106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0260 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0260  cytochrome c, class I  100 
 
 
111 aa  226  8e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0286  putative cytochrome c, class I  91.89 
 
 
111 aa  208  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.721199 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1890  hypothetical protein  51.46 
 
 
102 aa  106  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  42.71 
 
 
97 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3568  cytochrome c, class I  38.46 
 
 
97 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.199847  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0246  cytochrome c  36.36 
 
 
97 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00117918  normal  0.0109237 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0180  cytochrome c, class I  36.46 
 
 
97 aa  72  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.245077  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0191  cytochrome c, class I  43.66 
 
 
97 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000235852  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  42.25 
 
 
97 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0232  cytochrome c class I  34.34 
 
 
99 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000496502  normal  0.108907 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0232  cytochrome c, class I  40.85 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113447  unclonable  0.0000000000238576 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0227  cytochrome c, class I  40.85 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.495989  hitchhiker  0.00493696 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0232  cytochrome c, class I  40.85 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0199425  unclonable  0.0000000000331566 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  34.34 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  33.67 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  34.34 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4023  cytochrome c class I  34.34 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000136046  hitchhiker  0.0000237935 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  40.85 
 
 
99 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6290  putative cytochrome  43.66 
 
 
97 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.594105  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  34.69 
 
 
97 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2849  cytochrome c family protein  39.76 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000128252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72470  putative cytochrome  43.66 
 
 
97 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.240625  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2981  cytochrome c-type protein  40.86 
 
 
95 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5103  cytochrome c-type protein  45.71 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.100412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0125  cytochrome c-type protein  42.86 
 
 
100 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0350268  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0142  cytochrome c5-like protein  42.86 
 
 
100 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228578  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0156  cytochrome c5-like protein  37.35 
 
 
96 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0140  cytochrome c-type protein  42.86 
 
 
100 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  42.25 
 
 
112 aa  64.3  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  46.38 
 
 
537 aa  64.3  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  46.38 
 
 
537 aa  64.3  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  37.68 
 
 
135 aa  63.5  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3332  cytochrome c-type protein  38.46 
 
 
96 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  40.28 
 
 
273 aa  63.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0095  cytochrome c family protein  36.56 
 
 
129 aa  63.5  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0054  cytochrome c-type protein  42.25 
 
 
90 aa  62  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0239  cytochrome c5  36.73 
 
 
107 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  43.48 
 
 
134 aa  60.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1715  hypothetical protein  37.33 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0128981  normal  0.195089 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  35.14 
 
 
136 aa  55.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  39.13 
 
 
137 aa  56.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47940  cytochrome c5 protein  41.79 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  36.49 
 
 
129 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  34.69 
 
 
135 aa  54.3  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  34.51 
 
 
131 aa  53.9  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0203  cytochrome c5  37.68 
 
 
140 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.768078  hitchhiker  0.00155687 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  37.68 
 
 
230 aa  53.5  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  39.13 
 
 
185 aa  53.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69970  cytochrome c5  35.71 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  38.89 
 
 
135 aa  53.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  35.71 
 
 
142 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0106  cytochrome c5  34.52 
 
 
107 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  42.03 
 
 
288 aa  52.4  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  34.78 
 
 
287 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0249  cytochrome c5-like protein  37.31 
 
 
136 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5319  cytochrome c5  36.23 
 
 
140 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.241325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2493  cytochrome c(mono-heme type)  34.04 
 
 
120 aa  52  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0117122  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5522  cytochrome c5  36.23 
 
 
138 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2304  cytochrome c class I  32.69 
 
 
107 aa  52  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000896467  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  38.89 
 
 
137 aa  51.2  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  35.71 
 
 
145 aa  51.6  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5177  cytochrome c5  36.23 
 
 
140 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.129919  normal  0.155967 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  32.98 
 
 
103 aa  51.6  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2352  cytochrome c class I  36.47 
 
 
128 aa  51.2  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5267  cytochrome c5  37.31 
 
 
121 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6104  putative cytochrome c(mono-heme type)  38.16 
 
 
127 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415894  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1741  cytochrome c  32 
 
 
123 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2463  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
140 aa  48.1  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.480155  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  32.65 
 
 
167 aa  47.4  0.00006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  31.88 
 
 
142 aa  47.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2655  hypothetical protein  31.88 
 
 
142 aa  47.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  30.21 
 
 
148 aa  45.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  34.78 
 
 
266 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  31.94 
 
 
116 aa  44.3  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2353  cytochrome c class I  32.97 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0103  cytochrome c-555, membrane-bound  30.26 
 
 
140 aa  44.3  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0151549  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  34.72 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  28.57 
 
 
131 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  37.68 
 
 
293 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  34.78 
 
 
300 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0050  cytochrome c class I  36.11 
 
 
232 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0214  cytochrome c class I  30.26 
 
 
144 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  34.78 
 
 
225 aa  42.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4130  cytochrome c class I  35.53 
 
 
350 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  39.68 
 
 
163 aa  42.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  31.13 
 
 
141 aa  42.4  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  35.82 
 
 
206 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
299 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
299 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  30.26 
 
 
159 aa  41.6  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
300 aa  41.6  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  38.89 
 
 
294 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  30.26 
 
 
159 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
299 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
299 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  33.33 
 
 
299 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
299 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0083  putative cytochrome c  27.63 
 
 
184 aa  41.2  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
275 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0917  cytochrome c-555  34.25 
 
 
111 aa  40.8  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>