More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3553 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010084  Bmul_2365  NADH dehydrogenase (quinone)  64.29 
 
 		 525 aa  635    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3926  NADH dehydrogenase (quinone)  61.1 
 
 		 518 aa  645    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3637  NADH dehydrogenase (quinone)  62.87 
 
 		 518 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.288209  normal  0.948278 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2751  NADH dehydrogenase (quinone)  63.57 
 
 		 523 aa  650    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132633 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  62.94 
 
 		 516 aa  642    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2184  NADH dehydrogenase (quinone)  99.23 
 
 		 525 aa  1028    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1392  formate dehydrogenase, beta subunit  63.99 
 
 		 516 aa  656    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0908  NADH dehydrogenase (quinone)  63.76 
 
 		 525 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0101124 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4023  formate dehydrogenase, beta subunit  59.06 
 
 		 537 aa  635    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0449  formate dehydrogenase, beta subunit  64.9 
 
 		 521 aa  664    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0181  formate dehydrogenase, beta subunit  64.9 
 
 		 521 aa  664    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4098  NADH dehydrogenase I chain F  60.9 
 
 		 518 aa  645    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0618  NADH dehydrogenase (quinone)  64.98 
 
 		 521 aa  641    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.480438  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3011  NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit  64.9 
 
 		 521 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3553  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 		 519 aa  1036    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0989  NADH dehydrogenase (quinone)  62.23 
 
 		 516 aa  638    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0728  NADH dehydrogenase (quinone)  63.5 
 
 		 518 aa  652    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538891  normal  0.849063 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4145  NADH dehydrogenase (quinone)  63.53 
 
 		 525 aa  639    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3018  NADH dehydrogenase (quinone)  64.66 
 
 		 519 aa  682    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2901  formate dehydrogenase, beta subunit  65.1 
 
 		 521 aa  666    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19176  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0804  NADH dehydrogenase (quinone)  63.48 
 
 		 518 aa  636    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1623  formate dehydrogenase, beta subunit  65.1 
 
 		 522 aa  660    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0721  NADH dehydrogenase (quinone)  63.32 
 
 		 516 aa  676    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0388  NADH dehydrogenase (quinone)  62.6 
 
 		 523 aa  649    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0965  NAD-dependent formate dehydrogenase, beta subunit  64.34 
 
 		 521 aa  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3022  NADH dehydrogenase (quinone)  64.84 
 
 		 520 aa  646    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689492  hitchhiker  0.00492897 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0554  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  65.49 
 
 		 518 aa  672    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0553  NADH dehydrogenase (quinone)  64.71 
 
 		 525 aa  647    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1860  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  63.15 
 
 		 727 aa  639    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2275  NADH dehydrogenase (quinone)  61.2 
 
 		 522 aa  641    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2898  NADH dehydrogenase (quinone)  61.66 
 
 		 518 aa  649    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1707  NADH dehydrogenase (quinone)  93.83 
 
 		 519 aa  981    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0896  NADH dehydrogenase (quinone)  63.76 
 
 		 525 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1032  NADH dehydrogenase (quinone)  64.71 
 
 		 525 aa  647    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1808  NADH dehydrogenase (quinone)  95.95 
 
 		 519 aa  1001    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  64.71 
 
 		 525 aa  649    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0966  formate dehydrogenase, beta subunit  64.9 
 
 		 521 aa  664    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.823585  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3709  NADH dehydrogenase (quinone)  65.32 
 
 		 520 aa  669    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.801479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4997  NADH dehydrogenase (quinone)  62.94 
 
 		 519 aa  646    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202694 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3480  NADH dehydrogenase (quinone)  62.43 
 
 		 520 aa  646    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3807  normal  0.394192 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3090  putative formate dehydrogenase beta subunit  63.41 
 
 		 518 aa  656    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.574941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2594  formate dehydrogenase, beta subunit  64.9 
 
 		 521 aa  664    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2384  NADH dehydrogenase (quinone)  61.45 
 
 		 518 aa  664    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.649035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2963  formate dehydrogenase, beta subunit  65.1 
 
 		 527 aa  666    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1079  NAD dependent formate dehydrogenase, beta subunit (51 kDa)  62.23 
 
