More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0134 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0108  Amidohydrolase 3  86.11 
 
 		 547 aa  984    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.134206  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0134  amidohydrolase-like  100 
 
 		 547 aa  1117    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4766  amidohydrolase 3  63.62 
 
 		 545 aa  704    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7627  amidohydrolase-like  53.73 
 
 		 555 aa  586  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137819 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6052  amidohydrolase 3  53.55 
 
 		 555 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.863749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4295  amidohydrolase 3  53.79 
 
 		 557 aa  584  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4359  Amidohydrolase 3  51.93 
 
 		 552 aa  579  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.747715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5666  amidohydrolase 3  53.27 
 
 		 554 aa  570  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498872  normal  0.0259745 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5757  amidohydrolase:amidohydrolase-like  51.82 
 
 		 547 aa  566  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4287  amidohydrolase 3  52.67 
 
 		 544 aa  529  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.275898  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1985  amidohydrolase 3  50 
 
 		 554 aa  527  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3250  amidohydrolase 3  47.68 
 
 		 542 aa  495  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383305  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0099  hypothetical protein  33.98 
 
 		 577 aa  259  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.119429  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3889  Amidohydrolase 3  32.73 
 
 		 624 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2000  twin-arginine translocation pathway signal  31.65 
 
 		 638 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0005  twin-arginine translocation pathway signal  31.68 
 
 		 584 aa  213  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0597  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  29.98 
 
 		 575 aa  211  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0635  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  29.8 
 
 		 575 aa  209  8e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0420  amidohydrolase-like  30.95 
 
 		 581 aa  201  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3333  amidohydrolase 3  34.05 
 
 		 538 aa  196  7e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.827227 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2185  Amidohydrolase 3  29.75 
 
 		 563 aa  195  1e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10562  hypothetical protein  32.5 
 
 		 537 aa  195  2e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.036236 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1124  amidohydrolase 3  30.66 
 
 		 625 aa  194  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0742  amidohydrolase 3  31.06 
 
 		 536 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838024  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2836  amidohydrolase 3  29.96 
 
 		 597 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214714 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0756  amidohydrolase 3  31.06 
 
 		 536 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.398429  normal  0.248868 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0736  amidohydrolase 3  31.06 
 
 		 536 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0656369  normal  0.367651 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4036  amidohydrolase 3  30.37 
 
 		 601 aa  189  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4035  Amidohydrolase 3  32.08 
 
 		 556 aa  182  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.787006  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0100  hypothetical protein  29.19 
 
 		 604 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3458  hypothetical protein  29.7 
 
 		 601 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55725  normal  0.0698709 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3171  amidohydrolase 3  26.16 
 
 		 539 aa  179  9e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3353  amidohydrolase 3  28.93 
 
 		 583 aa  177  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742336  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1096  Amidohydrolase 3  34 
 
 		 525 aa  175  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1885  Amidohydrolase 3  28.11 
 
 		 587 aa  173  9e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.5166  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2765  amidohydrolase  32.2 
 
 		 543 aa  171  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.270794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1904  Amidohydrolase 3  27.14 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3404  Amidohydrolase 3  31.15 
 
 		 586 aa  169  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000897209  hitchhiker  0.00001315 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0803  Amidohydrolase 3  28.06 
 
 		 564 aa  167  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.379476 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2609  amidohydrolase 3  31.04 
 
 		 548 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.506547 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2078  hypothetical protein  27.21 
 
 		 576 aa  165  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004324  metal-dependent hydrolase  28.08 
 
 		 581 aa  164  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0760  amidohydrolase 3  27.72 
 
 		 592 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1793  hypothetical protein  30.84 
 
 		 539 aa  157  3e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1541  putative amidohydrolase 3  29.17 
 
 		 648 aa  158  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.260198  normal  0.229672 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1013  Amidohydrolase 3  30.52 
 
 		 548 aa  158  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.668342  normal  0.733638 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6181  putative amidohydrolase  31.72 
 
 		 542 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0743865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3462  amidohydrolase 3  29.68 
 
 		 650 aa  156  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4051  amidohydrolase 3  29.54 
 
 		 620 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3532  amidohydrolase 3  28.83 
 
 		 550 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3836  putative metal-dependent hydrolase  28.55 
 
