More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0015 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0574  CopA family copper resistance protein  86.74 
 
 		 619 aa  1171    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0450  CopA family copper resistance protein  53.86 
 
 		 633 aa  660    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2205  CopA family copper resistance protein  64.42 
 
 		 574 aa  850    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5380  copper resistance protein A  91.03 
 
 		 669 aa  1260    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.537951 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0017  CopA family copper resistance protein  100 
 
 		 652 aa  1343    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0816359  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3914  copper resistance protein A  71.32 
 
 		 589 aa  948    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5336  copper-resistance protein, CopA family  56.41 
 
 		 631 aa  669    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0015  CopA family copper resistance protein  100 
 
 		 671 aa  1381    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.156592  normal  0.0651456 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1719  copper-resistance protein, CopA family  56.41 
 
 		 631 aa  669    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5100  copper-resistance protein, CopA family  53.55 
 
 		 640 aa  647    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0626586 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0249  CopA family copper resistance protein  55.57 
 
 		 672 aa  704    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00250  Copper-resistance protein A precursor CopA family  71.93 
 
 		 621 aa  970    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0267708  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1493  twin-arginine translocation pathway signal:copper-resistance protein CopA  71.28 
 
 		 606 aa  947    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1571  twin-arginine translocation pathway signal:copper-resistance protein CopA  70.25 
 
 		 592 aa  907    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.402228  normal  0.015663 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2489  twin-arginine translocation pathway signal:copper-resistance protein CopA  53.86 
 
 		 598 aa  659    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.211197  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0108  copper resistance protein A precursor  57.76 
 
 		 606 aa  743    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0092  CopA family copper resistance protein  57.23 
 
 		 606 aa  742    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1573  copper-resistance protein CopA  51.86 
 
 		 664 aa  665    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2116  copper-resistance protein CopA  51.11 
 
 		 666 aa  653    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0272  copper-resistance protein, CopA family  54.41 
 
 		 656 aa  697    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1947  putative copper resistance transmembrane protein  54.42 
 
 		 627 aa  665    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.809096 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3416  CopA family copper resistance protein  69.48 
 
 		 605 aa  909    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1779  copper-resistance protein, CopA family  53.94 
 
 		 612 aa  644    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.976781  normal  0.472937 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3546  copper-resistance protein CopA  55.38 
 
 		 664 aa  699    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0666183  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5180  CopA family copper resistance protein  88.19 
 
 		 605 aa  1177    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3231  copper resistance protein A precursor  75.15 
 
 		 607 aa  966    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.100159  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6112  multi-Cu(II) oxidase CopA  55.52 
 
 		 614 aa  675    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0215079  normal  0.483267 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5671  copper resistance protein A  55.09 
 
 		 605 aa  655    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.561345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1235  CopA family copper resistance protein  53.14 
 
 		 630 aa  661    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1713  CopA family copper resistance protein  84.05 
 
 		 580 aa  1113    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.476004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0015  CopA family copper resistance protein  100 
 
 		 652 aa  1343    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1969  copper-resistance protein, CopA family protein  55.96 
 
 		 657 aa  711    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2338  CopA family copper resistance protein  57.94 
 
 		 626 aa  726    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37790  copper resistance protein A precursor  74.73 
 
 		 606 aa  961    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00238596  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3257  CopA family copper resistance protein  54.65 
 
 		 581 aa  651    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202502  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4287  CopA family copper resistance protein  52.84 
 
 		 642 aa  660    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.221422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2219  CopA family copper resistance protein  82.21 
 
 		 604 aa  1094    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00411811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1828  CopA family copper resistance protein  59.97 
 
 		 566 aa  769    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.349275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1850  copper-resistance protein, CopA family  51.9 
 
 		 659 aa  634  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0157941  hitchhiker  0.0000000000246272 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0382  copper-resistance protein, CopA family  51.52 
 
 		 638 aa  630  1e-179  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2204  copper-resistance protein, CopA family  53.26 
 
 		 579 aa  616  1e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3810  copper-resistance protein CopA  77.47 
 
 		 572 aa  601  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.87992 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2490  copper-resistance protein, CopA family  46.64 
 
 		 601 aa  596  1e-169  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.997351 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3623  copper-resistance protein, CopA family  46.18 
 
 		 601 aa  593  1e-168  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0201  CopA family copper resistance protein  48.17 
 
 		 637 aa  588  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.978891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00405  Multicopper oxidase  49.84 
 
 		 604 aa  565  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4395  CopA family copper resistance protein  44.95 
 
 		 673 aa  556  1e-157  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0126  CopA family copper resistance protein  46.49 
 
 		 569 aa  542  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0190  putative copper resistance protein A precursor  45.79 
 
 		 680 aa  534  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2422  copper-resistance protein CopA  46.58 
 
