156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3966 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3966  carbon storage regulator, CsrA  100 
 
 
137 aa  277  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0514023  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0885  carbon storage regulator  51.72 
 
 
70 aa  63.5  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.4873100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1640  carbon storage regulator  42.31 
 
 
81 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  hitchhiker  0.000536973 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0992  carbon storage regulator  56 
 
 
70 aa  62.4  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000161482  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1462  carbon storage regulator  41.03 
 
 
81 aa  62  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000365712  hitchhiker  0.0000230945 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  47.69 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000917661  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3566  carbon storage regulator  47.54 
 
 
62 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.054152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3339  carbon storage regulator  47.54 
 
 
62 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.114105  hitchhiker  0.000524878 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02546  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000137692  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3012  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00129826  hitchhiker  0.0000233045 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02511  hypothetical protein  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3942  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000017158  normal  0.528243 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103416  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3135  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000287741  hitchhiker  0.000767702 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3171  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000051155  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3028  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000946533  decreased coverage  0.00000698794 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2832  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.37638e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2979  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000170939  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2977  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  decreased coverage  0.0000534351 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3181  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000800823  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1016  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000119798  hitchhiker  0.00141183 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2818  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306437  hitchhiker  0.000110428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3426  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1117  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00529812  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0984  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00625603  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1129  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102923  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1200  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000197076  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1130  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245807  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181865  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1252  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000170855  hitchhiker  0.00000000459376 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3210  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00230567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3122  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000135841  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3237  carbon storage regulator  51.85 
 
 
61 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000628305  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1197  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000599283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3265  carbon storage regulator  47.69 
 
 
65 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000015331  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3372  carbon storage regulator  51.85 
 
 
61 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318708  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0999  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  57.8  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  45.9 
 
 
64 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3378  carbon storage regulator, CsrA  51.85 
 
 
58 aa  57.4  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000923466  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3547  carbon storage regulator  52 
 
 
65 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0375878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3832  carbon storage regulator  52 
 
 
65 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0845  carbon storage regulator  54 
 
 
64 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0820  carbon storage regulator  54 
 
 
64 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0440  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  44.78 
 
 
78 aa  57.4  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1050  carbon storage regulator  50 
 
 
64 aa  57.4  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000586166  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1938  carbon storage regulator  45.59 
 
 
65 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3201  carbon storage regulator  52 
 
 
65 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.481754  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  54 
 
 
65 aa  57  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1479  carbon storage regulator, CsrA  54 
 
 
67 aa  57  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0228801  normal  0.253432 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00146  carbon storage regulator  54 
 
 
70 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1291  carbon storage regulator, CsrA  50.91 
 
 
64 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.341556  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1214  carbon storage regulator  52 
 
 
65 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000424179  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1064  carbon storage regulator  46.15 
 
 
65 aa  56.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.998341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52570  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0097749  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3093  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  41.1 
 
 
77 aa  56.6  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3338  carbon storage regulator  46.15 
 
 
65 aa  56.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0466737  hitchhiker  0.0000666131 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1651  carbon storage regulator, CsrA  52 
 
 
71 aa  56.6  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2743  carbon storage regulator  46.15 
 
 
65 aa  56.6  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000840228  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2901  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.748507  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1613  carbon storage regulator  48 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000487274  hitchhiker  0.00000000608552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4610  carbon storage regulator  50 
 
 
61 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0391  carbon storage regulator  50 
 
 
64 aa  55.8  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1612  carbon storage regulator, CsrA  50.88 
 
 
82 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.734443 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1301  carbon storage regulator  50 
 
 
64 aa  55.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000114714  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1479  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  52 
 
 
66 aa  55.5  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0325311  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1218  carbon storage regulator  52 
 
 
65 aa  55.8  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000555934  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1319  carbon storage regulator  52 
 
 
65 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138416  hitchhiker  0.00721539 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0359  carbon storage regulator, CsrA  47.46 
 
 
71 aa  55.8  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0110429  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1043  carbon storage regulator  43.08 
 
 
65 aa  55.5  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4097  carbon storage regulator, CsrA  56.25 
 
 
79 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0637  carbon storage regulator  50 
 
 
66 aa  55.5  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002523  carbon storage regulator  50 
 
 
65 aa  54.7  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000181679  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3014  carbon storage regulator, CsrA  48.15 
 
 
71 aa  54.7  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00086435  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03509  carbon storage regulator  50 
 
 
65 aa  54.7  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02845  carbon storage regulator  48.15 
 
 
63 aa  54.7  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000287384  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0075  carbon storage regulator  50 
 
 
65 aa  54.7  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000905817  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0673  carbon storage regulator, CsrA  36.71 
 
 
83 aa  54.3  0.0000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000523838  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0697  carbon storage regulator, CsrA  36.71 
 
 
83 aa  54.3  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000794724  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3041  carbon storage regulator  43.06 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1588  carbon storage regulator, CsrA  53.19 
 
 
70 aa  53.9  0.0000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3626  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 
62 aa  53.9  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000153108  decreased coverage  0.0000000476241 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0146  carbon storage regulator  53.85 
 
 
68 aa  53.9  0.0000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000000207191  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2180  carbon storage regulator  53.85 
 
 
68 aa  53.9  0.0000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000766947  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0614  carbon storage regulator, CsrA  32.5 
 
 
83 aa  53.9  0.0000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0992  carbon storage regulator, CsrA  49.12 
 
 
103 aa  53.5  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.159406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1629  carbon storage regulator  50 
 
 
64 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634054  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3751  carbon storage regulator  50 
 
 
64 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0246  carbon storage regulator, CsrA  35.82 
 
 
75 aa  52.8  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3943  carbon storage regulator, putative  44.44 
 
 
64 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231512  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0102  carbon storage regulator  52 
 
 
71 aa  52.4  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0928  carbon storage regulator  48 
 
 
85 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0204  carbon storage regulator  46 
 
 
61 aa  52.4  0.000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2472  carbon storage regulator, CsrA  48.15 
 
 
70 aa  52.4  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767706  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0088  carbon storage regulator  52 
 
 
71 aa  52.4  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0821619  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0019  carbon storage regulator, CsrA  53.19 
 
 
77 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0309  carbon storage regulator, CsrA  33.33 
 
 
72 aa  52  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2239  carbon storage regulator, CsrA  41.82 
 
 
75 aa  51.2  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1999  carbon storage regulator, CsrA  41.82 
 
 
78 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2526  carbon storage regulator, CsrA  38.18 
 
 
79 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>