43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4396 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4396  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
244 aa  487  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4856  TPR domain protein  83.2 
 
 
250 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0643  hypothetical protein  64.44 
 
 
229 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0843  TPR repeat-containing protein  62.13 
 
 
233 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4866  putative lipoprotein  44.09 
 
 
253 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55850  putative pilus assembly protein  40.98 
 
 
245 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1662  tetratricopeptide TPR_2  34.4 
 
 
342 aa  93.6  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.061862  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2326  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.36 
 
 
306 aa  85.5  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4450  Tetratricopeptide domain protein  29.33 
 
 
311 aa  70.1  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1502  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
275 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000236519 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2157  hypothetical protein  32.04 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.609376  normal  0.0292686 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1637  hypothetical protein  28.36 
 
 
252 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.735654  normal  0.200173 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1046  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 
275 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959559  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1526  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
275 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40396  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1658  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.53 
 
 
284 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.483631 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3659  flp pilus assembly protein  28.57 
 
 
273 aa  65.9  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1448  TPR repeat-containing protein  32.31 
 
 
280 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.34489  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2321  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.96 
 
 
279 aa  63.5  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2699  lipoprotein, putative  30.96 
 
 
279 aa  63.5  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1727  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
280 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000433623 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.16 
 
 
307 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.78139  normal  0.265077 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4363  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.16 
 
 
307 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1408  TPR repeat-containing protein  28.5 
 
 
295 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2793  putative lipoprotein transmembrane  34.13 
 
 
284 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.184399  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4666  TPR-repeat pilus assembly protein TadD  32.12 
 
 
275 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.988456  decreased coverage  0.000651584 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2067  TPR repeat-containing protein  30.52 
 
 
343 aa  58.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.457723  normal  0.512607 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0122  TPR domain-containing protein  33.87 
 
 
311 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000708393  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1285  TPR domain-containing protein  33.87 
 
 
311 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0393543  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1948  TPR domain-containing protein  33.87 
 
 
311 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000693981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1043  TPR domain-containing protein  33.87 
 
 
311 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1773  TPR domain-containing protein  33.87 
 
 
311 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0201195  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1773  TPR domain-containing protein  33.87 
 
 
311 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0358765  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5414  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 
287 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432771  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1794  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 
311 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00170146  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2537  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 
295 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02589  lipoprotein transmembrane  30.36 
 
 
305 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0075  TPR repeat-containing protein  28.33 
 
 
237 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657959  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1518  TPR domain-containing protein  33.04 
 
 
258 aa  47  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  26.58 
 
 
3145 aa  46.6  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 
542 aa  46.6  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3330  TPR repeat-containing protein  36.11 
 
 
1038 aa  44.3  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3977  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 
716 aa  42.7  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3721  sulfotransferase  32.1 
 
 
637 aa  42  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>