 		 550 aa  148  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3380  amidohydrolase 3  27.08 
 
 		 583 aa  146  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3329  amidohydrolase 3  27.08 
 
 		 583 aa  146  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.842  normal  0.159954 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1574  Amidohydrolase 3  29.85 
 
 		 540 aa  146  9e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2366  Amidohydrolase 3  28.8 
 
 		 553 aa  145  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.662277  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3318  twin-arginine translocation pathway signal  27.21 
 
 		 543 aa  145  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.5989  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1491  Amidohydrolase 3  30 
 
 		 537 aa  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0764832 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1859  amidohydrolase 3  29.8 
 
 		 549 aa  144  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4740  amidohydrolase 3  29.66 
 
 		 589 aa  143  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.185447 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1737  Amidohydrolase 3  27.87 
 
 		 618 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.493619  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2885  amidohydrolase 3  31.85 
 
 		 569 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00571861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2329  Amidohydrolase 3  27.97 
 
 		 530 aa  140  6e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.108595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2075  putative lipoprotein  27.93 
 
 		 585 aa  140  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.860152  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3417  Amidohydrolase 3  28.03 
 
 		 545 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.151731 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1441  amidohydrolase 3  27.67 
 
 		 583 aa  137  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.822576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1018  amidohydrolase-like  28.32 
 
 		 541 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.121748 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2930  amidohydrolase 3  26.56 
 
 		 606 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.143401 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5168  amidohydrolase 3  28.52 
 
 		 541 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.54245 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2426  amidohydrolase 3  28.23 
 
 		 549 aa  134  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0987019 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0426  Amidohydrolase 3  25.41 
 
 		 539 aa  134  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2928  Amidohydrolase 3  26.72 
 
 		 562 aa  133  6.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.548866  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34970  predicted TIM-barrel fold metal-dependent hydrolase  30.46 
 
 		 541 aa  133  7.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.134464  normal  0.645084 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4653  putative metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  27.51 
 
 		 560 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.707824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1290  Amidohydrolase 3  26.75 
 
 		 603 aa  129  1.0000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0346185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4231  Amidohydrolase 3  26.64 
 
 		 626 aa  128  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3625  amidohydrolase 3  30.66 
 
 		 556 aa  127  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.433177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0578  amidohydrolase 3  26.69 
 
 		 545 aa  127  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2637  Amidohydrolase 3  26.35 
 
 		 533 aa  126  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1988  amidohydrolase 3  30.26 
 
 		 535 aa  126  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.118371  normal  0.562077 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3788  amidohydrolase 3  26.67 
 
 		 543 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2780  amidohydrolase  26.92 
 
 		 576 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1040  amidohydrolase 3  28.12 
 
 		 590 aa  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.80433  normal  0.260287 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1551  amidohydrolase 3  28.02 
 
 		 542 aa  125  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6024  putative amidohydrolase  28.36 
 
 		 537 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1362  Amidohydrolase 3  26.07 
 
 		 569 aa  124  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3443  amidohydrolase 3  26.7 
 
 		 556 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.6586 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09378  Predicted metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  25.5 
 
 		 540 aa  122  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0535  Amidohydrolase 3  28.14 
 
 		 539 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0333  Amidohydrolase 3  24.04 
 
 		 526 aa  121  3e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2586  amidohydrolase 3  29.7 
 
 		 537 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0687512  normal  0.83708 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0501  Amidohydrolase 3  27.02 
 
 		 537 aa  120  6e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00372928  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0505  amidohydrolase  25.46 
 
 		 543 aa  120  7e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.122193  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3052  amidohydrolase 3  27.14 
 
 		 546 aa  120  7.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.35545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2770  Amidohydrolase 3  28.23 
 
 		 553 aa  119  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0730355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2102  amidohydrolase 3  24.79 
 
 		 928 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22680  predicted TIM-barrel fold metal-dependent hydrolase  27.01 
 
 		 543 aa  117  3.9999999999999997e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1214  Amidohydrolase 3  26.33 
 
 		 527 aa  117  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0834  amidohydrolase 3  26.7 
 
 		 555 aa  116  8.999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1631  Amidohydrolase 3  27.13 
 
 		 537 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0506733 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1932  amidohydrolase 3  25.3 
 
 		 522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>