More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3345 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1171  AMP-dependent synthetase and ligase  53.97 
 
 		 640 aa  718    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.263452  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32550  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  57.97 
 
 		 644 aa  733    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.113888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0273  AMP-dependent synthetase and ligase  52.7 
 
 		 630 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14120  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  54.5 
 
 		 651 aa  646    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0156514  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2826  AMP-dependent synthetase and ligase  56.04 
 
 		 652 aa  711    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2351  acetyl-CoA synthetase, putative  97.93 
 
 		 629 aa  1237    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120484 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0917  acid-CoA ligase family protein  56.27 
 
 		 631 aa  766    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1731  propionate--CoA ligase  52.08 
 
 		 636 aa  675    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6467  AMP-dependent synthetase and ligase  57.65 
 
 		 627 aa  715    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0556456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 629 aa  1285    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  54.95 
 
 		 638 aa  684    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.214924 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2393  AMP-dependent synthetase and ligase  57.74 
 
 		 627 aa  716    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000718613  hitchhiker  0.000862635 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1067  AMP-dependent synthetase and ligase  54.47 
 
 		 642 aa  680    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1951  AMP-dependent synthetase and ligase  96.18 
 
 		 629 aa  1216    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419294 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1673  propionate--CoA ligase  52.24 
 
 		 636 aa  678    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0878  AMP-dependent synthetase and ligase  53.76 
 
 		 631 aa  731    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000235453  normal  0.0118338 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0245  AMP-dependent synthetase and ligase  53.02 
 
 		 630 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1592  acyl-CoA sythetase  53.02 
 
 		 638 aa  697    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1288  propionate--CoA ligase  53.85 
 
 		 631 aa  714    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1125  propionate--CoA ligase  54.4 
 
 		 640 aa  728    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1499  AMP-dependent synthetase and ligase  54.3 
 
 		 635 aa  716    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1791  AMP-dependent synthetase and ligase  92.21 
 
 		 629 aa  1166    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.223336 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1046  AMP-dependent synthetase and ligase  54.81 
 
 		 634 aa  718    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.735408  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0872  AMP-dependent synthetase and ligase  53.69 
 
 		 640 aa  720    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  52 
 
 		 630 aa  681    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4326  AMP-dependent synthetase and ligase  53.44 
 
 		 636 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2622  AMP-dependent synthetase and ligase  52.56 
 
 		 642 aa  649    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4996  AMP-dependent synthetase and ligase  53.21 
 
 		 636 aa  690    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2298  AMP-dependent synthetase and ligase  52.86 
 
 		 633 aa  668    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.59059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2844  AMP-dependent synthetase and ligase  56.2 
 
 		 652 aa  709    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4609  AMP-dependent synthetase and ligase  60.23 
 
 		 625 aa  736    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.341559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1958  AMP-dependent synthetase and ligase  54.59 
 
 		 643 aa  690    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4396  AMP-dependent synthetase and ligase  54.43 
 
 		 636 aa  685    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185753 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2043  AMP-dependent synthetase and ligase  57.56 
 
 		 638 aa  771    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0081773  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4248  AMP-dependent synthetase and ligase  54.25 
 
 		 636 aa  691    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.193877 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1532  AMP-dependent synthetase and ligase  56.36 
 
 		 652 aa  716    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.589921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4221  AMP-dependent synthetase and ligase  53.91 
 
 		 636 aa  700    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409374  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1527  AMP-dependent synthetase and ligase  53.74 
 
 		 636 aa  660    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000383021 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3748  AMP-dependent synthetase and ligase  54.44 
 
 		 641 aa  691    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.159285  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2671  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 		 624 aa  657    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  54.84 
 
 		 640 aa  684    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.633526 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1183  AMP-dependent synthetase and ligase  52.88 
 
 		 636 aa  689    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.918913  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1574  AMP-dependent synthetase and ligase  52.8 
 
 		 630 aa  702    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0956  propionate--CoA ligase  57.81 
 
 		 632 aa  773    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4231  AMP-dependent synthetase and ligase  60.06 
 
 		 625 aa  735    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1575  AMP-dependent synthetase and ligase  58.94 
 
 		 627 aa  723    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.134471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1779  AMP-dependent synthetase and ligase  55.66 
 
 		 631 aa  685    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.489551  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0613  AMP-dependent synthetase and ligase  52.78 
 
 		 643 aa  674    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02248  Propionyl CoA synthase  57.88 
 
