203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_R0051 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_R0051  tRNA-Tyr  100 
 
 
84 bp  167  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166133  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0013  tRNA-Tyr  97.62 
 
 
84 bp  151  3e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000444451  normal  0.406861 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0014  tRNA-Tyr  97.62 
 
 
84 bp  151  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.673141  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  96.43 
 
 
84 bp  95.6  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0010  tRNA-Tyr  94.44 
 
 
84 bp  83.8  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  94.23 
 
 
84 bp  79.8  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0012  tRNA-Tyr  92.86 
 
 
84 bp  79.8  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000365391  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  92.59 
 
 
84 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.112796 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3207t  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
81 bp  73.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0563071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0011  tRNA-Tyr  91.07 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0062  tRNA-Tyr  91.07 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101175  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0086  tRNA-Tyr  90.74 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000985673  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0017  tRNA-Tyr  90.74 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0316061  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0014  tRNA-Tyr  90.74 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000673515  normal  0.0123004 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3168t  tRNA-Tyr  91.84 
 
 
81 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3169t  tRNA-Tyr  91.84 
 
 
81 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000963537  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3167t  tRNA-Tyr  91.84 
 
 
81 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000658084  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0004  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000171597  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t05  tRNA-Tyr  93.02 
 
 
81 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000929423  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0015  tRNA-Tyr  96.97 
 
 
83 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000839238  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  89.47 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0016  tRNA-Tyr  96.97 
 
 
83 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000723443  decreased coverage  0.0000959662 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14005  tRNA-Tyr  92.68 
 
 
84 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.844659 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
87 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
87 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0008  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
84 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000321728  hitchhiker  0.00000918644 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0014  tRNA-Tyr  96.55 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000194257  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0074  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727456  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>