63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2504 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3257  methyltransferase, putative  98.99 
 
 		 199 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.509429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2504  methyltransferase type 12  100 
 
 		 199 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2638  NodS family protein  88.94 
 
 		 199 aa  367  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2654  methyltransferase type 12  83.42 
 
 		 199 aa  349  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268056  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2541  NodS  56.25 
 
 		 199 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3133  methyltransferase, putative  56.45 
 
 		 208 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0805315  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3000  methyltransferase, putative  55.21 
 
 		 208 aa  214  8e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5417  methyltransferase type 12  47.31 
 
 		 199 aa  175  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2028  putative methyltransferase protein  47.87 
 
 		 201 aa  168  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2239  Methyltransferase type 12  47.87 
 
 		 201 aa  168  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4938  NodS  46.41 
 
 		 203 aa  160  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  45.31 
 
 		 462 aa  158  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0200  Methyltransferase type 12  44.57 
 
 		 240 aa  152  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  44.38 
 
 		 464 aa  150  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  40.82 
 
 		 502 aa  145  5e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1799  methyltransferase type 12  38.18 
 
 		 265 aa  143  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.0767519 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  41.01 
 
 		 471 aa  140  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5873  methyltransferase type 12  38.58 
 
 		 197 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444387 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  40.91 
 
 		 464 aa  131  6.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2920  Methyltransferase type 12  42.14 
 
 		 195 aa  128  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.338698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1345  methyltransferase type 12  39.78 
 
 		 191 aa  124  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0930798  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3661  methyltransferase type 12  42.21 
 
 		 197 aa  124  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0983592  normal  0.117601 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4100  NodS  42.21 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246696  normal  0.139963 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  43.87 
 
 		 708 aa  115  3e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  38.86 
 
 		 427 aa  112  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0019  NodS family protein  33.52 
 
 		 207 aa  108  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  39.1 
 
 		 447 aa  106  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3595  Methyltransferase type 12  35.95 
 
 		 192 aa  102  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0577  methyltransferase type 12  36.31 
 
 		 192 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4156  Methyltransferase type 12  35.71 
 
 		 198 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0265563  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4304  Methyltransferase type 12  37.66 
 
 		 197 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0637573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3847  methyltransferase type 12  34.42 
 
 		 198 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0800  Methyltransferase type 12  33.33 
 
 		 202 aa  81.3  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.721847 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10900  hypothetical protein  32.24 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.028052  normal  0.399666 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0957  methyltransferase type 12  36.36 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0352326 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3198  glycosyl transferase family 2  31.65 
 
 		 1015 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7716  NodS family protein  27.56 
 
 		 209 aa  51.6  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0210387  normal  0.935412 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2300  methyltransferase type 11  31.69 
 
 		 260 aa  46.6  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1957  methyltransferase type 11  34.19 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.476882  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01410  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  31.82 
 
 		 233 aa  46.6  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.420732  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1330  Methyltransferase type 11  28.87 
 
 		 252 aa  46.2  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1844  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  35.24 
 
 		 251 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0710612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5357  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  33 
 
 		 243 aa  45.1  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4077  hypothetical protein  27.91 
 
 		 229 aa  45.1  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1264  hypothetical protein  27.13 
 
 		 229 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3721  Methyltransferase type 11  30.36 
 
 		 225 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1282  hypothetical protein  28.81 
 
 		 231 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3977  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  32.08 
 
 		 233 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.296594  normal  0.175655 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0339  hypothetical protein  35.56 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.255644  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1983  methyltransferase type 12  35.56 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.377104  normal  0.388188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3732  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  32.08 
 
 		 233 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254048  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3206  Methyltransferase type 11  28.89 
 
 		 234 aa  42.7  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.457665  normal  0.153588 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2905  Methyltransferase type 11  25.96 
 
 		 234 aa  42.4  0.004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1226  methyltransferase  25.23 
 
 		 263 aa  42.4  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.581688 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1666  protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase  31.11 
 
 		 233 aa  42.4  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.987089 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0619  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  31.13 
 
 		 236 aa  42  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00265376  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2950  glycosyl transferase family 2  30.97 
 
 		 1001 aa  42  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1317  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  29.75 
 
 		 233 aa  42  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.615277  normal  0.153656 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3698  hypothetical protein  27.27 
 
 		 449 aa  42  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0647  Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase  28.7 
 
 		 216 aa  41.6  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.14282 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0606  Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase  28.7 
 
 		 236 aa  41.6  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.486353  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2836  glycosyl transferase family protein  33.33 
 
 		 1759 aa  41.2  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244809 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1349  methyltransferase type 11  30 
 
 		 581 aa  41.2  0.01  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00108025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>