170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0787 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0787  ApaG  100 
 
 
145 aa  299  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.539898  normal  0.0936673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0898  ApaG  95 
 
 
140 aa  272  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5255  ApaG  93.85 
 
 
130 aa  254  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.178875  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4913  ApaG  87.69 
 
 
140 aa  240  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0223  ApaG  81.82 
 
 
172 aa  224  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0135  ApaG  81.68 
 
 
237 aa  223  8e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.903636  normal  0.829835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0764  ApaG  79.39 
 
 
131 aa  216  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0925231  hitchhiker  0.00575768 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0470  ApaG  60 
 
 
130 aa  169  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.327059 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0408  ApaG  59.23 
 
 
130 aa  167  6e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.833726  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0304  ApaG  60 
 
 
130 aa  163  5.9999999999999996e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0380419  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0397  ApaG  58.46 
 
 
130 aa  163  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0317  ApaG  59.23 
 
 
141 aa  162  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1015  ApaG domain protein  56.15 
 
 
130 aa  157  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000524176 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1039  ApaG domain-containing protein  56.92 
 
 
130 aa  157  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0543  ApaG  56.15 
 
 
130 aa  156  9e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0072  ApaG  56.06 
 
 
144 aa  156  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0402  ApaG  56.92 
 
 
130 aa  153  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.104997  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0370  ApaG  56.92 
 
 
130 aa  153  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.292548  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0130  ApaG  54.62 
 
 
130 aa  153  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.431164 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0438  ApaG  56.92 
 
 
130 aa  153  9e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.500146  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0189  ApaG  54.62 
 
 
130 aa  152  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.57181  normal  0.332972 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0179  ApaG  54.62 
 
 
130 aa  152  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386018  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2312  ApaG  56.15 
 
 
130 aa  151  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.661489  normal  0.04269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6540  ApaG  55.38 
 
 
130 aa  150  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.560513 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7451  ApaG  54.62 
 
 
130 aa  147  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.953585  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0491  ApaG  49.23 
 
 
130 aa  137  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1660  ApaG  51.54 
 
 
154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.453905  normal  0.120686 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2335  ApaG  51.72 
 
 
126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0493  ApaG  49.57 
 
 
131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3661  ApaG  50.85 
 
 
142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1237  ApaG  45.86 
 
 
158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2722  ApaG domain protein  48.72 
 
 
129 aa  123  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2661  ApaG  50.41 
 
 
157 aa  123  8.000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00116294  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0735  ApaG  50.43 
 
 
126 aa  123  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2738  apaG protein  50.44 
 
 
127 aa  122  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3484  ApaG  51.38 
 
 
127 aa  123  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.526547  normal  0.166283 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2359  ApaG domain protein  50.44 
 
 
127 aa  122  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.342277  hitchhiker  0.000000000770969 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07710  ApaG  50.43 
 
 
126 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0202441 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2372  ApaG  49.14 
 
 
127 aa  121  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0270  ApaG  52.31 
 
 
135 aa  120  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2636  ApaG  47.79 
 
 
127 aa  120  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0420  ApaG domain protein  47.2 
 
 
211 aa  120  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.416529 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0437  ApaG  48.31 
 
 
136 aa  120  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.30268 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0349  ApaG  48.7 
 
 
135 aa  120  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.093684  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3314  ApaG  47.5 
 
 
126 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0976  ApaG  47.5 
 
 
126 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.13666  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0150  ApaG  46.77 
 
 
124 aa  119  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1045  ApaG  47.5 
 
 
126 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102627  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1078  ApaG  47.5 
 
 
126 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.804618  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2231  ApaG  49.14 
 
 
127 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.340232  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0586  ApaG  45.04 
 
 
135 aa  119  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.12497  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0988  ApaG  47.5 
 
 
126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233116  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0829  ApaG  45.53 
 
 
134 aa  118  3e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00542439  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1033  ApaG  46.34 
 
 
134 aa  118  3e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4467  ApaG  49.56 
 
 
131 aa  118  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1197  ApaG  49.53 
 
 
134 aa  117  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3413  ApaG  44.44 
 
 
127 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.329551  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0164  ApaG  46.77 
 
 
130 aa  117  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.703501  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3640  ApaG  46.67 
 
 
126 aa  117  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0509  ApaG  47.15 
 
 
124 aa  117  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0222  ApaG  49.14 
 
 
128 aa  116  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.954602  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2889  ApaG  47.83 
 
 
126 aa  116  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.203189  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2568  ApaG  47.15 
 
 
124 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0537  ApaG  47.15 
 
 
124 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.371391  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0904  ApaG  45.83 
 
 
126 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.764534  normal  0.43881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3116  ApaG  45.83 
 
 
126 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2857  ApaG  47.15 
 
 
124 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.93069  normal  0.818828 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0536  ApaG  48.33 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.680201  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3624  ApaG  47.15 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.815881 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0466  ApaG  47.15 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.357414  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3080  ApaG  45.22 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0442  ApaG  47.15 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3210  ApaG  45.83 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.664218  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0641  ApaG  48.33 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0937  ApaG  48.33 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3552  ApaG  48.33 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.144794  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3579  ApaG  48.33 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1907  ApaG  48.33 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3571  ApaG  48.33 
 
 
185 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2906  ApaG  48.33 
 
 
185 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.809331  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4014  ApaG  47.41 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0531  ApaG  46.83 
 
 
130 aa  114  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0360  ApaG  49.06 
 
 
137 aa  114  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0736  ApaG  46.96 
 
 
123 aa  112  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2660  ApaG  42.62 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1346  ApaG  46.55 
 
 
142 aa  111  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.637296  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0464  ApaG  48.33 
 
 
124 aa  111  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3493  ApaG  48.33 
 
 
124 aa  111  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00288381  decreased coverage  0.0000301407 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2820  ApaG  46.09 
 
 
128 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00054  hypothetical protein  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.641296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3549  ApaG domain protein  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0054  ApaG  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.496379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0044  ApaG  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.271562  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3605  ApaG  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118033 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00053  hypothetical protein  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.456951  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0056  ApaG  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0054  ApaG  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00391573  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0056  ApaG  44.83 
 
 
125 aa  110  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0915002  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1982  ApaG domain protein  45.9 
 
 
130 aa  110  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.78252  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03415  ApaG  45.22 
 
 
124 aa  110  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.250185  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>