More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3224 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3224  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.00000000148321  normal  0.133263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3568  LysR family transcriptional regulator  86.67 
 
 		 301 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000217515  normal  0.28284 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3934  LysR family transcriptional regulator  85.57 
 
 		 313 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000018681  normal  0.0208763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1900  LysR family transcriptional regulator  85.57 
 
 		 301 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000662496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 313 aa  152  8e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1337  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 302 aa  148  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2896  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.637701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  32.9 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32.98 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  34.14 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  31.97 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 312 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 327 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 311 aa  139  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>