65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1862 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1862  hypothetical protein  100 
 
 		 102 aa  203  6e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.361874  normal  0.015188 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1698  transcriptional regulator  80.41 
 
 		 104 aa  158  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354656  normal  0.781335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4596  hypothetical protein  61.46 
 
 		 100 aa  122  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0505761  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3450  hypothetical protein  46.81 
 
 		 101 aa  85.5  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0490383 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0081  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  45.26 
 
 		 103 aa  84.3  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2811  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 99 aa  84.3  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1184  transcriptional regulator, ArsR family  43.88 
 
 		 99 aa  80.5  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1300  transcriptional regulator  43.48 
 
 		 106 aa  79  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.223469  normal  0.471432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7857  hypothetical protein  39.39 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739073  normal  0.172696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0308  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  46.15 
 
 		 97 aa  75.1  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.762623 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4102  transcriptional regulator  42.55 
 
 		 110 aa  74.7  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.404387  normal  0.0188241 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0060  regulatory protein, ArsR  39.39 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2593  hypothetical protein  40.86 
 
 		 104 aa  74.3  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3477  MarR/EmrR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1630  putative transcriptional regulator  37.23 
 
 		 120 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.917024  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0710  transcriptional regulator, ArsR family  40.86 
 
 		 111 aa  73.9  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_002950  PG2225  hypothetical protein  42.17 
 
 		 89 aa  72.8  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123017 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0470  hypothetical protein  37.23 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0242594 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3014  transcriptional regulator, MarR/EmrR family  38.54 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0765911 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2542  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  39.78 
 
 		 106 aa  72  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0791599  normal  0.380837 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2579  transcriptional regulator  43.02 
 
 		 99 aa  72  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2689  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.515825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1682  putative transcriptional regulator, ArsR family  36.84 
 
 		 117 aa  70.9  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1247  putative PAS/PAC sensor protein  37.36 
 
 		 327 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.977121  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2000  transcriptional regulator  38.95 
 
 		 94 aa  70.1  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36190  hypothetical protein  37.76 
 
 		 101 aa  68.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0239  hypothetical protein  38.55 
 
 		 96 aa  68.6  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.15068  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4026  hypothetical protein  36.84 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.252958 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0803  hypothetical protein  36.17 
 
 		 129 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.80068 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4430  hypothetical protein  33.33 
 
 		 147 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4062  hypothetical protein  33.33 
 
 		 147 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1413  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 112 aa  67  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.946834  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4544  hypothetical protein  33.33 
 
 		 156 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.234964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4890  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.040811  normal  0.40753 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1486  hypothetical protein  36.26 
 
 		 104 aa  65.5  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0003803  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0592  transcriptional regulator, ArsR family  43.75 
 
 		 105 aa  65.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.751987 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0889  putative transcriptional regulator  36.56 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.343594  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0611  transcriptional regulator, MarR/EmrR family  38.14 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.254501 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0548  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0542842  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1599  ArsR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 103 aa  65.5  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.556289  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1598  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 326 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2191  regulatory protein, ArsR  39.36 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0422  transcriptional regulator  36.26 
 
 		 99 aa  63.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1252  putative PAS/PAC sensor protein  35.79 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1426  hypothetical protein  37.8 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3137  hypothetical protein  31.96 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.581839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1165  hypothetical protein  36.26 
 
 		 113 aa  62  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.758935 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1114  regulatory protein MarR  34.69 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0481626  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0139  transcriptional regulator  40 
 
 		 80 aa  61.2  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1028  putative PAS/PAC sensor protein  34.78 
 
 		 330 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0952  hypothetical protein  32.97 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.411513 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5349  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  36.17 
 
 		 103 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.399116 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1413  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  32.98 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22783  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0125  transcriptional regulator, MarR family  34.41 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4140  hypothetical protein  34.07 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.609006 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4065  hypothetical protein  33.68 
 
 		 120 aa  52  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.686189  normal  0.326424 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0230  putative PAS/PAC sensor protein  34.94 
 
 		 325 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6424  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  39.56 
 
 		 102 aa  51.2  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00764846 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0562  putative PAS/PAC sensor protein  32.63 
 
 		 332 aa  51.2  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5191  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0331978  normal  0.592256 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1018  putative PAS/PAC sensor protein  29.89 
 
 		 332 aa  46.2  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.377599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1352  transcriptional regulator, ArsR family  26.67 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.182081  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3273  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30320  hypothetical protein  33.75 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4271  hypothetical protein  34.62 
 
 		 114 aa  43.5  0.0009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.350717  normal  0.351031 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>