49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3578 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3578  hypothetical protein  100 
 
 
175 aa  356  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3825  hypothetical protein  95.43 
 
 
175 aa  340  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4260  hypothetical protein  95.4 
 
 
176 aa  340  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1608  hypothetical protein  94.83 
 
 
176 aa  338  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148481  normal  0.0232786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1817  hypothetical protein  74.01 
 
 
179 aa  278  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1997  hypothetical protein  69.89 
 
 
178 aa  250  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.591704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3420  hypothetical protein  68.75 
 
 
178 aa  248  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.300528  normal  0.0548017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3782  hypothetical protein  62.29 
 
 
179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222956  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44430  hypothetical protein  61.71 
 
 
179 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337511  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2609  hypothetical protein  55.49 
 
 
172 aa  192  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00411707  normal  0.558054 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19960  cytochrome c oxidase accessory protein CcoH  52.12 
 
 
167 aa  177  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177196  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2069  hypothetical protein  34.21 
 
 
169 aa  86.3  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.860685  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0638  hypothetical protein  33.77 
 
 
175 aa  84.7  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0105694  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1789  hypothetical protein  27.16 
 
 
171 aa  84  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.200799  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0718  hypothetical protein  35.33 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.388417  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1847  hypothetical protein  34.48 
 
 
158 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.227491  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2417  hypothetical protein  30.07 
 
 
190 aa  77  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1567  hypothetical protein  31.91 
 
 
161 aa  76.6  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2010  hypothetical protein  32.28 
 
 
159 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.7151  hitchhiker  0.0000000218476 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1965  hypothetical protein  32.28 
 
 
159 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0441287  hitchhiker  0.00747997 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2111  hypothetical protein  31.65 
 
 
159 aa  74.7  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0125675  normal  0.439118 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0637  FixH family protein  34.01 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2218  hypothetical protein  29.45 
 
 
159 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0257547  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1876  hypothetical protein  34.07 
 
 
185 aa  74.3  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0935  hypothetical protein  32.45 
 
 
159 aa  72.8  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1282  FixH family protein  31.47 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1955  hypothetical protein  29.01 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1049  hypothetical protein  32.82 
 
 
158 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2421  hypothetical protein  30 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000019522  hitchhiker  0.0000597978 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2360  hypothetical protein  30.19 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2014  hypothetical protein  36.27 
 
 
159 aa  72  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0149983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1989  hypothetical protein  37.86 
 
 
159 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.667905  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4491  hypothetical protein  29.94 
 
 
159 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2205  hypothetical protein  29.94 
 
 
159 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000648455  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2218  FixH family protein  29.3 
 
 
159 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000107723  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2215  hypothetical protein  29.58 
 
 
159 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02299  hypothetical protein  33.59 
 
 
158 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1795  hypothetical protein  28.48 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.390885  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2216  hypothetical protein  32.38 
 
 
159 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0316699  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2166  hypothetical protein  32.38 
 
 
159 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000514786  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003471  hypothetical protein  31.3 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601301  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02059  hypothetical protein  30.56 
 
 
136 aa  62.4  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0309564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1991  hypothetical protein  26.06 
 
 
164 aa  62  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1749  hypothetical protein  26.79 
 
 
195 aa  55.1  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173592 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0773  hypothetical protein  24.22 
 
 
193 aa  47.4  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0360313  normal  0.913908 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4300  hypothetical protein  37.5 
 
 
87 aa  45.1  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.486279  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1528  hypothetical protein  32.47 
 
 
94 aa  44.3  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3325  integral membrane protein linked to a cation pump-like  23.27 
 
 
169 aa  41.6  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1935  hypothetical protein  25.81 
 
 
95 aa  40.8  0.01  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.235684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>