 		 636 aa  776    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.267498  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2795  AMP-dependent synthetase and ligase  54.44 
 
 		 634 aa  699    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2319  AMP-dependent synthetase and ligase  54.5 
 
 		 635 aa  709    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2391  AMP-dependent synthetase and ligase  54.5 
 
 		 640 aa  710    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.977158 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  52.88 
 
 		 635 aa  664    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1396  AMP-dependent synthetase and ligase  57.93 
 
 		 632 aa  771    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.792119  normal  0.172808 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  55.57 
 
 		 638 aa  728    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0122187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1576  putative acetyl-coa synthetase  77.01 
 
 		 628 aa  983    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18150  putative acetyl-coa synthetase  77.17 
 
 		 628 aa  984    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02393  hypothetical protein  58.94 
 
 		 626 aa  786    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  56.36 
 
 		 652 aa  716    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.420562 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1527  AMP-dependent synthetase and ligase  54.09 
 
 		 633 aa  658    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.369396  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2234  AMP-dependent synthetase and ligase  54.11 
 
 		 643 aa  683    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.573086 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1890  propionate--CoA ligase  59.81 
 
 		 695 aa  760    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.964967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1675  AMP-dependent synthetase and ligase  54.5 
 
 		 640 aa  706    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0943  putative propionate--CoA ligase  54.72 
 
 		 634 aa  701    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2568  AMP-dependent synthetase and ligase  55.47 
 
 		 662 aa  723    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1168  AMP-dependent synthetase and ligase  53.12 
 
 		 637 aa  713    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.313288  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2225  AMP-dependent synthetase and ligase  52.32 
 
 		 634 aa  691    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  56.87 
 
 		 641 aa  716    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1460  AMP-dependent synthetase and ligase  54.7 
 
 		 638 aa  714    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3221  AMP-dependent synthetase and ligase  54.23 
 
 		 640 aa  709    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0171767 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1797  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 		 641 aa  721    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1364  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase  56.08 
 
 		 644 aa  725    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0012  AMP-dependent synthetase and ligase  57.9 
 
 		 634 aa  751    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4297  AMP-dependent synthetase and ligase  60.06 
 
 		 625 aa  735    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0348009  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1865  AMP-dependent synthetase and ligase  56.84 
 
 		 628 aa  744    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.610194  normal  0.170173 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1721  AMP-dependent synthetase and ligase  56.52 
 
 		 652 aa  717    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  56.82 
 
 		 623 aa  719    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884011 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  53.85 
 
 		 632 aa  710    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471619  hitchhiker  0.000000265688 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  58.58 
 
 		 624 aa  758    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000665124  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1176  AMP-dependent synthetase and ligase  54.4 
 
 		 631 aa  733    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1959  AMP-dependent synthetase and ligase  57.62 
 
 		 639 aa  701    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.330038  normal  0.184805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  56.09 
 
 		 641 aa  686    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10660  acetyl-CoA synthetase  77.71 
 
 		 629 aa  1016    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003392  propionate--CoA ligase  57.49 
 
 		 625 aa  783    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1511  propionate--CoA ligase  56.43 
 
 		 634 aa  738    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.919396  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  57 
 
 		 626 aa  684    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.135947  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1729  propionyl-CoA synthetase  48.65 
 
 		 633 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264678  normal  0.844585 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1518  propionyl-CoA synthetase  48.49 
 
 		 632 aa  580  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2037  propionyl-CoA synthetase  49.13 
 
 		 633 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1562  propionyl-CoA synthetase  47.22 
 
 		 625 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2691  propionyl-CoA synthetase  45.86 
 
 		 632 aa  569  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2322  propionyl-CoA synthetase  45.66 
 
 		 631 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.709656  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1020  propionyl-CoA synthetase  45.34 
 
 		 627 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2203  propionyl-CoA synthetase  48.01 
 
 		 629 aa  565  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249852 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2185  propionyl-CoA synthetase  46.92 
 
 		 630 aa  552  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238065  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1614  propionyl-CoA synthetase  45.87 
 
 		 630 aa  554  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.1724  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3790  AMP-dependent synthetase and ligase  47.63 
 
 		 633 aa  549  1e-155  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.20899  decreased coverage  0.0016859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3965  propionyl-CoA synthetase  47.45 
 
 		 628 aa  550  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1204  propionyl-CoA synthetase  44.15 
 
 		 630 aa  547  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0395  propionyl-CoA synthetase  47.3 
 
 		 631 aa  546  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>