More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3404 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01253  aconitate hydratase  69.25 
 
 
891 aa  1263    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0525201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2371  aconitate hydratase 1  69.25 
 
 
891 aa  1263    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00215516  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2068  aconitate hydratase 1  48.77 
 
 
855 aa  857    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.461258  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0846  aconitate hydratase  58.26 
 
 
935 aa  1033    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2112  aconitate hydratase  84.03 
 
 
913 aa  1524    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0880837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2336  aconitate hydratase  46.31 
 
 
862 aa  737    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000568872 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0921  aconitate hydratase  56.56 
 
 
901 aa  1013    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.446396  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0105  aconitate hydratase  60.13 
 
 
861 aa  1080    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.227514  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2003  aconitate hydratase  54.68 
 
 
901 aa  925    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.158915 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0120  aconitate hydratase  46.01 
 
 
865 aa  751    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3635  aconitate hydratase  57.21 
 
 
907 aa  1059    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533912  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2820  aconitate hydratase  44.96 
 
 
868 aa  734    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0093  aconitate hydratase  63.48 
 
 
895 aa  1152    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0343  aconitate hydratase  45.01 
 
 
867 aa  731    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2016  aconitate hydratase 1  95.84 
 
 
914 aa  1766    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2289  aconitase family protein  46.81 
 
 
863 aa  739    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.425235  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3408  aconitate hydratase  56.99 
 
 
907 aa  1054    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.741284  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3370  aconitate hydratase  56.99 
 
 
907 aa  1054    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3320  aconitate hydratase  56.99 
 
 
907 aa  1054    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1755  aconitate hydratase  54.45 
 
 
905 aa  947    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1868  aconitate hydratase  45.47 
 
 
864 aa  729    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1659  aconitate hydratase  67 
 
 
891 aa  1213    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1653  aconitate hydratase  67 
 
 
891 aa  1214    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2087  aconitate hydratase  46.7 
 
 
862 aa  738    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3404  aconitate hydratase  100 
 
 
914 aa  1879    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.342513  normal  0.354094 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1112  aconitate hydratase  46.18 
 
 
885 aa  765    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.58218 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2061  aconitate hydratase  57.71 
 
 
939 aa  1061    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1925  aconitate hydratase  58.07 
 
 
916 aa  1066    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.128572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1810  aconitate hydratase  45.95 
 
 
870 aa  734    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.38661  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2331  aconitate hydratase  53.95 
 
 
901 aa  920    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35381  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0828  aconitate hydratase  57.56 
 
 
883 aa  1048    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00982227  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0714  aconitate hydratase  58.33 
 
 
934 aa  1023    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0891  aconitase  54.13 
 
 
939 aa  895    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0323  aconitate hydratase  60.93 
 
 
905 aa  1115    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0800  aconitate hydratase  54.45 
 
 
905 aa  947    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1738  aconitate hydratase  45.22 
 
 
864 aa  729    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1788  aconitate hydratase 1  59.45 
 
 
907 aa  1014    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.83905  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1766  aconitate hydratase  47.33 
 
 
864 aa  746    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3890  aconitate hydratase  87.75 
 
 
913 aa  1587    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0185515 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1806  aconitate hydratase  61.69 
 
 
914 aa  1129    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2158  aconitate hydratase  53.91 
 
 
905 aa  932    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1016  aconitate hydratase  59.7 
 
 
937 aa  1068    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.827465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3677  aconitate hydratase  56.99 
 
 
907 aa  1054    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0875  aconitate hydratase  53.74 
 
 
946 aa  942    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3511  aconitate hydratase  66.45 
 
 
891 aa  1202    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0654  aconitate hydratase  54.23 
 
 
905 aa  948    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2187  aconitate hydratase  45.47 
 
 
864 aa  726    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3665  aconitase  53.53 
 
 
945 aa  941    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.258951  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1312  aconitase  58.64 
 
 
927 aa  1061    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0948394  normal  0.862178 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0291  aconitate hydratase  60.43 
 
 
905 aa  1117    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0448672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0425  aconitase  60.92 
 
