More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3160 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3160  methyltransferase type 12  100 
 
 
222 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.657234  normal  0.0993246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2555  methyltransferase type 12  94.59 
 
 
226 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0699179  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3361  methyltransferase type 12  87.84 
 
 
222 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313906  normal  0.784273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2169  hypothetical protein  78.83 
 
 
223 aa  367  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2488  methyltransferase type 11  76.92 
 
 
223 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.180957 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2699  methyltransferase type 12  50.23 
 
 
231 aa  223  1e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1721  Methyltransferase type 12  51.12 
 
 
226 aa  206  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000160081 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1254  methyltransferase type 12  51.61 
 
 
226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.452774  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54050  hypothetical protein  50 
 
 
221 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2281  Methyltransferase type 11  47.3 
 
 
237 aa  186  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3913  methyltransferase type 11  30.45 
 
 
232 aa  81.3  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119732  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5884  methyltransferase type 11  25.88 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1418  Methyltransferase type 11  32.6 
 
 
245 aa  69.3  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.291463  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1159  methyltransferase type 11  33.88 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.255904  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1144  Methyltransferase type 11  32.95 
 
 
337 aa  67  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.344527  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3030  type 12 methyltransferase  30.43 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.788601  normal  0.081497 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8438  SAM-dependent methyltransferase, putative  29.63 
 
 
258 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1219  Methyltransferase type 11  32.77 
 
 
269 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180898  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1428  Methyltransferase type 11  30.43 
 
 
233 aa  63.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.258196 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4338  methyltransferase type 11  33.09 
 
 
208 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1321  Methyltransferase type 11  32.2 
 
 
269 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12280  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  28.65 
 
 
236 aa  59.7  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3385  hypothetical protein  27.22 
 
 
251 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.244132  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5190  hypothetical protein  29.41 
 
 
207 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0348  hypothetical protein  28.49 
 
 
208 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.11153  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2935  methyltransferase type 11  24.2 
 
 
249 aa  59.3  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2918  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  31.03 
 
 
241 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536779  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2770  methyltransferase type 12  25.25 
 
 
408 aa  58.5  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2548  thiopurine S-methyltransferase  26.01 
 
 
213 aa  57.8  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.997429  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4083  methyltransferase type 11  27.44 
 
 
257 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.189475  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3265  methyltransferase type 11  29.96 
 
 
241 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0996  Methyltransferase type 11  24.6 
 
 
246 aa  57  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5124  methyltransferase type 11  29.96 
 
 
241 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.306844 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1957  methyltransferase type 11  27.33 
 
 
236 aa  57  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.476882  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1599  D-mycarose 3-C-methyltransferase  23.23 
 
 
416 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1409  methyltransferase type 11  24.86 
 
 
243 aa  57  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1330  Methyltransferase type 11  29.24 
 
 
252 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0486  hypothetical protein  28.66 
 
 
208 aa  56.2  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1146  Methyltransferase type 11  31.17 
 
 
251 aa  56.6  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114976  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0170  methyltransferase type 11  25 
 
 
269 aa  56.6  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000954595  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3148  ubiE/COQ5 methyltransferase family protein  24.58 
 
 
251 aa  55.5  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000361441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3384  hypothetical protein  24.58 
 
 
251 aa  55.5  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35300  hypothetical protein  25.7 
 
 
218 aa  54.3  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0249  Methyltransferase type 11  31.14 
 
 
244 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1218  Tn554 hypothetical protein  26.55 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000635132  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1341  Tn554 hypothetical protein  26.55 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.458469  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2512  hypothetical protein  26.55 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.452599  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3333  C-methyltransferase  26.09 
 
 
413 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2138  Methyltransferase type 11  38.89 
 
 
260 aa  53.9  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2327  methylase  25.84 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.102662  normal  0.330615 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0038  methyltransferase type 12  26.55 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1712  methyltransferase type 12  26.55 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0038  methyltransferase type 12  26.55 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1916  hypothetical protein  27.78 
 
 
211 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.193289  normal  0.326976 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1746  methyltransferase type 12  26.55 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0212667  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09450  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  38.68 
 
 
268 aa  53.5  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3115  methyl transferase  29.69 
 
 
283 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4752  putative methionine biosynthesis protein MetW  35.29 
 
 
541 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.432574 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2784  C-methyltransferase  26.09 
 
 
413 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.611308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4566  putative S-adenosyl-L-methionine (SAM)-dependent methyltransferase  31.84 
 
 
285 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.343396 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3087  hypothetical protein  29.69 
 
 
252 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2164  hypothetical protein  29.69 
 
 
242 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.883153  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2561  Methyltransferase type 11  27.85 
 
 
261 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.894983  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3059  Trans-aconitate 2-methyltransferase  32.43 
 
 
255 aa  52.8  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000652441 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3197  methyltransferase type 11  22.58 
 
 
247 aa  52.8  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0747  hypothetical protein  29.69 
 
 
242 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2580  hypothetical protein  29.69 
 
 
242 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2034  hypothetical protein  29.69 
 
 
242 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3164  hypothetical protein  24.02 
 
 
251 aa  52.4  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0872868  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3414  hypothetical protein  24.02 
 
 
251 aa  52.4  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3033  hypothetical protein  29.17 
 
 
252 aa  52.8  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.274712  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3058  ubiE/COQ5 methyltransferase family protein  24.02 
 
 
251 aa  52  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550662  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3389  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase ubie  24.26 
 
 
251 aa  52  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.232825  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2300  methyltransferase type 11  26.44 
 
 
260 aa  52  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2180  putative methyltransferase  28.65 
 
 
239 aa  52  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2130  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  33.09 
 
 
241 aa  51.6  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.874721 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3362  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase ubie  23.86 
 
 
251 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3665  Methyltransferase type 11  30.46 
 
 
223 aa  51.6  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0628  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.03 
 
 
230 aa  50.8  0.00001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.308347  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1388  methyltransferase type 11  32.71 
 
 
477 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.485949  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2336  methyltransferase type 11  24.15 
 
 
280 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2832  methyl transferase  31.09 
 
 
259 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2707  Methyltransferase type 12  38.61 
 
 
201 aa  50.1  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.821475 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1592  methyltransferase type 11  24.18 
 
 
225 aa  50.4  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.367784  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00940  hexaprenyldihydroxybenzoate methyltransferase, putative  31.19 
 
 
344 aa  50.4  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0233  hypothetical protein  26.71 
 
 
209 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.385291  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4899  putative SAM-dependent methyltransferase  34.31 
 
 
541 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00310573 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3471  methyltransferase type 11  24.59 
 
 
207 aa  50.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00055475  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4902  putative SAM-dependent methyltransferase  33.06 
 
 
541 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3139  methyltransferase type 11  29.74 
 
 
244 aa  50.8  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.763715 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4053  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase UbiE  25.43 
 
 
207 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4832  methyltransferase type 11  28.21 
 
 
270 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3334  methyltransferase type 11  28.21 
 
 
270 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4181  methyltransferase type 11  28.21 
 
 
270 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06424  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  27.11 
 
 
234 aa  50.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0368  Methyltransferase type 11  27.96 
 
 
365 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4852  putative SAM-dependent methyltransferase  33.06 
 
 
541 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0491612 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1855  methyltransferase type 11  23.08 
 
 
232 aa  50.8  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000126246  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4828  methyltransferase domain family  33.06 
 
 
541 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0211  methyltransferase type 11  30.25 
 
 
266 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>