More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2316 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3453  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  99.54 
 
 
433 aa  853    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.917862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2484  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  97.22 
 
 
432 aa  803    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.280343  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2316  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
432 aa  857    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2935  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  92.36 
 
 
432 aa  765    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.14503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2891  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  58.8 
 
 
433 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.392127  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.04 
 
 
458 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1333  histidine kinase  38.96 
 
 
461 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249082  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.96 
 
 
461 aa  259  9e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0870  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
469 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1235  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 
456 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403806  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 
456 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  38.25 
 
 
433 aa  245  9e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3390  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 
428 aa  243  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1145  sensor histidine kinase  42.24 
 
 
442 aa  240  5e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1518  sensor histidine kinase  42.24 
 
 
442 aa  240  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.250734  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0095  sensor histidine kinase  42.24 
 
 
442 aa  240  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18865  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1740  sensor histidine kinase  38.24 
 
 
442 aa  239  9e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187783  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  38.26 
 
 
428 aa  239  9e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2258  sensor kinase protein  41.95 
 
 
442 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1018  sensor histidine kinase  41.95 
 
 
442 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0933  sensor histidine kinase  41.67 
 
 
442 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141795  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  37.32 
 
 
428 aa  224  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2591  sensor protein RstB  34.49 
 
 
434 aa  190  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1825  sensor protein RstB  40.43 
 
 
434 aa  188  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.213724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1936  sensor protein RstB  40.43 
 
 
434 aa  188  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1753  sensor protein RstB  32.25 
 
 
435 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.280951  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1840  sensor protein RstB  30.49 
 
 
432 aa  180  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0557058 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
546 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.73 
 
 
429 aa  179  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.198477  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1580  sensor protein RstB  29.75 
 
 
433 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  0.442453 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1703  sensor protein RstB  29.52 
 
 
436 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181104  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1789  sensor protein RstB  31.57 
 
 
451 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1817  sensor protein RstB  28.83 
 
 
433 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0672231  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1872  sensor protein RstB  29.52 
 
 
433 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00123019  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2034  histidine kinase  28.83 
 
 
433 aa  173  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0105815  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1590  sensor protein RstB  28.83 
 
 
433 aa  173  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00520331  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1570  sensor protein RstB  29.52 
 
 
433 aa  173  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165885  normal  0.0828626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2319  sensor protein RstB  28.83 
 
 
433 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220654  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  36.5 
 
 
536 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000580  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  32.7 
 
 
431 aa  173  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00239122  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1639  sensor protein RstB  29.52 
 
 
433 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.449501  normal  0.84146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01578  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  28.6 
 
 
433 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0585044  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01568  hypothetical protein  28.6 
 
 
433 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0704541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1684  sensor protein RstB  28.6 
 
 
433 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457824  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2021  sensor protein RstB  28.6 
 
 
433 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1795  sensor protein RstB  28.83 
 
 
433 aa  172  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0023579  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3147  sensor histidine kinase  37.97 
 
 
478 aa  169  9e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0895878  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3170  sensor histidine kinase  34.71 
 
 
428 aa  169  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.48 
 
 
535 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 
535 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7582  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2581  sensor protein RstB  31.92 
 
 
437 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1212  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
535 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.111449  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 
535 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.955625  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2320  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
523 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2276  sensor protein RstB  31.17 
 
 
437 aa  163  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0559162  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  38.54 
 
 
464 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 
563 aa  156  8e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3391  histidine kinase  33.15 
 
 
485 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0812164  normal  0.286483 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.25 
 
 
536 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.88 
 
 
417 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0627622  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  35.71 
 
 
453 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
427 aa  152  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143276 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  33.55 
 
 
458 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 
454 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 
458 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3001  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.44 
 
 
429 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0551  sensor protein RstB, putative  31.31 
 
 
429 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142543  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3107  histidine kinase  39.85 
 
 
428 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 
376 aa  150  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000167988 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
458 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
420 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000317238  normal  0.345558 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 
550 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4221  two-component sensor  38.01 
 
 
538 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4368  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.04612  normal  0.0125384 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 
430 aa  147  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.41247  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0877  histidine kinase  33.69 
 
 
422 aa  146  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000773434  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3678  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 
376 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.227613 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.09 
 
 
471 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0472  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
448 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0505996  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0753  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 
376 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0120668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
449 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  31.34 
 
 
452 aa  144  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49420  two-component sensor  35.56 
 
 
452 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0003153  normal  0.529806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  33.45 
 
 
449 aa  144  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2801  sensor protein RstB, putative  32.88 
 
 
420 aa  143  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05292  histidine kinase  32.08 
 
 
428 aa  143  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
449 aa  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  31.41 
 
 
458 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0680  sensor histidine kinase  27.88 
 
 
433 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
449 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2324  histidine kinase  29.19 
 
 
561 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00982982  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000439067  normal  0.678719 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3430  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
376 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
376 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  unclonable  0.0000179203 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5350  histidine kinase  34.88 
 
 
376 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485302  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  32.97 
 
 
449 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2021  signal transduction histidine kinase sensor  28.65 
 
 
561 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.887772 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1866  putative two-component system sensor kinase  32.9 
 
 
468 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
760 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.166244 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>