36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3873 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1837  hypothetical protein  100 
 
 
63 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218099  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3873  hypothetical protein  100 
 
 
63 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0534679  normal  0.0929101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1415  hypothetical protein  98.41 
 
 
63 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.92548  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1446  hypothetical protein  95.24 
 
 
64 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.10688 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42710  hypothetical protein  65.08 
 
 
63 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3586  hypothetical protein  65.08 
 
 
63 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1731  hypothetical protein  80.95 
 
 
63 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1863  hypothetical protein  79.37 
 
 
63 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0931519  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2054  hypothetical protein  79.37 
 
 
63 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.280608  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23810  hypothetical protein  56.36 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1885  hypothetical protein  73.02 
 
 
63 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1259  hypothetical protein  54.72 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2919  hypothetical protein  54.72 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2697  hypothetical protein  54.72 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.352698  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2428  hypothetical protein  51.85 
 
 
77 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0557927  normal  0.456948 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2789  hypothetical protein  43.64 
 
 
58 aa  56.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942989  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2271  hypothetical protein  46.43 
 
 
74 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0912556  hitchhiker  0.00147123 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3848  hypothetical protein  50 
 
 
64 aa  55.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0790334  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3134  hypothetical protein  51.85 
 
 
69 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.499641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1461  hypothetical protein  65.52 
 
 
58 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.802957  normal  0.906352 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2624  hypothetical protein  43.64 
 
 
64 aa  53.9  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3971  hypothetical protein  46.77 
 
 
77 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.12122 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1228  hypothetical protein  46.15 
 
 
79 aa  53.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1550  hypothetical protein  55.56 
 
 
60 aa  51.2  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2985  hypothetical protein  50 
 
 
77 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.327676  normal  0.403692 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3291  hypothetical protein  46.15 
 
 
62 aa  48.1  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1982  hypothetical protein  48.89 
 
 
61 aa  44.7  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.525282  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4546  hypothetical protein  41.82 
 
 
79 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.195637  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0042  hypothetical protein  42.86 
 
 
59 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3633  hypothetical protein  40.38 
 
 
62 aa  43.5  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0717136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2250  hypothetical protein  36.54 
 
 
110 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3511  hypothetical protein  38 
 
 
61 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.573232  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3524  hypothetical protein  36.54 
 
 
110 aa  42  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0647005  normal  0.531387 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1454  hypothetical protein  46.55 
 
 
73 aa  42  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2403  hypothetical protein  38.98 
 
 
70 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.60813  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4181  hypothetical protein  48.08 
 
 
62 aa  40.4  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.699697 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>