194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0104 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0413  amine oxidase  84.18 
 
 		 422 aa  682    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0104  amine oxidase  100 
 
 		 422 aa  851    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0698  amine oxidase  87.35 
 
 		 414 aa  701    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.613915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0613  amine oxidase  71.64 
 
 		 419 aa  567  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.490888  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0489  amine oxidase  67.23 
 
 		 456 aa  508  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0261  hypothetical protein  64.16 
 
 		 415 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.794532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0038  amine oxidase  64.18 
 
 		 413 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1664  amine oxidase  53.52 
 
 		 422 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155004  normal  0.105212 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0744  amine oxidase  50.48 
 
 		 420 aa  355  1e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0115844 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6595  amine oxidase  44.39 
 
 		 423 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000326859 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5306  amine oxidase  45.01 
 
 		 409 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5659  amine oxidase  43.98 
 
 		 422 aa  280  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1769  amine oxidase  42.93 
 
 		 412 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.998946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4843  amine oxidase  40.46 
 
 		 420 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4367  amine oxidase  40.66 
 
 		 463 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0312  amine oxidase  40 
 
 		 430 aa  243  6e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1384  amine oxidase  39.95 
 
 		 429 aa  234  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2453  amine oxidase  39.66 
 
 		 425 aa  233  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.950724  normal  0.0836974 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5276  amine oxidase  38.36 
 
 		 424 aa  225  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1419  amine oxidase  37.25 
 
 		 419 aa  196  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0161  twin-arginine translocation pathway signal  32.82 
 
 		 474 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0443  twin-arginine translocation pathway signal  34.84 
 
 		 476 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0575  amine oxidase  35.25 
 
 		 442 aa  159  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0063  amine oxidase  32.47 
 
 		 480 aa  158  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.203976 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0785  amine oxidase  35.13 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0940413  normal  0.297014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0585  amine oxidase  34.5 
 
 		 442 aa  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0209  amine oxidoreductase domain-containing protein  31.98 
 
 		 469 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1155  hypothetical protein  30.16 
 
 		 495 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1160  hypothetical protein  30.16 
 
 		 495 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2278  amine oxidase  32.18 
 
 		 435 aa  150  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.682646 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0035  amine oxidase  31.22 
 
 		 485 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0549  amine oxidase  35.43 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.281302  normal  0.915784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4579  amine oxidase  36.59 
 
 		 438 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3036  amine oxidase  38.5 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0071  twin-arginine translocation pathway signal  33.95 
 
 		 504 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1418  polyamine oxidase  27.44 
 
 		 436 aa  140  4.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.103525  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4388  amine oxidase  31.24 
 
 		 445 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.48846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4715  amine oxidase  30.84 
 
 		 466 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2074  amine oxidase  29.49 
 
 		 479 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0204  amine oxidase  28.96 
 
 		 463 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0048  twin-arginine translocation pathway signal  32.32 
 
 		 476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.708369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2690  amine oxidase  35.14 
 
 		 458 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0389849  normal  0.435459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2233  amine oxidase  33.58 
 
 		 434 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0743875 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0377  amine oxidase  33.51 
 
 		 457 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4699  amine oxidase  26.43 
 
 		 445 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0922876  normal  0.472473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0203  amine oxidase  28.54 
 
 		 450 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2283  Polyamine oxidase  30.77 
 
 		 427 aa  113  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.844558 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3468  amine oxidase  31.07 
 
 		 436 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.43202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2925  amine oxidase  29.9 
 
 		 418 aa  107  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3293  amine oxidase  27.23 
 
 		 422 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0007527  hitchhiker  0.000210093 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1319  amine oxidase  28.12 
 
 		 470 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1280  amine oxidase  30.63 
 
 		 433 aa  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1349  amine oxidase  27.82 
 
 		 468 aa  98.2  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1467  amine oxidase  25.55 
 
