More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2153 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2369  ribose ABC transporter, permease protein  99.09 
 
 		 330 aa  636    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2153  inner-membrane translocator  100 
 
 		 330 aa  639    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.654738  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1921  inner-membrane translocator  88.96 
 
 		 325 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.354392  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2456  monosaccharide-transporting ATPase  83.03 
 
 		 331 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3234  monosaccharide-transporting ATPase  83.03 
 
 		 331 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113216  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39320  membrane protein component of ABC ribose transporter  86.39 
 
 		 332 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640494  normal  0.430548 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3344  membrane protein component of ABC ribose transporter  83.79 
 
 		 331 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0235918  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1958  monosaccharide-transporting ATPase  84.55 
 
 		 331 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.350389  normal  0.0245098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3490  monosaccharide-transporting ATPase  83.03 
 
 		 331 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.172066  normal  0.267004 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1524  monosaccharide-transporting ATPase  79.42 
 
 		 339 aa  484  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1505  inner-membrane translocator  79.42 
 
 		 339 aa  484  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.739135  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1128  inner-membrane translocator  78.78 
 
 		 339 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00298191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1608  inner-membrane translocator  78.78 
 
 		 339 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0142264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1585  monosaccharide-transporting ATPase  78.78 
 
 		 339 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.089937  normal  0.908215 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4747  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  78.14 
 
 		 339 aa  478  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101541  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2261  Monosaccharide-transporting ATPase  75.54 
 
 		 351 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.934133 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1999  ABC ribose transporter, inner membrane subunit  77.71 
 
 		 360 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0575  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  76 
 
 		 333 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.607461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4159  Monosaccharide-transporting ATPase  76 
 
 		 333 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311787 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1629  monosaccharide-transporting ATPase  77.07 
 
 		 339 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1235  monosaccharide-transporting ATPase  77.07 
 
 		 343 aa  461  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  0.567135 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2473  ribose ABC transporter, permease protein  74.16 
 
 		 337 aa  435  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1856  putative ribose ABC transporter, permease protein  76.07 
 
 		 337 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1869  putative ribose ABC transporter, permease protein  75.77 
 
 		 337 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123822  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0945  Monosaccharide-transporting ATPase  68.62 
 
 		 335 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0035821  normal  0.067207 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0880  Monosaccharide-transporting ATPase  68.62 
 
 		 335 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0333312  normal  0.303688 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2021  membrane protein component of ABC ribose transporter  75.77 
 
 		 337 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468115  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1015  transmembrane ABC transporter protein  72.44 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4638  inner-membrane translocator  62.34 
 
 		 327 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4198  inner-membrane translocator  65.9 
 
 		 329 aa  362  4e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.778968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2131  inner-membrane translocator  62.87 
 
 		 338 aa  352  5e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3089  inner-membrane translocator  41.54 
 
 		 337 aa  222  7e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0871348  normal  0.381344 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4599  inner-membrane translocator  43.69 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.033778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4336  Monosaccharide-transporting ATPase  44.34 
 
 		 340 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2809  monosaccharide-transporting ATPase  44.41 
 
 		 337 aa  205  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  39.88 
 
 		 342 aa  189  5e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  40 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3217  ribose transport system permease protein RbsC  37.54 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.961558  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  37.05 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0210  ribose ABC transporter, permease protein  41.5 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.51 
 
 		 345 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  38.72 
 
 		 328 aa  179  8e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1712  monosaccharide-transporting ATPase  40.85 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0294222 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2807  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0285  carbohydrate ABC transporter permease  41.18 
 
 		 344 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0196  carbohydrate ABC transporter permease  41.18 
 
 		 344 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  37.66 
 
 		 345 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4682  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.52 
 
 		 345 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.377068  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2491  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 405 aa  176  5e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1062  inner-membrane translocator  39.69 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.379015  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1518  monosaccharide-transporting ATPase  39.69 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0853941  normal  0.0193721 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1542  inner-membrane translocator  39.69 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 350 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  36.24 
 
 		 347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  35.62 
 
 		 341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  38.54 
 
 		 350 aa  172  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1424  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 345 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1464  monosaccharide-transporting ATPase  39.22 
 
 		 345 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.987014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 310 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1652  inner-membrane translocator  39.74 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718181  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  36.22 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  36.54 
 
 		 346 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  36.19 
 
 		 342 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  36.19 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  37.7 
 
 		 345 aa  169  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  36.19 
 
 		 342 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1654  ABC transporter permease protein  41.5 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7831  sugar ABC transporter membrane protein  40.62 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  37.67 
 
 		 322 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7025  monosaccharide-transporting ATPase  34.98 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.560665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1962  monosaccharide-transporting ATPase  38.92 
 
 		 353 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0698409  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  37.58 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  37.58 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  37.58 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  37.58 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  37.58 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.129793 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 314 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  37.58 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2513  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 328 aa  166  6.9999999999999995e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587124  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  37.58 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  37.58 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3322  monosaccharide-transporting ATPase  39.05 
 
 		 327 aa  165  8e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.897327  normal  0.423972 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1852  ribose ABC transporter, permease protein  38.61 
 
 		 353 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  37.54 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0893  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.77 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  36.91 
 
 		 321 aa  162  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  36.57 
 
 		 325 aa  162  8.000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  37.25 
 
 		 324 aa  162  8.000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0184  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 326 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1397  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  38.91 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163625  normal  0.0606309 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  32.65 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5198  Monosaccharide-transporting ATPase  38.57 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  37.21 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 338 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>