95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0013 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0013  copper resistance B precursor  100 
 
 
371 aa  762    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.188743  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0015  copper resistance B precursor  100 
 
 
371 aa  762    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0966383  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0013  copper resistance B precursor  100 
 
 
371 aa  762    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.001908  normal  0.0882664 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5379  copper resistance B precursor  83.06 
 
 
369 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.486591 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5182  copper resistance B precursor  83.29 
 
 
371 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.336515  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2217  copper resistance B precursor  75.53 
 
 
363 aa  569  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0429936  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0573  copper resistance B precursor  70.89 
 
 
311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.972949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1712  copper resistance B precursor  86.47 
 
 
288 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3232  copper resistance protein B  64.23 
 
 
397 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197761  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37810  copper resistance protein B precursor  65.8 
 
 
351 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0815776  normal  0.208347 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3811  copper resistance B precursor  67.86 
 
 
301 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.992888  normal  0.848683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1494  copper resistance B precursor  61.06 
 
 
312 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196943  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1570  copper resistance B precursor  63.91 
 
 
302 aa  359  5e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.729928  normal  0.0120943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3915  copper resistance protein B  65.52 
 
 
258 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00270  Copper resistance B precursor  58.69 
 
 
323 aa  349  4e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3106  copper resistance B precursor  52.94 
 
 
341 aa  325  6e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37471  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1827  copper resistance B precursor  57.68 
 
 
291 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193991  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2204  copper resistance protein B, putative  56 
 
 
294 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3415  copper resistance B precursor  59.32 
 
 
298 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6113  Cu(II)/Cu(I) resistance outer membrane protein CopB  46.13 
 
 
495 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.109399  normal  0.679723 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03131  copper resistance protein B  44.65 
 
 
368 aa  278  1e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1839  copper resistance B precursor  43.22 
 
 
429 aa  259  6e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.425584  hitchhiker  0.0000315743 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5101  copper resistance B precursor  39.18 
 
 
421 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.082477 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0657  copper resistance protein B  44.52 
 
 
346 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1778  copper resistance B precursor  45.16 
 
 
332 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.104151  normal  0.145157 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2421  copper resistance B precursor  37.56 
 
 
403 aa  227  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.754821 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1720  copper resistance B precursor  44.44 
 
 
324 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.099384  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5337  copper resistance B precursor  44.44 
 
 
324 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.931181  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1325  copper resistance protein B  53.55 
 
 
288 aa  226  3e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282385  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5670  copper resistance protein B  43.84 
 
 
360 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.366564  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2339  copper resistance B precursor  46.15 
 
 
343 aa  222  9e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254235  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2488  copper resistance B precursor  51.63 
 
 
337 aa  220  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.519855  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5375  copper resistance B precursor  48.39 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.357667 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1234  copper resistance B precursor  38.5 
 
 
326 aa  218  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1970  copper resistance B precursor  49.01 
 
 
237 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4288  copper resistance B precursor  49.01 
 
 
237 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.28688  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0250  copper resistance B precursor  49.01 
 
 
237 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0449  copper resistance B precursor  37.97 
 
 
326 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.835872  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1482  copper resistance B precursor  45.49 
 
 
272 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000648661 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3545  copper resistance B precursor  47.87 
 
 
237 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0320075  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0202  copper resistance B precursor  46.55 
 
 
260 aa  214  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2351  copper resistance B precursor  50.24 
 
 
398 aa  213  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2135  copper resistance B precursor  36.86 
 
 
351 aa  203  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0347  copper resistance B precursor  47.17 
 
 
236 aa  203  5e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.515255 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0273  copper resistance B precursor  42.65 
 
 
274 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.500422  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0785  copper resistance B precursor  42.03 
 
 
321 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.969863  normal  0.401852 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0093  copper resistance B precursor  40.06 
 
 
314 aa  195  8.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0381  copper resistance B precursor  45.87 
 
 
353 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1946  putative copper resistance protein B  38.3 
 
 
287 aa  190  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.300672  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2115  copper resistance B precursor  46.27 
 
 
235 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1574  copper resistance B precursor  45.77 
 
 
235 aa  189  8e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2930  copper resistance B precursor  37.13 
 
 
347 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3256  copper resistance B precursor  37.55 
 
 
318 aa  185  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.27948  normal  0.22863 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2220  copper resistance B precursor  44.83 
 
 
341 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.205984  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4396  copper resistance B precursor  42.92 
 
 
256 aa  184  3e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523353  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2205  copper resistance B precursor  46.31 
 
 
262 aa  181  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0109  copper resistance protein B precursor  39.31 
 
 
289 aa  177  4e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2491  copper resistance B precursor  43.98 
 
 
305 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3622  copper resistance B precursor  43.98 
 
 
305 aa  176  7e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1376  copper resistance B precursor  46.41 
 
 
247 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379919  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4266  copper resistance B precursor  42.92 
 
 
249 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.852956  decreased coverage  0.00992965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2630  copper resistance B precursor  35.89 
 
 
313 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1267  copper resistance B precursor  41.63 
 
 
303 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00955945  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2457  copper resistance B precursor  34.95 
 
 
323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.379097  normal  0.733317 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0189  putative copper resistance protein CopB precursor  41.62 
 
 
260 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1708  copper resistance B precursor  38.73 
 
 
237 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00160337  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0711  copper resistance B precursor  34.27 
 
 
354 aa  145  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.136599 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0696  putative copper-resistance protein CopB  31.47 
 
 
384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000706782  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00404  hypothetical protein  40.83 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0127  copper resistance B precursor  38.35 
 
 
246 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1590  copper-resistance protein CopB  32.13 
 
 
339 aa  100  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000266353  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0015  CopA family copper resistance protein  42.38 
 
 
652 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275431  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0017  CopA family copper resistance protein  42.38 
 
 
652 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0816359  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0015  CopA family copper resistance protein  42.38 
 
 
671 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.156592  normal  0.0651456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0574  CopA family copper resistance protein  38.65 
 
 
619 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0800  copper resistance protein B  23.41 
 
 
803 aa  62  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5380  copper resistance protein A  37.5 
 
 
669 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.537951 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0382  copper-resistance protein, CopA family  44.21 
 
 
638 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2931  hypothetical protein  25.12 
 
 
232 aa  55.1  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.771222  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6893  multicopper oxidase type 3  33.07 
 
 
941 aa  52.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845063 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0014  hypothetical protein  66.67 
 
 
113 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00739134  normal  0.0662412 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0016  hypothetical protein  76.47 
 
 
107 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.157597  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0014  hypothetical protein  66.67 
 
 
113 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.204027  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2345  hypothetical protein  20.88 
 
 
1064 aa  51.2  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3999  multicopper oxidase  40.91 
 
 
539 aa  48.9  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6647  multicopper oxidase type 3  40.2 
 
 
946 aa  48.5  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0481943  normal  0.204114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1713  CopA family copper resistance protein  40.26 
 
 
580 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.476004  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3546  copper-resistance protein CopA  37.6 
 
 
664 aa  47.4  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0666183  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5181  hypothetical protein  77.78 
 
 
107 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.385313  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5180  CopA family copper resistance protein  35.51 
 
 
605 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116065  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37790  copper resistance protein A precursor  51.11 
 
 
606 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00238596  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1969  copper-resistance protein, CopA family protein  42.22 
 
 
657 aa  45.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3914  copper resistance protein A  39.77 
 
 
589 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2219  CopA family copper resistance protein  54.17 
 
 
604 aa  44.3  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00411811  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2422  copper-resistance protein CopA  36.84 
 
 
593 aa  43.9  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>