53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2407 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3350  hypothetical protein  99.57 
 
 
463 aa  944    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2407  hypothetical protein  100 
 
 
463 aa  947    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2054  hypothetical protein  86.61 
 
 
463 aa  838    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.254497  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3902  hypothetical protein  61.74 
 
 
471 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11907  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1483  hypothetical protein  34.79 
 
 
488 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7012  hypothetical protein  34.79 
 
 
488 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0419358 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6346  hypothetical protein  34.79 
 
 
488 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118536  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2383  hypothetical protein  34.58 
 
 
502 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0916169  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6127  hypothetical protein  34.35 
 
 
509 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1277  hypothetical protein  34.64 
 
 
514 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2395  hypothetical protein  35.02 
 
 
477 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.466905  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1400  hypothetical protein  34.18 
 
 
512 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0918  hypothetical protein  34.18 
 
 
512 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5613  hypothetical protein  34.79 
 
 
491 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0706869  normal  0.469482 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1378  hypothetical protein  34.18 
 
 
510 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294238  normal  0.306366 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4543  hypothetical protein  33.72 
 
 
492 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.277933  normal  0.737886 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0692  hypothetical protein  34.35 
 
 
553 aa  239  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.850291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1989  hypothetical protein  34.35 
 
 
529 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.436263  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5727  hypothetical protein  33.86 
 
 
480 aa  237  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.380995  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5830  hypothetical protein  34.56 
 
 
491 aa  236  7e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.41171 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1311  hypothetical protein  33.72 
 
 
514 aa  234  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.127112 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0801  hypothetical protein  35.71 
 
 
530 aa  233  7.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535256  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0601  hypothetical protein  34.11 
 
 
561 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3144  hypothetical protein  32.39 
 
 
488 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0191  hypothetical protein  31.85 
 
 
487 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0897253 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5591  hypothetical protein  32.33 
 
 
473 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.52477 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2333  hypothetical protein  34.73 
 
 
427 aa  206  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.179446  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4275  hypothetical protein  31.35 
 
 
455 aa  195  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.644089  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2386  hypothetical protein  32.33 
 
 
449 aa  194  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.164497  normal  0.439216 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5456  hypothetical protein  28.15 
 
 
453 aa  160  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2219  hypothetical protein  31.91 
 
 
469 aa  156  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0363094  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2148  hypothetical protein  28.47 
 
 
460 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000428746  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3912  hypothetical protein  26.13 
 
 
475 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0937  hypothetical protein  30.47 
 
 
564 aa  117  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2323  hypothetical protein  26.48 
 
 
481 aa  99.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.696472  decreased coverage  0.0026081 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2880  hypothetical protein  24.24 
 
 
231 aa  96.7  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0240  hypothetical protein  28.15 
 
 
440 aa  74.7  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2317  hypothetical protein  27.49 
 
 
572 aa  74.3  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4762  hypothetical protein  24.58 
 
 
464 aa  64.7  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0508  hypothetical protein  24.7 
 
 
580 aa  62  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.418611  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0622  hypothetical protein  21.36 
 
 
511 aa  56.6  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000219002  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01144  hypothetical protein  24.01 
 
 
428 aa  50.4  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4327  hypothetical protein  25.72 
 
 
513 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.547198 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3959  hypothetical protein  25.72 
 
 
514 aa  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.134116  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1517  hypothetical protein  25.5 
 
 
473 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.541458 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1806  hypothetical protein  50 
 
 
130 aa  48.1  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1129  hypothetical protein  22.64 
 
 
514 aa  45.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0265862  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2407  hypothetical protein  24.48 
 
 
441 aa  45.1  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.349259  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1519  hypothetical protein  24.04 
 
 
508 aa  45.1  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1798  hypothetical protein  24.04 
 
 
508 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693151  normal  0.113847 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1078  hypothetical protein  23.35 
 
 
472 aa  43.9  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0113368  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3039  hypothetical protein  24.8 
 
 
480 aa  43.9  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0289115  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0904  hypothetical protein  27.34 
 
 
498 aa  43.5  0.009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>