More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1004 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1004  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
211 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0965  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  99.53 
 
 
211 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0907722  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0972  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  99.05 
 
 
211 aa  420  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.705437  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4250  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  98.58 
 
 
211 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0870  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  96.68 
 
 
211 aa  410  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.144318  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4439  ATP phosphoribosyltransferase  95.24 
 
 
211 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.309969  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4134  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  95.24 
 
 
211 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0333994  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0883  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  93.36 
 
 
211 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.332563  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5021  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  92.86 
 
 
211 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12920  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  92.34 
 
 
211 aa  390  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57800  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  92.38 
 
 
211 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2216  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  73.43 
 
 
215 aa  308  4e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2702  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  70.19 
 
 
214 aa  304  6e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.805897  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0743  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  71.22 
 
 
216 aa  297  7e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.881106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2213  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  68.27 
 
 
216 aa  294  7e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0380  ATP phosphoribosyltransferase  70.24 
 
 
216 aa  293  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.162364  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1964  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  69.23 
 
 
213 aa  290  1e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.952274  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3169  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  66.67 
 
 
213 aa  290  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.992419  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0502  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  67.16 
 
 
223 aa  287  9e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2779  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  63.94 
 
 
213 aa  275  3e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1903  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  63.11 
 
 
231 aa  273  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125958  normal  0.0121061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2407  ATP phosphoribosyltransferase  64.39 
 
 
214 aa  272  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.155904  normal  0.103164 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2193  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  62.62 
 
 
231 aa  271  5.000000000000001e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000274896  normal  0.0321115 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0766  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  63.86 
 
 
216 aa  268  5e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2113  ATP phosphoribosyltransferase  66.18 
 
 
214 aa  267  1e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0988  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  65.37 
 
 
208 aa  266  2e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0899  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  61.61 
 
 
214 aa  261  4.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.311251  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3388  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  61.43 
 
 
214 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1890  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  61.81 
 
 
216 aa  253  1.0000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0247  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.41 
 
 
214 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0538272  normal  0.0550538 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0397  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.65 
 
 
232 aa  247  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3561  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.65 
 
 
232 aa  247  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.399643  hitchhiker  0.0000178128 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0820  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.46 
 
 
227 aa  247  9e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0403  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.87 
 
 
217 aa  245  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3522  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.4 
 
 
217 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2760  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  57.69 
 
 
232 aa  242  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0830  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  57.89 
 
 
214 aa  241  6e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81865  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0327  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  55.92 
 
 
217 aa  240  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0351  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  55.92 
 
 
217 aa  240  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.337302 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2994  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.25 
 
 
218 aa  240  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2683  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  55.92 
 
 
217 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0342  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  55.92 
 
 
217 aa  240  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0424  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  55.92 
 
 
217 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2715  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.25 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2766  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.25 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1586  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.86 
 
 
214 aa  239  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0087708 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3694  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.25 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2945  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  55.45 
 
 
212 aa  239  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1787  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.25 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3725  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.25 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3667  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.25 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3238  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.25 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.297185  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1164  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.13 
 
 
213 aa  236  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.746546  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0726  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.46 
 
 
216 aa  236  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0759  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.46 
 
 
216 aa  236  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.185722  normal  0.0720902 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3249  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.73 
 
 
224 aa  234  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.845388  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1023  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  57.35 
 
 
222 aa  233  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.9488  normal  0.701782 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2883  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  54.67 
 
 
229 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0511367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3230  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  54.42 
 
 
229 aa  231  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0803  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  57.14 
 
 
233 aa  231  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0106  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.31 
 
 
208 aa  231  8.000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.940502  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3112  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  55.77 
 
 
224 aa  229  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.141197  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0695  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  55.24 
 
 
217 aa  229  3e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.59659 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0105  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  57.28 
 
 
208 aa  228  4e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.951142 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4452  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.37 
 
 
252 aa  228  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.121483  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5526  ATP phosphoribosyltransferase  54.55 
 
 
216 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2649  ATP phosphoribosyltransferase  53.11 
 
 
215 aa  214  7e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3040  ATP phosphoribosyltransferase  53.11 
 
 
215 aa  214  7e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0383  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.48 
 
 
212 aa  205  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3101  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.24 
 
 
212 aa  203  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3801  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.52 
 
 
212 aa  203  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3706  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.52 
 
 
212 aa  203  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0819  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  51.67 
 
 
213 aa  203  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0887901  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2689  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.24 
 
 
219 aa  201  5e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3043  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50 
 
 
212 aa  197  9e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00016685  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4058  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.85 
 
 
234 aa  192  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.441142  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3157  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.75 
 
 
207 aa  191  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2980  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  48.29 
 
 
206 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.810221  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2881  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  46.73 
 
 
213 aa  186  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2786  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.85 
 
 
215 aa  185  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2027  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  45.93 
 
 
223 aa  186  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0111404 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1000  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  46.19 
 
 
213 aa  184  6e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.826132  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0381  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  45.33 
 
 
214 aa  181  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2174  ATP phosphoribosyltransferase  46.12 
 
 
205 aa  181  8.000000000000001e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0924  ATP phosphoribosyltransferase  46.92 
 
 
213 aa  180  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00452577  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2919  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  45.79 
 
 
223 aa  180  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2777  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  44.19 
 
 
221 aa  179  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0752038  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1128  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  43.48 
 
 
210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1479  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  46.92 
 
 
209 aa  178  4.999999999999999e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5474  ATP phosphoribosyltransferase  47.14 
 
 
231 aa  177  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.469215  normal  0.169247 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1458  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  43.27 
 
 
211 aa  174  7e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1964  ATP phosphoribosyltransferase  43.48 
 
 
206 aa  174  8e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1327  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  41.83 
 
 
211 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1525  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  42.31 
 
 
211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3886  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  41.83 
 
 
211 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1564  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  41.83 
 
 
211 aa  171  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1316  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  41.83 
 
 
211 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1290  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  41.83 
 
 
211 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1425  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  41.83 
 
 
211 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1289  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  41.35 
 
 
211 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>