
834 aa  1256    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5827  putative protective surface antigen precursor (Outer membrane protein D15)  42.94 
 
 
782 aa  668    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.648958 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4783  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  43.38 
 
 
844 aa  674    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0751  surface antigen  71.34 
 
 
840 aa  1195    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2820  surface antigen (D15)  100 
 
 
845 aa  1711    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.163282  normal  0.985968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2444  surface antigen (D15)  81.89 
 
 
841 aa  1431    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51755  normal  0.253645 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2849  surface antigen (D15)  92.1 
 
 
844 aa  1540    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1702  surface antigen (D15)  77.49 
 
 
843 aa  1309    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4431  surface antigen (D15)  51.96 
 
 
834 aa  855    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.35545  hitchhiker  0.00645464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0295  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  47.87 
 
 
855 aa  773    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.970191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4509  surface antigen domain-containing protein  77.07 
 
 
852 aa  1338    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263137  normal  0.782892 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3439  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  43.98 
 
 
856 aa  694    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.535834 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3260  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  89.47 
 
 
841 aa  1515    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1112  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  39.31 
 
 
803 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1154  surface antigen  39.31 
 
 
781 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.108315  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2036  surface antigen (D15)  38.84 
 
 
785 aa  580  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1138  surface antigen (D15)  38.92 
 
 
777 aa  565  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309007  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1388  surface antigen (D15)  39.21 
 
 
788 aa  560  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.156909  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0589  OMP85 family outer membrane protein  38.4 
 
 
798 aa  532  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00373174  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2517  group 1 outer membrane protein precursor  38.21 
 
 
778 aa  527  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0358941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2797  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  38.45 
 
 
785 aa  529  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0843475  normal  0.0789319 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1783  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.75 
 
 
780 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.135415 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3188  surface antigen (D15)  37.41 
 
 
794 aa  514  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1590  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.75 
 
 
779 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281239  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1388  surface antigen (D15)  35.82 
 
 
795 aa  511  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0577653  normal  0.0157833 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1594  surface antigen D15  35.6 
 
 
785 aa  501  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0365  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  35.23 
 
 
804 aa  491  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0847749 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0468  surface antigen (D15)  33.37 
 
 
910 aa  482  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.944558 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1377  surface antigen (D15)  34.21 
 
 
905 aa  482  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0662411  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1952  surface antigen (D15)  34.34 
 
 
887 aa  481  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0467846  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2444  surface antigen (D15)  32.9 
 
 
785 aa  452  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.873404  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3999  surface antigen (D15)  34.19 
 
 
782 aa  441  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.54012  normal  0.826111 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2146  surface antigen (D15)  33.93 
 
 
792 aa  436  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.766596  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2711  putative outer membrane protein  34.13 
 
 
799 aa  428  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.902664  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1369  surface antigen (D15)  33.77 
 
 
799 aa  422  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.747321  decreased coverage  0.00880921 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1407  surface antigen (D15)  31.9 
 
 
796 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.308963 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1848  surface antigen (D15)  30.48 
 
 
767 aa  388  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000894118  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2453  surface antigen (D15)  31.71 
 
 
772 aa  375  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0002154 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0839  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  29.29 
 
 
808 aa  345  2.9999999999999997e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1499  hypothetical protein  30.35 
 
 
748 aa  342  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696254  normal  0.873913 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3421  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  29.02 
 
 
802 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2268  outer membrane protein, putative  28.86 
 
 
765 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1085  surface antigen  29.05 
 
 
778 aa  322  1.9999999999999998e-86  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2357  surface antigen (D15)  29.04 
 
 
752 aa  320  9e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0760  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  28.43 
 
 
752 aa  318  2e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0162806  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3237  surface antigen (D15)  27.54 
 
 
769 aa  317  7e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00806439  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1251  putative outer membrane protein  27.64 
 
 
751 aa  317  8e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000031125  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0863  surface antigen (D15):surface antigen variable number  26.3 
 