 		 509 aa  634  1e-180  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.434836  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4913  NADH dehydrogenase (quinone)  60.31 
 
 		 519 aa  632  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.849952  normal  0.190693 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2740  NADH dehydrogenase (quinone)  62.04 
 
 		 509 aa  634  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4405  NADH dehydrogenase (quinone)  60.59 
 
 		 519 aa  628  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4868  NADH dehydrogenase (quinone)  60.98 
 
 		 519 aa  631  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00138717 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0840  NADH dehydrogenase (quinone)  62.28 
 
 		 516 aa  626  1e-178  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.882058  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2854  NADH dehydrogenase (quinone)  62.23 
 
 		 509 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2057  formate dehydrogenase, beta subunit  58.69 
 
 		 534 aa  622  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.657575  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0725  NADH dehydrogenase (quinone)  62.04 
 
 		 518 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4646  NADH dehydrogenase (quinone)  63.09 
 
 		 518 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.408864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  61.75 
 
 		 518 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2857  NADH dehydrogenase (quinone)  57.56 
 
 		 513 aa  602  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0256  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  60.71 
 
 		 519 aa  601  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.370344  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2353  NADH dehydrogenase (quinone)  60.71 
 
 		 519 aa  587  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.691857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1474  NADH dehydrogenase (quinone)  60.98 
 
 		 516 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.489293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2683  NADH dehydrogenase (quinone)  59.39 
 
 		 511 aa  584  1.0000000000000001e-165  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2559  NADH dehydrogenase (quinone)  57.17 
 
 		 500 aa  577  1.0000000000000001e-163  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0733  NADH dehydrogenase (quinone)  56.9 
 
 		 512 aa  571  1.0000000000000001e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0030  NADH dehydrogenase (quinone)  50.29 
 
 		 523 aa  547  1e-154  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  46.32 
 
 		 602 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  43.2 
 
 		 597 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  45.93 
 
 		 607 aa  398  1e-109  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  45.93 
 
 		 607 aa  398  1e-109  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  45.11 
 
 		 610 aa  394  1e-108  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  39.69 
 
 		 604 aa  384  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  40.08 
 
 		 545 aa  385  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  43.15 
 
 		 594 aa  383  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  41.92 
 
 		 614 aa  385  1e-105  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  41.52 
 
 		 590 aa  385  1e-105  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  42.14 
 
 		 597 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  44.44 
 
 		 594 aa  379  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  45.48 
 
 		 596 aa  380  1e-104  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  38.26 
 
 		 614 aa  376  1e-103  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  46.59 
 
 		 572 aa  378  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  40.35 
 
 		 595 aa  376  1e-103  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  40.12 
 
 		 629 aa  376  1e-103  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3505  NADH dehydrogenase (quinone)  40.12 
 
 		 619 aa  374  1e-102  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.960223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  41.25 
 
 		 624 aa  374  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0834  NADH dehydrogenase I, F subunit  41.99 
 
 		 617 aa  375  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1857  NADH dehydrogenase (quinone)  39.08 
 
 		 600 aa  372  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  44.21 
 
 		 537 aa  372  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  44.77 
 
 		 535 aa  375  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  40.75 
 
 		 552 aa  374  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  42.98 
 
 		 535 aa  371  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  38.93 
 
 		 588 aa  371  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0724  NADH dehydrogenase (quinone)  44.63 
 
 		 485 aa  370  1e-101  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  41.76 
 
 		 570 aa  369  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  44.12 
 
 		 545 aa  366  1e-100  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  42.72 
 
 		 562 aa  366  1e-100  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0757022  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  46.83 
 
 		 532 aa  367  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0532  NADH dehydrogenase (quinone)  39.26 
 
 		 620 aa  367  1e-100  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0280377  normal  0.055647 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0845  NADH dehydrogenase (quinone)  46.17 
 
 		 572 aa  367  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  44.12 
 
 		 545 aa  366  1e-100  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3350  NADH dehydrogenase I, F subunit  41.84 
 
 		 591 aa  365  1e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.50901  normal  0.051471 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  39.76 
 
 		 597 aa  364  2e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2233  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  44.62 
 
 		 597 aa  363  3e-99  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>