More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1604 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4264  coproporphyrinogen III oxidase  99.57 
 
 
460 aa  942    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19920  coproporphyrinogen III oxidase  73.68 
 
 
458 aa  712    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1993  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  77.39 
 
 
460 aa  748    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0376675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3423  coproporphyrinogen III oxidase  77.01 
 
 
461 aa  743    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1813  coproporphyrinogen III oxidase  83.48 
 
 
460 aa  807    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3786  coproporphyrinogen III oxidase  75.87 
 
 
460 aa  731    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2613  coproporphyrinogen III oxidase  77.61 
 
 
460 aa  744    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0494061  normal  0.675142 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3829  coproporphyrinogen III oxidase  97.39 
 
 
460 aa  923    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.618416  normal  0.919193 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3582  coproporphyrinogen III oxidase  93.91 
 
 
460 aa  895    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308056  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1604  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
460 aa  944    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0967735  normal  0.0165321 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44470  coproporphyrinogen III oxidase  76.3 
 
 
460 aa  735    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.063876  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1237  coproporphyrinogen III oxidase  59.52 
 
 
465 aa  551  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.828394  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0501  coproporphyrinogen III oxidase  52.61 
 
 
460 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0878  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.52 
 
 
461 aa  506  9.999999999999999e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1289  coproporphyrinogen III oxidase  53.66 
 
 
473 aa  504  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0305  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.95 
 
 
463 aa  495  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0548818  hitchhiker  0.000383686 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0134  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.95 
 
 
463 aa  495  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3100  coproporphyrinogen III oxidase  53.96 
 
 
469 aa  497  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1008  coproporphyrinogen III oxidase  52.74 
 
 
460 aa  488  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1092  coproporphyrinogen III oxidase  52.74 
 
 
460 aa  488  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1048  coproporphyrinogen III oxidase  52.68 
 
 
471 aa  486  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1208  coproporphyrinogen III oxidase  53.93 
 
 
462 aa  484  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.710207  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1511  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  52.47 
 
 
462 aa  479  1e-134  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.641455  hitchhiker  0.00827535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3483  coproporphyrinogen III oxidase  51.54 
 
 
494 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.331416  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3156  coproporphyrinogen III oxidase  51.76 
 
 
494 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.574693 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3122  coproporphyrinogen III oxidase  51.22 
 
 
461 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0855  coproporphyrinogen III oxidase  50.66 
 
 
461 aa  475  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1162  coproporphyrinogen III oxidase  52.19 
 
 
460 aa  473  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0602  coproporphyrinogen III oxidase  50.33 
 
 
470 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2783  coproporphyrinogen III oxidase  52.19 
 
 
460 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.682554  normal  0.601804 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0115  coproporphyrinogen III oxidase  51.61 
 
 
465 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4884  coproporphyrinogen III oxidase  52.97 
 
 
457 aa  470  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0254001  hitchhiker  0.00000556041 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0019  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.09 
 
 
464 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1509  coproporphyrinogen III oxidase  50.78 
 
 
464 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0230115  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2234  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  49.34 
 
 
456 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0025864  normal  0.861147 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3774  coproporphyrinogen III oxidase  51.1 
 
 
468 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.46395  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3284  coproporphyrinogen III oxidase  50.63 
 
 
510 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4192  coproporphyrinogen III oxidase  51.43 
 
 
457 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.799407  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2171  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
464 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.467483  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0024  coproporphyrinogen III oxidase  51.43 
 
 
457 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0201476  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0026  coproporphyrinogen III oxidase  51.43 
 
 
457 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0394693  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2042  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
464 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.241644  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0738  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
464 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.507081  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3061  coproporphyrinogen III oxidase  50.33 
 
 
464 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2571  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
464 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4099  coproporphyrinogen III oxidase  51.87 
 
 
457 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.740793  normal  0.772417 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3323  coproporphyrinogen III oxidase  53.57 
 
 
489 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3096  coproporphyrinogen III oxidase  50.33 
 
 
464 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3122  coproporphyrinogen III oxidase  50.33 
 
 
464 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2449  coproporphyrinogen III oxidase  51.28 
 
 
514 aa  462  1e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0042  coproporphyrinogen III oxidase  51 
 
 
446 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2402  coproporphyrinogen III oxidase  51.42 
 
 
480 aa  464  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03752  coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4120  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4149  coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20297  normal  0.0195614 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5313  coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00391733  normal  0.998982 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3720  coproporphyrinogen III oxidase  51.22 
 
 
446 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.959602  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4730  coproporphyrinogen III oxidase  50.33 
 
 
458 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3964  coproporphyrinogen III oxidase  52.18 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0669093  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4286  coproporphyrinogen III oxidase  52.09 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00813614  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4215  coproporphyrinogen III oxidase  52.09 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419471  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00581  coproporphyrinogen III oxidase  51.21 
 
 
463 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4251  coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.172293  normal  0.0658119 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4342  coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.343307  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4332  coproporphyrinogen III oxidase  52.09 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.0040942  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1938  coproporphyrinogen III oxidase  50.54 
 
 
465 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1825  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4386  coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245884  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3626  coproporphyrinogen III oxidase  51.66 
 
 
446 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4393  coproporphyrinogen III oxidase  52.09 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03701  hypothetical protein  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0677852  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1372  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  49.46 
 
 
478 aa  458  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.292242  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0791  coproporphyrinogen III oxidase  50.33 
 
 
463 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.680878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4092  coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0515702  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2771  coproporphyrinogen III oxidase  50.76 
 
 
487 aa  461  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0315162 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1531  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
460 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.304653  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2126  coproporphyrinogen III oxidase  51.28 
 
 
514 aa  456  1e-127  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.94449  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4018  coproporphyrinogen III oxidase  49.67 
 
 
463 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.809241  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0090  coproporphyrinogen III oxidase  51.22 
 
 
446 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142789 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4351  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
446 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0435  coproporphyrinogen III oxidase  50.11 
 
 
463 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4493  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
446 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320649 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0047  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
446 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.577126  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0472  coproporphyrinogen III oxidase  49.67 
 
 
455 aa  456  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.953637  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4236  coproporphyrinogen III oxidase  51.87 
 
 
485 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139524  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0802  coproporphyrinogen III oxidase  49.89 
 
 
463 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.519619  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0914  coproporphyrinogen III oxidase  50.11 
 
 
463 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.652481  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001911  coproporphyrinogen III oxidase oxygen-independent  50.99 
 
 
463 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4296  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
446 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000258009 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3913  coproporphyrinogen III oxidase  50.33 
 
 
446 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0884  coproporphyrinogen III oxidase  49.45 
 
 
463 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.599698 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1129  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  48.48 
 
 
471 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.101804 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0053  coproporphyrinogen III oxidase  50.78 
 
 
446 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.59946  normal  0.060899 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2483  coproporphyrinogen III oxidase  48.16 
 
 
484 aa  452  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00279185  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0096  coproporphyrinogen III oxidase  50.78 
 
 
446 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0233  coproporphyrinogen III oxidase  50.77 
 
 
457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.891625  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4161  coproporphyrinogen III oxidase  51.43 
 
 
457 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0332782  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0086  coproporphyrinogen III oxidase  50.55 
 
 
446 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.652683  normal  0.197179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2470  coproporphyrinogen III oxidase  50.21 
 
 
476 aa  448  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3474  coproporphyrinogen III oxidase  52.27 
 
 
500 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0207  coproporphyrinogen III oxidase  49.68 
 
 
455 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119827  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>