279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0352 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0352  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 581 aa  1186    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000114898  hitchhiker  0.000689968 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0223  sigma-54 (RpoN)  55.89 
 
 		 575 aa  593  1e-168  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00293155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0203  RNA polymerase sigma-54 factor family protein  55.18 
 
 		 569 aa  561  1.0000000000000001e-159  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000389153  hitchhiker  0.000144237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  40.21 
 
 		 511 aa  385  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  40.53 
 
 		 488 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  40.18 
 
 		 497 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  39.47 
 
 		 489 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  40.18 
 
 		 497 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.44 
 
 		 493 aa  365  1e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  39.65 
 
 		 497 aa  356  5e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  39.79 
 
 		 507 aa  356  6.999999999999999e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  38.56 
 
 		 497 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 		 511 aa  356  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  39.61 
 
 		 497 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  38.41 
 
 		 497 aa  353  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  39.76 
 
 		 489 aa  351  2e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.9 
 
 		 497 aa  348  1e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  36.99 
 
 		 497 aa  340  4e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  37.81 
 
 		 505 aa  339  9e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.65 
 
 		 505 aa  336  9e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  37.67 
 
 		 491 aa  333  4e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  36.96 
 
 		 482 aa  333  4e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  42.07 
 
 		 477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  36.99 
 
 		 497 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  40.19 
 
 		 477 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  40.19 
 
 		 477 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  40.19 
 
 		 477 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  40.19 
 
 		 477 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  40.19 
 
 		 477 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  39.08 
 
 		 495 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  40.32 
 
 		 487 aa  321  3e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  40.18 
 
 		 508 aa  319  7e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  39.91 
 
 		 477 aa  318  1e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.17 
 
 		 508 aa  318  2e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  39.76 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  39.76 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  39.76 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  39.76 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  39.76 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  39.76 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  43.51 
 
 		 487 aa  317  3e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  39.76 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  38.65 
 
 		 493 aa  317  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.76 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 477 aa  316  6e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  42.62 
 
 		 491 aa  316  7e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.52 
 
 		 477 aa  316  9e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 		 494 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  39.62 
 
 		 493 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  39.08 
 
 		 477 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 477 aa  314  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 477 aa  314  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 477 aa  314  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  41.98 
 
 		 491 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  42.86 
 
 		 491 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  39.42 
 
 		 478 aa  313  4.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  42.62 
 
 		 491 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.22 
 
 		 497 aa  312  1e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  40.96 
 
 		 489 aa  312  1e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  42.37 
 
 		 491 aa  312  1e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  38.05 
 
 		 487 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  38.3 
 
 		 493 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  41.27 
 
 		 492 aa  309  9e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  41.27 
 
 		 492 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  41.27 
 
 		 492 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  41.27 
 
 		 492 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 		 497 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  38.55 
 
 		 477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  41.87 
 
 		 502 aa  303  5.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.64 
 
 		 484 aa  298  1e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  41.95 
 
 		 464 aa  298  2e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  41.46 
 
 		 464 aa  295  2e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2226  sigma-54 RpoN  40.09 
 
 		 477 aa  293  6e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  35.65 
 
 		 501 aa  292  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  35.65 
 
 		 501 aa  290  7e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  35.65 
 
 		 498 aa  290  7e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  35.65 
 
 		 498 aa  290  7e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.53 
 
 		 491 aa  281  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  34.3 
 
 		 530 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  39.36 
 
 		 513 aa  279  8e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.6 
 
 		 525 aa  278  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0419  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.9 
 
 		 529 aa  278  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.361593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.5 
 
 		 475 aa  277  3e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  37.5 
 
 		 475 aa  277  3e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.86 
 
 		 510 aa  275  1.0000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  38.63 
 
 		 513 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  38.63 
 
 		 513 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.25 
 
 		 525 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  38.63 
 
 		 502 aa  274  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  38.63 
 
 		 502 aa  274  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  38.63 
 
 		 502 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  38.63 
 
 		 502 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  38.63 
 
 		 513 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  40.53 
 
 		 501 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 		 505 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  40.26 
 
 		 501 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  40.26 
 
 		 501 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.91 
 
 		 521 aa  269  8.999999999999999e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  39.74 
 
 		 505 aa  269  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  39.74 
 
 		 503 aa  268  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>