53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1664 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1664  hypothetical protein  100 
 
 
194 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4214  hypothetical protein  88.14 
 
 
194 aa  322  3e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2427  hypothetical protein  82.47 
 
 
194 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0181  protein of unknown function DUF1185  73.2 
 
 
194 aa  295  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.885926  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4065  hypothetical protein  73.71 
 
 
194 aa  288  4e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00340638  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0657  hypothetical protein  68.56 
 
 
194 aa  269  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452265  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0856  hypothetical protein  68.56 
 
 
194 aa  268  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4326  protein of unknown function DUF1185  68.04 
 
 
194 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.136074  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2145  protein of unknown function DUF1185  50 
 
 
194 aa  200  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2527  protein of unknown function DUF1185  47.73 
 
 
182 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1072  protein of unknown function DUF1185  49.21 
 
 
192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.573144  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0369  hypothetical protein  50 
 
 
184 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.555873  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4213  hypothetical protein  49.74 
 
 
194 aa  171  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.199933 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2104  hypothetical protein  48.69 
 
 
192 aa  170  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.707478  decreased coverage  0.00974706 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1665  hypothetical protein  48.17 
 
 
194 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.144766  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3662  hypothetical protein  46.84 
 
 
194 aa  168  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal  0.0552159 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5715  protein of unknown function DUF1185  44.74 
 
 
192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1060  protein of unknown function DUF1185  43.62 
 
 
194 aa  143  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13092  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6724  hypothetical protein  41.36 
 
 
201 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.855191  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6489  hypothetical protein  41.36 
 
 
201 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0656  hypothetical protein  40.51 
 
 
196 aa  137  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4325  protein of unknown function DUF1185  40.51 
 
 
196 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.532972  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2129  hypothetical protein  41.36 
 
 
193 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.613913  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1430  hypothetical protein  39.79 
 
 
193 aa  133  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3814  hypothetical protein  43.26 
 
 
181 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.249604  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2409  hypothetical protein  40.76 
 
 
196 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.408733  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2675  hypothetical protein  39.13 
 
 
196 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4066  hypothetical protein  39.81 
 
 
213 aa  130  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00119297  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3437  hypothetical protein  40.22 
 
 
196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0855  hypothetical protein  36.04 
 
 
223 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0083  protein of unknown function DUF1185  46.77 
 
 
183 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2259  hypothetical protein  41.3 
 
 
198 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.128222  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2264  hypothetical protein  41.3 
 
 
198 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.966939  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2086  hypothetical protein  41.3 
 
 
198 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.234769  normal  0.411891 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4153  hypothetical protein  42.86 
 
 
199 aa  129  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3231  hypothetical protein  40.54 
 
 
196 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675483  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0437  hypothetical protein  40.22 
 
 
181 aa  128  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.480916  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4259  hypothetical protein  43.02 
 
 
181 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090692  hitchhiker  0.000156871 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2480  hypothetical protein  40.33 
 
 
199 aa  125  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2217  peptide synthase  40.98 
 
 
195 aa  124  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0532152  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0082  protein of unknown function DUF1185  40.44 
 
 
221 aa  122  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2521  hypothetical protein  39.8 
 
 
196 aa  120  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0152  protein of unknown function DUF1185  41.57 
 
 
181 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2287  hypothetical protein  40.66 
 
 
196 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0119695 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6083  hypothetical protein  42.62 
 
 
200 aa  119  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5583  protein of unknown function DUF1185  42.08 
 
 
200 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.565377  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6255  hypothetical protein  42.08 
 
 
200 aa  117  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  0.147576 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0180  protein of unknown function DUF1185  36.02 
 
 
213 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6550  protein of unknown function DUF1185  41.53 
 
 
200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0260848  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5502  protein of unknown function DUF1185  40.66 
 
 
200 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106646 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4326  hypothetical protein  38.33 
 
 
201 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.0725647 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1966  hypothetical protein  37.5 
 
 
197 aa  110  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0987839  normal  0.289885 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6119  hypothetical protein  39.11 
 
 
200 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.205354  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>