42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1840 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1840  hypothetical protein  100 
 
 
260 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0085031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4123  hypothetical protein  87.31 
 
 
257 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.40781 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1335  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  80.99 
 
 
263 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4723  hypothetical protein  73.38 
 
 
259 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1674  hypothetical protein  77.31 
 
 
237 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3193  hypothetical protein  68.68 
 
 
260 aa  343  1e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2571  hypothetical protein  64.39 
 
 
259 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.352522  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3649  hypothetical protein  38.85 
 
 
236 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0137828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0191  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  45.16 
 
 
236 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0876048  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5406  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  41.58 
 
 
238 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2879  hypothetical protein  36.47 
 
 
241 aa  136  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3105  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  36.47 
 
 
241 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.163127  normal  0.170192 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3212  hypothetical protein  44 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3002  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  36.47 
 
 
241 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0365  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  42.6 
 
 
183 aa  122  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207321  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1735  hypothetical protein  33.62 
 
 
254 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9552  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0211  hypothetical protein  35.75 
 
 
253 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.730473  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0609  chemotaxis protein  35.5 
 
 
229 aa  92.4  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.147414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2377  hypothetical protein  36.79 
 
 
174 aa  88.2  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.388128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0849  hypothetical protein  35.26 
 
 
399 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00517849 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0889  hypothetical protein  35.26 
 
 
399 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.135602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0884  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  34.34 
 
 
177 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.156124  hitchhiker  0.002075 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1950  hypothetical protein  36.62 
 
 
440 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.309179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4931  hypothetical protein  31.34 
 
 
288 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.154084  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0815  hypothetical protein  37.4 
 
 
435 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.872238  normal  0.105867 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4959  hypothetical protein  32.72 
 
 
294 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.096287  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0451  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  31.52 
 
 
178 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.211219 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0418  chemotaxis protein  31.52 
 
 
178 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.499236  normal  0.280148 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0488  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  32.56 
 
 
159 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405335  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2224  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  33.73 
 
 
197 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.659574  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2836  hypothetical protein  30.56 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0387  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  32.14 
 
 
196 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2017  chemotaxis regulator CheZ  33.33 
 
 
229 aa  49.7  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2148  chemotaxis protein CheZ, putative  26.8 
 
 
242 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.992761  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1621  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  27.56 
 
 
248 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27940  chemotaxis regulator CheZ  28.97 
 
 
226 aa  46.2  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000139196  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3028  chemotaxis phosphatase, CheZ  26.76 
 
 
247 aa  43.5  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0749  chemotaxis phosphatase, CheZ  37.08 
 
 
217 aa  43.5  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2452  chemotaxis regulator CheZ  29.55 
 
 
214 aa  42.7  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.657615  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0261  putative chemotaxis phosphatase, CheZ  25 
 
 
248 aa  42.4  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046719 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3695  chemotaxis regulator CheZ  32.05 
 
 
211 aa  42.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0568116  normal  0.0208475 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2605  chemotaxis regulator CheZ  32.22 
 
 
214 aa  42  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>