 
769 aa  314  3.9999999999999997e-84  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2844  surface antigen (D15)  28.59 
 
 
913 aa  301  3e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1120  surface antigen (D15)  27.22 
 
 
820 aa  296  1e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0155272 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1351  surface antigen (D15):surface antigen variable number  28.38 
 
 
791 aa  293  8e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1081  surface antigen (D15)  26.7 
 
 
806 aa  293  8e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.506143  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1209  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  26.25 
 
 
793 aa  293  8e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1522  surface antigen (D15)  27.64 
 
 
790 aa  293  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0389707  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1140  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  26.48 
 
 
793 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.275795  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1542  outer membrane protein  28.37 
 
 
795 aa  291  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3017  surface antigen (D15)  27.05 
 
 
763 aa  287  5e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.602177  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38910  surface antigen  26.78 
 
 
792 aa  287  7e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1278  surface antigen (D15)  28.64 
 
 
763 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0718  OMP85 family outer membrane protein  28.48 
 
 
744 aa  286  1.0000000000000001e-75  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4074  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  27.4 
 
 
784 aa  284  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1491  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  27.29 
 
 
797 aa  282  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3045  surface antigen (D15)  27.82 
 
 
786 aa  281  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17150  putative outer membrane antigen  27.04 
 
 
794 aa  281  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1154  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  26.95 
 
 
787 aa  281  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3794  surface antigen (D15):surface antigen variable number  27.47 
 
 
790 aa  280  6e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4178  surface antigen (D15)  27.66 
 
 
786 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.39317  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1599  surface antigen family outer membrane protein  27.66 
 
 
786 aa  280  7e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1109  surface antigen (D15)  26.83 
 
 
796 aa  279  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.242384  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1071  OMP85 family outer membrane protein  26.5 
 
 
773 aa  278  3e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0702133  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3381  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  27.14 
 
 
895 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2571  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  26.23 
 
 
799 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.227309 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2385  surface antigen (D15)  26.32 
 
 
787 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.437807  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3373  surface antigen family protein  26.32 
 
 
787 aa  275  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.241276 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0793  surface antigen (D15)  28.1 
 
 
770 aa  275  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.27416 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3745  surface antigen (D15)  27.09 
 
 
888 aa  273  8.000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0949  outer membrane protein assembly factor YaeT  27.56 
 
 
809 aa  273  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00135315  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0571  surface antigen (D15)  27.62 
 
 
790 aa  273  1e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1561  OMP85 family outer membrane protein  26.62 
 
 
817 aa  272  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3782  outer membrane protein assembly factor YaeT  27.92 
 
 
801 aa  272  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000907033  hitchhiker  0.00340919 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0715  outer membrane protein assembly factor YaeT  26.54 
 
 
805 aa  271  2.9999999999999997e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000733739  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01121  outer membrane antigen  26.08 
 
 
788 aa  270  7e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.385807  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0265  outer membrane protein assembly factor YaeT  27.23 
 
 
803 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000300024  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1257  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  27.27 
 
 
787 aa  269  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0901212  normal  0.632332 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0357  outer membrane antigen  26.32 
 
 
784 aa  268  2.9999999999999995e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.433119  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0322  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  26.32 
 
 
784 aa  268  4e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0262  outer membrane protein assembly factor YaeT  27.11 
 
 
803 aa  266  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.642005 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4940  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  27.25 
 
 
765 aa  265  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269346  normal  0.0745121 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1168  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  25.15 
 
 
781 aa  265  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1452  outer membrane protein, OMP85 family  25.15 
 
 
781 aa  265  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0246  outer membrane protein assembly factor YaeT  25.98 
 
 
804 aa  264  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.25845  normal  0.670048 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0250  outer membrane protein assembly factor YaeT  25.98 
 
 
810 aa  263  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.609554  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2044  surface antigen (D15)  25.43 
 
 
768 aa  263  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>