More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1184 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1184  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
356 aa  733    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1400  CoA-transferase family III protein  78.19 
 
 
353 aa  588  1e-167  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.244343 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1540  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  75.5 
 
 
352 aa  570  1e-161  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.768001  normal  0.494853 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.78 
 
 
350 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659137  normal  0.055566 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1248  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.51 
 
 
368 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.450925  normal  0.750819 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.51 
 
 
368 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1375  putative racemase transmembrane protein  45.32 
 
 
368 aa  276  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0625806  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.31 
 
 
437 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000208733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1663  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.44 
 
 
377 aa  265  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.655782  normal  0.0468636 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1356  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.35 
 
 
362 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0359524  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3358  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.12 
 
 
396 aa  242  7.999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2037  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.64 
 
 
350 aa  228  9e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.180097  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5761  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.02 
 
 
393 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.878418  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.12 
 
 
382 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4235  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.46 
 
 
393 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.98 
 
 
393 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0453018  normal  0.0946955 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.39 
 
 
409 aa  206  6e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1527  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.82 
 
 
391 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.351028  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0668  CAIB/BAIF family protein  36.64 
 
 
388 aa  202  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1622  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.28 
 
 
391 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.295347  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.99 
 
 
391 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49070  hypothetical protein  36.69 
 
 
393 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016893 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2722  putative alpha-methylacyl-CoA racemase  36.23 
 
 
389 aa  199  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.45 
 
 
359 aa  199  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4191  hypothetical protein  36.09 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.353514  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2107  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.25 
 
 
357 aa  196  7e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1532  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.92 
 
 
390 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.805397 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2342  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.71 
 
 
391 aa  192  9e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.359975  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.73 
 
 
389 aa  190  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2957  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.42 
 
 
364 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.53 
 
 
381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0238  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
374 aa  182  9.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0309  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.47 
 
 
355 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2199  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.58 
 
 
401 aa  180  4e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3010  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.08 
 
 
397 aa  177  4e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.31 
 
 
363 aa  176  4e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  34.28 
 
 
377 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2103  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.85 
 
 
372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.81 
 
 
373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0891  hypothetical protein  34.14 
 
 
388 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.566516  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.12 
 
 
383 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0626  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.94 
 
 
383 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  0.41477 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.65 
 
 
385 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.74 
 
 
380 aa  171  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4167  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.91 
 
 
387 aa  171  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1603  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.83 
 
 
347 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0977519  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.5 
 
 
369 aa  169  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166829  normal  0.79155 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3400  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.56 
 
 
393 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0361519 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3407  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.53 
 
 
331 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1595  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.64 
 
 
412 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.880614  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.15 
 
 
376 aa  167  4e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.472994  normal  0.691516 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0603  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.85 
 
 
373 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  33.43 
 
 
358 aa  166  8e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3775  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.73 
 
 
370 aa  165  9e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5306  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.83 
 
 
365 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0561712  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.76 
 
 
384 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2713  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.87 
 
 
386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11166  alpha-methylacyl-CoA racemase mcr  32.19 
 
 
395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.151416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1043  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.52 
 
 
386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.129255 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.18 
 
 
385 aa  164  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.84 
 
 
377 aa  164  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.94 
 
 
423 aa  163  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.73 
 
 
347 aa  162  7e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.462369  normal  0.0726285 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.17 
 
 
340 aa  162  9e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.05 
 
 
389 aa  161  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.56 
 
 
384 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.82 
 
 
368 aa  159  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.28 
 
 
363 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.28 
 
 
363 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4298  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.28 
 
 
363 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10872  fatty-acid-CoA racemase far  35.15 
 
 
359 aa  157  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0374561 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2597  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.87 
 
 
367 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.279843 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0399  putative fatty acid-CoA racemase  31.31 
 
 
372 aa  157  4e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.44 
 
 
408 aa  156  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.58 
 
 
370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5556  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.23 
 
 
369 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.82 
 
 
364 aa  155  8e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.012301 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  30.73 
 
 
377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  30.73 
 
 
377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.06 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3539  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.24 
 
 
368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634398  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.61 
 
 
393 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3181  fatty-acyl-CoA racemase  31.34 
 
 
393 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3486  alpha-methylacyl-CoA racemase  30.45 
 
 
377 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2731  alpha-methylacyl-CoA racemase  30.45 
 
 
377 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.04 
 
 
386 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2045  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.53 
 
 
355 aa  152  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  30.45 
 
 
377 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.12 
 
 
384 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1606  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.06 
 
 
372 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.57 
 
 
370 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.924023 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.18 
 
 
376 aa  151  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4578  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.66 
 
 
364 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.176118 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1821  amacr protein  30.45 
 
 
431 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.866292  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  30.42 
 
 
377 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2372  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.36 
 
 
364 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.216792  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.21 
 
 
384 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.29 
 
 
370 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.773202  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_09522  isopenicillin N-CoA epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G03740)  32.93 
 
 
380 aa  149  9e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00143546  normal  0.0131697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5435  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.53 
 
 
370 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512968  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>