More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3184 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3184  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.13539  normal  0.42811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2071  TetR family transcriptional regulator  85.92 
 
 		 206 aa  342  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51999  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  47.76 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  50.85 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  50.85 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4988  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  41.03 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1157  TetR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.225528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3877  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.208498 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2236  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.226682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1764  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.162555 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3397  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0550529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1989  transcriptional regulator, TetR family  37.62 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1156  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00478832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 214 aa  52.8  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  44 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06680  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 200 aa  52  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 202 aa  52  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5760  putative transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 209 aa  52  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.204819 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 195 aa  51.6  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  44.83 
 
 		 216 aa  52  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 218 aa  51.6  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 191 aa  51.6  0.000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 195 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  29.73 
 
 		 195 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 497 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 196 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 246 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1053  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.853566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 240 aa  50.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0703  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 232 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3198  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00193732  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 203 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 241 aa  49.7  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 251 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 217 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 214 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 211 aa  49.3  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  38.1 
 
 		 248 aa  48.9  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 246 aa  48.9  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0764  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 204 aa  48.9  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000222329 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 219 aa  48.5  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0257  transcriptional regulator, TetR family  46.94 
 
 		 183 aa  48.5  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.115958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3564  putative transcriptional regulator, TetR family  38.96 
 
 		 217 aa  48.5  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.394377 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 237 aa  48.5  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 202 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5023  TetR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 202 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 202 aa  48.5  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 223 aa  48.5  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2395  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 423 aa  48.5  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.764783 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 202 aa  48.5  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 212 aa  48.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 203 aa  48.5  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 220 aa  48.1  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 219 aa  48.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 213 aa  48.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 260 aa  48.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2689  putative transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 325 aa  48.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.559134 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 210 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 240 aa  47.4  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1941  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 189 aa  47.4  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.842083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 244 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 255 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 198 aa  47.8  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 209 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 209 aa  47.4  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1997  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0474929  normal  0.0514197 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 209 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>