More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3645 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2095  dihydroorotate dehydrogenase 2  98.53 
 
 		 340 aa  667    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0895487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3645  dihydroorotate dehydrogenase 2  100 
 
 		 369 aa  745    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1613  dihydroorotate dehydrogenase 2  93.82 
 
 		 341 aa  642    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000426002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1606  dihydroorotate dehydrogenase 2  97.35 
 
 		 341 aa  660    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.806586  normal  0.155671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2087  dihydroorotate dehydrogenase 2  87.35 
 
 		 342 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24640  dihydroorotate dehydrogenase 2  87.35 
 
 		 342 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2309  dihydroorotate dehydrogenase  86.47 
 
 		 343 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2106  dihydroorotate dehydrogenase 2  86.47 
 
 		 343 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.02785  decreased coverage  0.00223675 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1786  dihydroorotate dehydrogenase 2  87.83 
 
 		 339 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3011  dihydroorotate dehydrogenase 2  85.29 
 
 		 340 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000990874 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18900  dihydroorotate dehydrogenase 2  84.91 
 
 		 347 aa  559  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.388059  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1738  dihydroorotate oxidase  62.94 
 
 		 346 aa  422  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2511  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.12 
 
 		 345 aa  408  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0626314  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2800  dihydroorotate dehydrogenase  57.91 
 
 		 336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1037  dihydroorotate oxidase  60.6 
 
 		 340 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.177591  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1678  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.93 
 
 		 345 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289485 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1476  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.64 
 
 		 356 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1455  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.64 
 
 		 356 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1242  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.71 
 
 		 340 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2507  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.41 
 
 		 353 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1809  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.42 
 
 		 342 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.505366  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1730  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.84 
 
 		 353 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658492  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1253  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.12 
 
 		 345 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1978  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.12 
 
 		 345 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1825  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.12 
 
 		 342 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.833484  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0768  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.12 
 
 		 345 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0837713  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1750  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.37 
 
 		 339 aa  395  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0394  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.12 
 
 		 345 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350718  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1664  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.74 
 
 		 344 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0155607 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1736  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.12 
 
 		 345 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.575545  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0506  dihydroorotate dehydrogenase 2  59.09 
 
 		 337 aa  394  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1342  dihydroorotate oxidase A  60 
 
 		 371 aa  392  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2593  dihydroorotate dehydrogenase 2  59.82 
 
 		 335 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144879  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0645  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.54 
 
 		 337 aa  390  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02339  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.23 
 
 		 336 aa  388  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1074  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.35 
 
 		 356 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1554  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.35 
 
 		 356 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4696  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.06 
 
 		 356 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.226545  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0934  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.25 
 
 		 344 aa  384  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1164  dihydroorotate oxidase A  59.77 
 
 		 347 aa  383  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2706  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.12 
 
 		 349 aa  383  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1549  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.63 
 
 		 336 aa  381  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1098  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.33 
 
 		 336 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.730125  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1619  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.05 
 
 		 344 aa  378  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02009  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.45 
 
 		 331 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0256343  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1928  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.34 
 
 		 365 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0930584  normal  0.0310876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1600  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.34 
 
 		 365 aa  378  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2537  normal  0.306495 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1681  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.69 
 
 		 339 aa  378  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0429717  normal  0.0725537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1756  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.69 
 
 		 339 aa  378  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.341837  normal  0.144271 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1786  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.69 
 
 		 339 aa  378  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287133  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003436  dihydroorotate dehydrogenase  56.02 
 
 		 336 aa  381  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3988  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.97 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.055299  normal  0.021613 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1740  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.69 
 
 		 336 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0560923  normal  0.0257615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1457  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.69 
 
 		 336 aa  375  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2592  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.39 
 
 		 339 aa  374  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1530  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.15 
 
 		 330 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.95205 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1730  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.73 
 
 		 339 aa  373  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2299  dihydroorotate oxidase  54.03 
 
 		 336 aa  373  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.189088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2617  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.01 
 
 		 350 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1677  dihydroorotate dehydrogenase  53.73 
 
 		 335 aa  374  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00949  dihydroorotate dehydrogenase  54.79 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000020271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2698  Dihydroorotate oxidase  54.79 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157783  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1016  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845277  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2555  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.19 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.982288  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1109  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000226851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1317  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.41 
 
 		 344 aa  368  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1943  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.09 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00956  hypothetical protein  54.79 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000162497  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2432  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.09 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.160194  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2174  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  371  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000792039  normal  0.661729 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1788  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.73 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0427694  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2372  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000164605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1060  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1133  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000040512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1213  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.73 
 
 		 358 aa  368  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.104048 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1646  dihydroorotate dehydrogenase  54.33 
 
 		 335 aa  371  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.353277  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1984  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.19 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2651  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000533982  hitchhiker  0.00158114 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1167  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0101504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2552  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.09 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.050028 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1120  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00333644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2644  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.19 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178452  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1099  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000085324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2194  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.49 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1054  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000778438  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2439  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 339 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2141  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.19 
 
 		 340 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2061  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.43 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2003  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.24 
 
 		 335 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0557118  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2220  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.41 
 
 		 339 aa  368  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1912  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.79 
 
 		 339 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.103041  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1284  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.59 
 
 		 344 aa  364  1e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.718117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2858  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.55 
 
 		 350 aa  364  1e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1101  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.59 
 
 		 344 aa  365  1e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1810  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.19 
 
 		 341 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000129041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1463  dihydroorotate oxidase  56.08 
 
 		 340 aa  363  2e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318461 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1593  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.3 
 
 		 339 aa  363  3e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000395197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1048  dihydroorotate dehydrogenase  53.53 
 
 		 377 aa  361  1e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2475  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.12 
 
 		 339 aa  360  3e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00234751  hitchhiker  0.00462057 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1080  Dihydroorotate oxidase  54.85 
 
 		 344 aa  360  3e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106041  normal  0.333003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>