More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4477 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4617  leucine dehydrogenase  99.71 
 
 
339 aa  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4477  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  100 
 
 
339 aa  691    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.116706  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4601  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  98.82 
 
 
339 aa  681    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0821  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  89.38 
 
 
339 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0915  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerization region  76.33 
 
 
339 aa  528  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810154  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3248  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  72.86 
 
 
340 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19870  leucine dehydrogenase  73.45 
 
 
341 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.020664  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1708  leucine dehydrogenase  72.86 
 
 
341 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10760  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  66.96 
 
 
339 aa  457  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.189921  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2230  hypothetical protein  46.93 
 
 
357 aa  312  4.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2202  hypothetical protein  46.63 
 
 
357 aa  311  1e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4303  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  48 
 
 
350 aa  305  9.000000000000001e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.734088 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1436  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  47.13 
 
 
375 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0938  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  43.53 
 
 
355 aa  301  1e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2995  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  42.44 
 
 
371 aa  296  5e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0400404  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2476  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.96 
 
 
344 aa  291  9e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.65947  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2467  leucine dehydrogenase  48.55 
 
 
369 aa  291  9e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.463847  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2596  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  46.27 
 
 
344 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2483  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.96 
 
 
351 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1868  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.96 
 
 
351 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00511879  hitchhiker  0.00000368215 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2238  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.34 
 
 
344 aa  290  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1823  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.03 
 
 
348 aa  287  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.653099  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1459  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  50.85 
 
 
364 aa  286  2e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00450437  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2308  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  43.7 
 
 
367 aa  287  2e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2875  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.18 
 
 
352 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.734525 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1598  leucine dehydrogenase  46.44 
 
 
344 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1673  leucine dehydrogenase  46.44 
 
 
344 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0226874 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1742  leucine dehydrogenase  46.44 
 
 
344 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3241  leucine dehydrogenase  46.22 
 
 
370 aa  286  4e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.710635  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5816  leucine dehydrogenase  43.27 
 
 
365 aa  285  8e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523942  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1555  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.37 
 
 
343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.331273  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0262  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  43.57 
 
 
367 aa  282  7.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2878  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  43.31 
 
 
365 aa  280  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00467332  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2638  leucine dehydrogenase  44.89 
 
 
344 aa  278  7e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2067  leucine dehydrogenase  44.41 
 
 
344 aa  276  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.866372  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2543  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  43.65 
 
 
343 aa  275  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2265  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  43.17 
 
 
343 aa  275  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3953  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  42.86 
 
 
356 aa  275  7e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.731419 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2904  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  42.55 
 
 
345 aa  275  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.411111  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06750  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  41.42 
 
 
353 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1681  leucine dehydrogenase  40.71 
 
 
354 aa  271  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000840551  normal  0.0280258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2710  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  42.99 
 
 
343 aa  270  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0334094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1877  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  42.99 
 
 
344 aa  269  5e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000134447 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1037  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  44.15 
 
 
349 aa  268  7e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6219  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal:Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerization region  44.15 
 
 
359 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277223  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3917  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  266  5e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.258537  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0959  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  266  5e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0298672 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4275  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  266  5e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4295  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4185  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000087801 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4070  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.103154  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3908  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4387  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4237  leucine dehydrogenase  44.37 
 
 
366 aa  265  7e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4006  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  43.69 
 
 
366 aa  264  2e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0755  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  40.73 
 
 
364 aa  263  4e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2859  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  43.69 
 
 
366 aa  261  1e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02824  leucine dehydrogenase  40.06 
 
 
352 aa  261  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0223445  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2994  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  41.72 
 
 
352 aa  261  1e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.972727  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0652  leucine dehydrogenase  40.73 
 
 
382 aa  261  1e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.941841  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2278  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  41.12 
 
 
349 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3986  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.35 
 
 
349 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2953  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  39.35 
 
 
365 aa  256  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00102694  normal  0.0444662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1973  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  44.31 
 
 
350 aa  255  9e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.278913  normal  0.5183 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1521  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  41.44 
 
 
349 aa  253  5.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.448998  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12928  leucine dehydrogenase  37.06 
 
 
367 aa  252  6e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.818858  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0296  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  43.11 
 
 
362 aa  252  8.000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01746  leucine dehydrogenase  39.35 
 
 
366 aa  249  7e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3328  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  42.04 
 
 
353 aa  247  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369761  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4625  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  43.73 
 
 
355 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.466466  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0097  valine dehydrogenase (NAD)  44.44 
 
 
356 aa  244  9.999999999999999e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.405788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06730  Leucine dehydrogenase  39.24 
 
 
354 aa  243  3e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0159  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  43.69 
 
 
360 aa  243  3e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346246  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2201  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  37.72 
 
 
393 aa  243  3.9999999999999997e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3346  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization domain-containing protein  41.19 
 
 
371 aa  243  5e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.846718  normal  0.704979 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0963  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  41.09 
 
 
357 aa  242  7e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.922055 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28230  valine dehydrogenase (NAD)  44.82 
 
 
355 aa  242  7.999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0168  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  43.38 
 
 
360 aa  239  4e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.854835  hitchhiker  0.000159335 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5981  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  42.2 
 
 
360 aa  239  5e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.245391 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1400  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  43.75 
 
 
362 aa  239  5.999999999999999e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2779  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.58 
 
 
356 aa  239  6.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.60322  normal  0.877021 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1040  leucine dehydrogenase  44.44 
 
 
366 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.336829  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0299  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  40.8 
 
 
362 aa  237  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2857  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  41.64 
 
 
380 aa  233  3e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2349  leucine dehydrogenase  35.67 
 
 
358 aa  232  6e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.752275  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2701  leucine dehydrogenase  39.64 
 
 
362 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0423  hypothetical protein  41.49 
 
 
368 aa  226  3e-58  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7207  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  43.54 
 
 
366 aa  220  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169486  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4753  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  42.2 
 
 
356 aa  217  2e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4313  valine dehydrogenase (NAD)  42.81 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8995  leucine dehydrogenase  39.29 
 
 
367 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1545  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  39.19 
 
 
349 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.503343  normal  0.451377 
 
 
-
 
NC_002620  TC0154  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase family protein  38.56 
 
 
346 aa  209  4e-53  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2247  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  38.73 
 
 
359 aa  208  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4113  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  41.46 
 
 
351 aa  206  3e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4404  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  41.77 
 
 
357 aa  205  1e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5610  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  41.49 
 
 
363 aa  202  7e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0831921  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0203  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  35.96 
 
 
344 aa  188  9e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4087  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  38.3 
 
 
360 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.733748 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4384  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  42.38 
 
 
354 aa  178  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>