31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1422 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1422  hypothetical protein  100 
 
 		 152 aa  298  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.368149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3983  hypothetical protein  77.24 
 
 		 145 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.959866  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1059  hypothetical protein  52.9 
 
 		 153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1857  hypothetical protein  39.71 
 
 		 138 aa  87.8  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000260993  unclonable  3.98436e-16 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2208  transcriptional regulator, XRE family  36.89 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2043  hypothetical protein  36.89 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00057688  hitchhiker  0.0000000000000165138 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1736  hypothetical protein  36.89 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335135  hitchhiker  0.00000000000538292 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2221  XRE family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01406  hypothetical protein  36.89 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1617  DNA-binding protein  36.89 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1522  hypothetical protein  36.89 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01395  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.89 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2707  hypothetical protein  36.59 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2400  hypothetical protein  30.88 
 
 		 231 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.210551  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1423  protein of unknown function UPF0150  35.94 
 
 		 147 aa  61.2  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1733  hypothetical protein  35.94 
 
 		 147 aa  61.2  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5716  hypothetical protein  29.77 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0305  hypothetical protein  28.38 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000140045  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1029  hypothetical protein  28.89 
 
 		 152 aa  53.9  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.217343 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2611  hypothetical protein  23.91 
 
 		 143 aa  50.4  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0233173  normal  0.0135583 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2770  hypothetical protein  50 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.507789  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6675  protein of unknown function UPF0150  28.57 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441473  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2298  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0522816 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2027  protein of unknown function UPF0150  34.94 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000026815  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0019  protein of unknown function UPF0150  49.02 
 
 		 93 aa  44.3  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0272418  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1448  hypothetical protein  24.06 
 
 		 143 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2094  protein of unknown function UPF0150  33.33 
 
 		 135 aa  44.3  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000245077  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2724  hypothetical protein  24.06 
 
 		 143 aa  43.9  0.0008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1336  hypothetical protein  24.06 
 
 		 143 aa  43.9  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.994026  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2597  protein of unknown function UPF0150  41.67 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00102052  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0560  protein of unknown function UPF0150  35.23 
 
 		 154 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>