 
890 aa  1098    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.128588  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0600  aconitate hydratase 1  53.13 
 
 
905 aa  926    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.778708  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1031  aconitate hydratase  57.52 
 
 
875 aa  1044    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2646  aconitate hydratase  61.02 
 
 
931 aa  1114    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.581556  decreased coverage  0.00838168 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2366  aconitate hydratase  52.05 
 
 
978 aa  901    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1991  aconitase  59.86 
 
 
937 aa  1036    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0204  aconitate hydratase  60.54 
 
 
906 aa  1121    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0875867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3592  aconitate hydratase  52.71 
 
 
966 aa  937    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.999758  normal  0.14319 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2301  aconitate hydratase  46.52 
 
 
865 aa  751    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.22008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2903  aconitate hydratase  54.14 
 
 
905 aa  942    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.864497  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0525  aconitate hydratase  60.54 
 
 
905 aa  1123    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.123163  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4079  aconitate hydratase 1  56.42 
 
 
984 aa  1034    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2962  aconitase  71.04 
 
 
910 aa  1298    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0408  aconitate hydratase  59.85 
 
 
905 aa  1113    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0914  aconitate hydratase 1  56.42 
 
 
984 aa  1034    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.239942  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1309  aconitate hydratase  46.12 
 
 
885 aa  764    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2384  aconitate hydratase  57.53 
 
 
935 aa  1058    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.780528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2492  aconitate hydratase  54.65 
 
 
901 aa  920    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4240  aconitate hydratase 1  52.14 
 
 
884 aa  928    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0224  aconitase  59.5 
 
 
907 aa  1070    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1682  aconitate hydratase  58.86 
 
 
906 aa  1025    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00945136  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1006  aconitate hydratase  60 
 
 
915 aa  1103    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.304321  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2096  aconitate hydratase 1  64.11 
 
 
891 aa  1145    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.931453  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4439  aconitate hydratase  53.43 
 
 
905 aa  929    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.604056  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5346  aconitate hydratase  45.84 
 
 
864 aa  735    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.992618  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2449  aconitate hydratase  57.23 
 
 
942 aa  1048    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0618  aconitate hydratase  59.19 
 
 
940 aa  1020    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1284  aconitate hydratase 1  58.99 
 
 
907 aa  1071    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1421  aconitate hydratase  44.88 
 
 
868 aa  727    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3357  aconitate hydratase  63.69 
 
 
896 aa  1141    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3631  aconitate hydratase  45.68 
 
 
863 aa  734    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0313  aconitate hydratase  45.57 
 
 
863 aa  737    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1454  aconitate hydratase 1  63.36 
 
 
914 aa  1126    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.293979  normal  0.11612 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2603  aconitate hydratase  46.48 
 
 
872 aa  753    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.120412  hitchhiker  0.000028644 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0230  aconitate hydratase 1  58.95 
 
 
908 aa  1036    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2861  aconitase  63.79 
 
 
891 aa  1149    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.509308  normal  0.643421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3305  aconitate hydratase  53.75 
 
 
905 aa  936    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4840  aconitate hydratase  45.85 
 
 
865 aa  734    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44290  aconitate hydratase  83.66 
 
 
910 aa  1538    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53970  aconitate hydratase  46.64 
 
 
868 aa  748    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1246  aconitate hydratase  53.56 
 
 
887 aa  941    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1644  aconitase  56.72 
 
 
936 aa  1027    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.417591  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3928  aconitate hydratase  53.43 
 
 
905 aa  929    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5515  aconitate hydratase  45.84 
 
 
864 aa  735    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12009  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3827  aconitate hydratase  45.39 
 
 
863 aa  738    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1394  aconitase  60.85 
 
 
926 aa  1130    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.295353  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0106  aconitase  54.36 
 
 
922 aa  934    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3071  aconitate hydratase  47.06 
 
 
854 aa  740    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.146254 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4301  aconitate hydratase  61.44 
 
 
919 aa  1130    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2876  aconitate hydratase  58.11 
 
 
938 aa  1066    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>