More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0176 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0176  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 
459 aa  930    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.115712 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0189  glutamyl-tRNA reductase  92.89 
 
 
464 aa  874    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0311  glutamyl-tRNA reductase  63.89 
 
 
451 aa  581  1e-164  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237446  normal  0.0249608 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  41.08 
 
 
419 aa  323  4e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000105006  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  40.63 
 
 
418 aa  319  7e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000179715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  39.95 
 
 
418 aa  310  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  39.96 
 
 
418 aa  303  4.0000000000000003e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01185  glutamyl-tRNA reductase  40.88 
 
 
418 aa  302  8.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.112965  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01195  hypothetical protein  40.88 
 
 
418 aa  302  8.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0924296  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2416  glutamyl-tRNA reductase  40.88 
 
 
418 aa  302  8.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000119078  hitchhiker  0.0000345051 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1315  glutamyl-tRNA reductase  40.88 
 
 
418 aa  302  8.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.01079e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2564  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 
423 aa  301  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.508916  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2437  glutamyl-tRNA reductase  40.66 
 
 
418 aa  300  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000304893  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1374  glutamyl-tRNA reductase  40.88 
 
 
418 aa  301  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000847987  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1358  glutamyl-tRNA reductase  40.88 
 
 
418 aa  301  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000645666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1691  glutamyl-tRNA reductase  40.66 
 
 
418 aa  300  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000277643  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1932  glutamyl-tRNA reductase  40.66 
 
 
418 aa  299  6e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000431786  normal  0.0964629 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2115  glutamyl-tRNA reductase  40.53 
 
 
418 aa  296  5e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.435842  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1362  glutamyl-tRNA reductase  39.87 
 
 
418 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000971063  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1908  glutamyl-tRNA reductase  39.87 
 
 
418 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00010664  normal  0.872325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1972  glutamyl-tRNA reductase  39.87 
 
 
418 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000439602  normal  0.904808 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1914  glutamyl-tRNA reductase  39.87 
 
 
418 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000422832  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1546  glutamyl-tRNA reductase  39.65 
 
 
418 aa  293  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0564626  normal  0.139086 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2338  glutamyl-tRNA reductase  39.65 
 
 
434 aa  292  8e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2071  glutamyl-tRNA reductase  41.58 
 
 
418 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0132375  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2408  glutamyl-tRNA reductase  40.31 
 
 
418 aa  292  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0993  glutamyl-tRNA reductase  38.15 
 
 
449 aa  290  3e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0341  glutamyl-tRNA reductase  39.87 
 
 
432 aa  288  1e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0810  glutamyl-tRNA reductase  36.56 
 
 
459 aa  286  4e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61710  glutamyl-tRNA reductase  38.88 
 
 
422 aa  286  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624585  normal  0.0109768 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1989  glutamyl-tRNA reductase  39.33 
 
 
420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00499789  decreased coverage  0.00167683 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5315  glutamyl-tRNA reductase  38.43 
 
 
422 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3554  glutamyl-tRNA reductase  37.36 
 
 
422 aa  282  9e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0359238  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0760  glutamyl-tRNA reductase  38.74 
 
 
425 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0583229  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0390  glutamyl-tRNA reductase  35.27 
 
 
434 aa  280  3e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0690188  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1108  glutamyl-tRNA reductase  38.2 
 
 
425 aa  280  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0732  glutamyl-tRNA reductase  38.51 
 
 
425 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0948  glutamyl-tRNA reductase  38.2 
 
 
425 aa  279  9e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1855  glutamyl-tRNA reductase  40.86 
 
 
418 aa  279  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.163682  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0523  Glutamyl-tRNA reductase  38.2 
 
 
439 aa  278  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1528  glutamyl-tRNA reductase  37.14 
 
 
424 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0773  glutamyl-tRNA reductase  38.51 
 
 
425 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3127  glutamyl-tRNA reductase  36.57 
 
 
416 aa  278  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000225636  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4457  glutamyl-tRNA reductase  38.74 
 
 
425 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4749  glutamyl-tRNA reductase  38.74 
 
 
428 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168503  normal  0.0710553 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
429 aa  274  3e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2461  glutamyl-tRNA reductase  39.43 
 
 
420 aa  272  8.000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000933086  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2067  glutamyl-tRNA reductase  39.43 
 
 
420 aa  272  8.000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.85694e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2913  glutamyl-tRNA reductase  37.25 
 
 
416 aa  271  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000048664  normal  0.480262 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1606  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.53 
 