 		 463 aa  98.6  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188757  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_51708  flavin-containing amine oxidase  26.4 
 
 		 418 aa  98.2  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.771293  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2955  amine oxidase  27.32 
 
 		 413 aa  95.5  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000016357  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2535  amine oxidase  30.11 
 
 		 429 aa  92.8  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1963  amine oxidase  28.16 
 
 		 446 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.144326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_42289  amine oxidase  26.36 
 
 		 628 aa  86.3  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.317329  decreased coverage  0.00000000282984 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2259  amine oxidase  28.04 
 
 		 459 aa  82.4  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00770255  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1822  amine oxidase  26.75 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30688  amine oxidase  28.74 
 
 		 1199 aa  79.3  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.602004 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4710  amine oxidase  25.42 
 
 		 481 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173844  normal  0.0970024 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06658  flavin containing polyamine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03510)  22.72 
 
 		 536 aa  73.6  0.000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.182585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46399  predicted protein  26.64 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2620  amine oxidase  30.77 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.794942  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1588  amine oxidase  26.63 
 
 		 543 aa  70.1  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.790833 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03580  lysine-specific histone demethylase Aof2, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13000)  30.88 
 
 		 1274 aa  69.3  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.506255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1781  amine oxidase  25.94 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.524453  normal  0.068532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3726  amine oxidase  28.14 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2268  amine oxidase  26.16 
 
 		 431 aa  61.2  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.284727 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1178  amine oxidase  24.89 
 
 		 454 aa  60.5  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0392628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_30946  predicted protein  24.26 
 
 		 484 aa  60.5  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00734662  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07013  oxidoreductase  22.84 
 
 		 365 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01400  conserved hypothetical protein  48.68 
 
 		 470 aa  58.2  0.0000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0040  putrescine oxidase  51.79 
 
 		 462 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3178  amine oxidase  32 
 
 		 426 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3628  amine oxidase  37.08 
 
 		 465 aa  57.4  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.533226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5286  amine oxidase  25.68 
 
 		 592 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.456502  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0369  putative flavin-containing monoamine oxidase  26.5 
 
 		 484 aa  57.8  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.431172 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28515  corticosteroid- binding protein  22.57 
 
 		 477 aa  57.4  0.0000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.15534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10320  monoamine oxidase  42.86 
 
 		 510 aa  57  0.0000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05890  conserved hypothetical protein  49.23 
 
 		 492 aa  56.6  0.0000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.314478  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1866  amine oxidase  26.33 
 
 		 447 aa  57  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.591896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6401  twin-arginine translocation pathway signal  48.48 
 
 		 493 aa  56.6  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57813  predicted protein  44.78 
 
 		 494 aa  56.6  0.0000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.266253  normal  0.196096 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0040  amine oxidase  51.79 
 
 		 463 aa  56.6  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1556  amine oxidase (flavin-containing)  40.79 
 
 		 450 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1580  amine oxidase (flavin-containing)  40.79 
 
 		 450 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2381  amine oxidase  23.3 
 
 		 496 aa  55.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.325197  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0586  amine oxidase  49.18 
 
 		 427 aa  55.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05025  flavin containing amine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12150)  24.58 
 
 		 657 aa  54.7  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.513705  normal  0.713848 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5789  amine oxidase  24.77 
 
 		 444 aa  54.7  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6833  amine oxidase  53.45 
 
 		 532 aa  54.3  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.574218  normal  0.40808 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1418  amine oxidase  26.4 
 
 		 396 aa  54.3  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0838  Putrescine oxidase  42.42 
 
 		 463 aa  53.9  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.272774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4331  Amine oxidase (flavin-containing)  40.74 
 
 		 498 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0789189 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4441  Amine oxidase (flavin-containing)  40.74 
 
 		 498 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.358617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4155  hypothetical protein  27.11 
 
 		 407 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.276992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0482  amine oxidase  24.84 
 
 		 565 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>