More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1351 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1351  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 		 428 aa  861    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.169855 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4067  NADH dehydrogenase (quinone)  77.34 
 
 		 428 aa  674    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0902793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1330  NADH dehydrogenase (quinone)  90.19 
 
 		 428 aa  735    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.220778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4739  NADH dehydrogenase (quinone)  88.55 
 
 		 428 aa  728    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1693  NADH dehydrogenase (quinone)  60.62 
 
 		 416 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0681624  normal  0.883791 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1740  NADH dehydrogenase (quinone)  60.86 
 
 		 416 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0104  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  60.62 
 
 		 416 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  52.51 
 
 		 427 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1123  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.35 
 
 		 429 aa  415  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1116  NADH dehydrogenase (quinone)  52.46 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3821  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.12 
 
 		 426 aa  402  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.400637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1017  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.76 
 
 		 425 aa  404  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1458  NADH dehydrogenase I subunit F  50.36 
 
 		 461 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1812  NADH dehydrogenase I subunit F  50.36 
 
 		 461 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.848425 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0714  NADH dehydrogenase (quinone)  53.29 
 
 		 428 aa  398  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.934005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1564  NADH dehydrogenase I subunit F  50.36 
 
 		 461 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0377  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.24 
 
 		 444 aa  394  1e-108  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.372414  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1496  NADH dehydrogenase I subunit F  50.6 
 
 		 449 aa  394  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.376582  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02209  NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1373  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00215992  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2577  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85076  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2552  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2438  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2433  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2670  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.793863 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3423  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2463  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.560534  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2563  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2768  NADH dehydrogenase I subunit F  50.36 
 
 		 449 aa  391  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.261993  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2660  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.142172  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1368  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104051  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2508  NADH dehydrogenase I subunit F  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02169  hypothetical protein  49.52 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3304  NADH dehydrogenase I subunit F  49.29 
 
 		 450 aa  385  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0360562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  49.28 
 
 		 445 aa  385  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.208712  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.9 
 
 		 454 aa  385  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1398  NADH dehydrogenase I subunit F  50.96 
 
 		 449 aa  377  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.940574  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3441  NADH dehydrogenase I, F subunit  49.27 
 
 		 423 aa  373  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2546  NADH dehydrogenase I subunit F  51.06 
 
 		 449 aa  374  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.698943  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1017  NADH dehydrogenase I subunit F  47.98 
 
 		 461 aa  366  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28480  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.69 
 
 		 449 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.79 
 
 		 439 aa  364  1e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0157  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  48.79 
 
 		 422 aa  364  2e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1695  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.98 
 
 		 537 aa  363  3e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.316564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0208  NADH dehydrogenase I chain F  47.53 
 
 		 425 aa  360  2e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.22 
 
 		 434 aa  360  3e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3128  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.37 
 
 		 446 aa  359  4e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.54 
 
 		 447 aa  358  8e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2566  NADH dehydrogenase I subunit F  47.6 
 
 		 448 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3201  NADH dehydrogenase I subunit F  46.39 
 
 		 452 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103684  normal  0.0135586 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.54 
 
 		 433 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3369  NADH dehydrogenase I, F subunit  46.63 
 
 		 452 aa  356  5e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3695  NADH dehydrogenase I subunit F  47.12 
 
 		 454 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.196409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1742  NADH dehydrogenase I subunit F  47.12 
 
 		 453 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00767478  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4123  NADH dehydrogenase I subunit F  47.12 
 
 		 453 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.43 
 
 		 706 aa  353  2.9999999999999997e-96  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0158  NADH dehydrogenase (quinone)  45.33 
 
 		 421 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.589974 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.51 
 
 		 443 aa  353  2.9999999999999997e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0588  NADH dehydrogenase I, F subunit  47.7 
 
 		 474 aa  352  5e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1869  NADH dehydrogenase I subunit F  46.88 
 
 		 458 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.123144 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3607  NADH dehydrogenase I subunit F  46.88 
 
 		 451 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.73 
 
 		 438 aa  352  7e-96  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2416  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.36 
 
 		 448 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0718255  normal  0.148536 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0577  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.7 
 
 		 474 aa  351  1e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0329  NADH dehydrogenase (quinone)  46.67 
 
 		 433 aa  351  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13171  NADH dehydrogenase I chain F nuoF (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain F)  45.75 
 
 		 445 aa  350  3e-95  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4553  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.99 
 
 		 442 aa  349  7e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7686  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.37 
 
 		 441 aa  348  1e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  46.29 
 
 		 428 aa  347  2e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0474  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.14 
 
 		 448 aa  347  2e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0176  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  44.63 
 
 		 421 aa  347  2e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.63 
 
 		 421 aa  347  2e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4486  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.08 
 
 		 438 aa  341  2e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.144316  hitchhiker  0.0024852 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03210  NADH dehydrogenase subunit F  44.9 
 
 		 424 aa  338  9.999999999999999e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589987  normal  0.53715 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07430  NADH dehydrogenase subunit F  46.4 
 
 		 449 aa  338  9.999999999999999e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0432719 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0544  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.55 
 
 		 448 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.789941 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0525  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.57 
 
 		 440 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2711  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.84 
 
 		 444 aa  337  2.9999999999999997e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  42.86 
 
 		 545 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1575  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.37 
 
 		 438 aa  335  9e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1599  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.37 
 
 		 438 aa  335  9e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6677  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.39 
 
 		 431 aa  335  1e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1545  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.37 
 
 		 438 aa  334  2e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.349481  normal  0.139293 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  42.86 
 
 		 545 aa  334  2e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.84 
 
 		 427 aa  333  5e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.84 
 
 		 427 aa  333  5e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4458  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.19 
 
 		 443 aa  332  6e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0286  NADH-quinone oxidoreductase subunit F  45.74 
 
 		 428 aa  331  1e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1279  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  45.05 
 
 		 438 aa  329  6e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.325517  normal  0.538152 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1880  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.39 
 
 		 441 aa  328  8e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4060  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.45 
 
 		 443 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.306589 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2831  NADH dehydrogenase I chain F  43.14 
 
 		 425 aa  323  3e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2700  NADH dehydrogenase I chain F  43.14 
 
 		 425 aa  323  3e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3224  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.25 
 
 		 439 aa  323  4e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00762011 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0979  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.44 
 
 		 439 aa  323  4e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.79 
 
 		 434 aa  322  8e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1147  NADH-quinone oxidoreductase, chain F  43.14 
 
 		 426 aa  320  3e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.450213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  42.51 
 
 		 539 aa  319  5e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2057  NADH dehydrogenase I chain F  43.95 
 
 		 431 aa  319  6e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.728933  normal  0.0269366 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0954  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.47 
 
 		 442 aa  319  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.613915 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>