 
419 aa  271  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.495518  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0279  glutamyl-tRNA reductase  37.14 
 
 
446 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2567  glutamyl-tRNA reductase  37.16 
 
 
416 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000152956  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  38.43 
 
 
426 aa  270  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0919  glutamyl-tRNA reductase  37.84 
 
 
416 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3686  glutamyl-tRNA reductase  36.1 
 
 
416 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  normal  0.509552 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2180  glutamyl-tRNA reductase  39.65 
 
 
438 aa  266  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00403267  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3460  glutamyl-tRNA reductase  36.1 
 
 
426 aa  264  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000782916  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3600  glutamyl-tRNA reductase  36.47 
 
 
422 aa  265  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.779704 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0722  glutamyl-tRNA reductase  36.24 
 
 
416 aa  264  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.131936  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1043  glutamyl-tRNA reductase  37.67 
 
 
421 aa  263  4.999999999999999e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2642  glutamyl-tRNA reductase  36.08 
 
 
420 aa  262  8e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3834  glutamyl-tRNA reductase  37 
 
 
416 aa  262  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0800  glutamyl-tRNA reductase  37.3 
 
 
416 aa  262  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000139394  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0796  glutamyl-tRNA reductase  37.16 
 
 
416 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000467609  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0118  glutamyl-tRNA reductase  35.35 
 
 
413 aa  260  3e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000526977  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3170  glutamyl-tRNA reductase  37 
 
 
416 aa  261  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000428438  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0768  glutamyl-tRNA reductase  37.16 
 
 
416 aa  260  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000952775  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2065  glutamyl-tRNA reductase  35.35 
 
 
431 aa  260  4e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0513326  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0695  glutamyl-tRNA reductase  36.85 
 
 
416 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000150429  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3615  glutamyl-tRNA reductase  36.49 
 
 
416 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000229913  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3738  glutamyl-tRNA reductase  36.85 
 
 
416 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000445074  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3547  glutamyl-tRNA reductase  36.85 
 
 
416 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000884413  decreased coverage  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  36.34 
 
 
420 aa  258  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3252  glutamyl-tRNA reductase  35.56 
 
 
425 aa  258  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000725008  normal  0.10707 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2582  glutamyl-tRNA reductase  37.77 
 
 
443 aa  257  3e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3689  glutamyl-tRNA reductase  36.01 
 
 
416 aa  257  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3064  glutamyl-tRNA reductase  34.77 
 
 
443 aa  256  6e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0847695  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2720  glutamyl-tRNA reductase  33.69 
 
 
429 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0360  glutamyl-tRNA reductase  34.08 
 
 
434 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3145  glutamyl-tRNA reductase  34.64 
 
 
435 aa  252  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0225946 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2797  glutamyl-tRNA reductase  34.64 
 
 
435 aa  252  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3200  glutamyl-tRNA reductase  35.23 
 
 
450 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  35.35 
 
 
420 aa  250  4e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0415  glutamyl-tRNA reductase  33.62 
 
 
432 aa  249  9e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.818412  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3521  glutamyl-tRNA reductase  33.98 
 
 
428 aa  249  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.216045  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2887  glutamyl-tRNA reductase  33.4 
 
 
432 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.171093 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3233  glutamyl-tRNA reductase  33.41 
 
 
434 aa  248  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000271435  normal  0.234997 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3589  glutamyl-tRNA reductase  32.91 
 
 
434 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.472177  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0441  glutamyl-tRNA reductase  33.4 
 
 
432 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3043  glutamyl-tRNA reductase  34.34 
 
 
434 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146578  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0505  glutamyl-tRNA reductase  32.69 
 
 
432 aa  246  4e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3600  glutamyl-tRNA reductase  32.69 
 
 
432 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1942  glutamyl-tRNA reductase  32.69 
 
 
434 aa  247  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2593  glutamyl-tRNA reductase  32.98 
 
 
432 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0971  glutamyl-tRNA reductase  32.69 
 
 
434 aa  247  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0563906  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3613  glutamyl-tRNA reductase  32.69 
 
 
434 aa  247  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.268717  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0675  glutamyl-tRNA reductase  32.69 
 
 
434 aa  247  4e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0483  glutamyl-tRNA reductase  32.98 
 
 
432 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.675645 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0511  glutamyl-tRNA reductase  32.98 
 
 
432 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212735  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2900  glutamyl-tRNA reductase  33.77 
 
 
435 aa  246  6e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>