 		 593 aa  534  1e-150  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0784  copper-resistance protein CopA  42.65 
 
 		 590 aa  500  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.44759 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2352  CopA family copper resistance protein  44.59 
 
 		 611 aa  497  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2136  copper-resistance protein CopA  42.9 
 
 		 584 aa  489  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0346  CopA family copper resistance protein  43.15 
 
 		 599 aa  486  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.513863  normal  0.476726 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3105  copper-resistance protein, CopA family  58.74 
 
 		 600 aa  476  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.497996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1324  copper-resistance protein CopA  63.76 
 
 		 561 aa  474  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03132  copper resistance protein A  60.66 
 
 		 602 aa  473  1e-132  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1840  copper-resistance protein, CopA family  61.48 
 
 		 604 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.71414  hitchhiker  0.0000125697 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0656  copper resistance transmembrane protein  62.01 
 
 		 605 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1266  copper-resistance protein, CopA family  56.61 
 
 		 594 aa  463  1e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0392055  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1375  copper-resistance protein, CopA family  54.06 
 
 		 621 aa  445  1e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.431573  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2456  copper-resistance protein CopA  53.57 
 
 		 564 aa  403  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.441362  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4267  CopA family copper resistance protein  52.93 
 
 		 630 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0548643 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2221  CopA family copper resistance protein  49.61 
 
 		 563 aa  376  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195638  normal  0.807745 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1707  copper-resistance protein, CopA family  53.54 
 
 		 561 aa  375  1e-102  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000264505  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0710  CopA family copper resistance protein  47.45 
 
 		 568 aa  367  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0956103 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2631  CopA family copper resistance protein  51.18 
 
 		 556 aa  368  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.269848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0697  copper-resistance protein CopA  51.76 
 
 		 568 aa  367  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1591  copper-resistance protein CopA  52.06 
 
 		 568 aa  365  1e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.336299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6647  multicopper oxidase type 3  35.35 
 
 		 946 aa  356  1e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0481943  normal  0.204114 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6893  multicopper oxidase type 3  34.35 
 
 		 941 aa  345  1e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.845063 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2929  copper-resistance protein CopA  47.21 
 
 		 594 aa  339  9.999999999999999e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.466077  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2345  hypothetical protein  32.08 
 
 		 1064 aa  332  1e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11743  copper resistance protein A precursor  34.8 
 
 		 809 aa  317  6e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.860806  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0800  copper resistance protein B  40.13 
 
 		 803 aa  237  6e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0192  multicopper oxidase, type 3  36.13 
 
 		 746 aa  227  7e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.398737  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3078  multicopper oxidase, type 3  37.58 
 
 		 871 aa  214  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2296  L-ascorbate oxidase  39.59 
 
 		 705 aa  209  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000773884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6113  Cu(II)/Cu(I) resistance outer membrane protein CopB  64.49 
 
 		 495 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.109399  normal  0.679723 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18340  copper-resistance protein, CopA family  33.44 
 
 		 521 aa  155  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.612163  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04900  predicted multicopper oxidase  33.44 
 
 		 521 aa  155  2.9999999999999998e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1830  multicopper oxidase, type 3  30.81 
 
 		 511 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5101  copper resistance B precursor  55.48 
 
 		 421 aa  153  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.082477 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1383  multicopper oxidase type 3  32.21 
 
 		 478 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.196753  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3033  multicopper oxidase type 3  32.34 
 
 		 477 aa  150  7e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2925  multicopper oxidase, type 3  33.02 
 
 		 536 aa  148  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.455185  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1839  copper resistance B precursor  53.16 
 
 		 429 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.425584  hitchhiker  0.0000315743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4521  multicopper oxidase, type 2  31.92 
 
 		 506 aa  145  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.562505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0310  multicopper oxidase, type 3  34.32 
 
 		 489 aa  145  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00058954  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10863  oxidase  32.06 
 
 		 504 aa  144  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014266 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4490  multicopper oxidase  32.09 
 
 		 551 aa  144  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248277  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5577  multicopper oxidase type 3  29.11 
 
 		 498 aa  143  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3169  multicopper oxidase type 3  31.92 
 
 		 513 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5702  multicopper oxidase, type 2  28.34 
 
 		 518 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.672954 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3672  multicopper oxidase, type 2  28.08 
 
 		 521 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.122206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5307  multicopper oxidase, type 2  30.12 
 
 		 518 aa  141  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.117713  normal  0.384729 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1105  multicopper oxidase type 3  31.89 
 
 		 565 aa  138  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0212  copper resistance protein, putative  29.05 
 
 		 554 aa  134  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.603214  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0255  multicopper oxidase family protein  29.05 
 
 		 554 aa  134  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000165445 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1908  multicopper oxidase family protein  28.57 
 
 		 546 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000964148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>