More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2237 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3666  major facilitator transporter  91.89 
 
 		 444 aa  789    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.262449 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2237  general substrate transporter  100 
 
 		 444 aa  886    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0866984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2233  general substrate transporter  92.12 
 
 		 444 aa  790    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.527639 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2063  major facilitator transporter  91.67 
 
 		 444 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.667333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6280  major facilitator transporter  68.68 
 
 		 458 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.190534  normal  0.556482 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1693  major facilitator transporter  63.78 
 
 		 444 aa  559  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3304  General substrate transporter  60.47 
 
 		 456 aa  513  1e-144  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3727  major facilitator transporter  60.23 
 
 		 467 aa  505  9.999999999999999e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.140818  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0146  General substrate transporter  53.52 
 
 		 431 aa  454  1.0000000000000001e-126  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0013  putative permease  49.89 
 
 		 446 aa  433  1e-120  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01920  arabinose efflux permease family protein  48.43 
 
 		 449 aa  418  1e-116  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.535895 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0464  general substrate transporter  56.44 
 
 		 436 aa  387  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.122779  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1158  General substrate transporter  47.47 
 
 		 436 aa  380  1e-104  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1509  major facilitator superfamily proline/betaine transporter  40.24 
 
 		 503 aa  335  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3987  general substrate transporter  43.54 
 
 		 460 aa  333  2e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.854326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3928  general substrate transporter  43.54 
 
 		 460 aa  333  2e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.721766  normal  0.0801744 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3913  general substrate transporter  43.54 
 
 		 460 aa  333  2e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.231848  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3365  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  41.15 
 
 		 433 aa  333  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00021546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2178  General substrate transporter  40.71 
 
 		 495 aa  333  3e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1559  major facilitator transporter  42.14 
 
 		 454 aa  333  4e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.956191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1253  general substrate transporter  40.18 
 
 		 496 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.425201  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1159  general substrate transporter  40.38 
 
 		 493 aa  333  5e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.95972  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1420  proline/glycine betaine transporter  39.95 
 
 		 500 aa  332  7.000000000000001e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00160587  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4424  major facilitator transporter  39.95 
 
 		 495 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2038  general substrate transporter  40.18 
 
 		 527 aa  331  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1281  general substrate transporter  39.95 
 
 		 496 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0545029  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0952  General substrate transporter  43.83 
 
 		 430 aa  329  5.0000000000000004e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.328435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2381  general substrate transporter  43.94 
 
 		 439 aa  329  7e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.841245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4545  proline/glycine betaine transporter  37.92 
 
 		 500 aa  328  9e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.829312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4636  proline/glycine betaine transporter  37.7 
 
 		 500 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4552  proline/glycine betaine transporter  37.7 
 
 		 500 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4636  proline/glycine betaine transporter  37.7 
 
 		 500 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5978  general substrate transporter  40.71 
 
 		 552 aa  327  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0713244 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2625  General substrate transporter  39.29 
 
 		 503 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.994681 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2384  major facilitator superfamily MFS_1  41.32 
 
 		 443 aa  326  5e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.210469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1171  general substrate transporter  40.38 
 
 		 491 aa  326  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0956509  normal  0.0980355 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0953  general substrate transporter  41.48 
 
 		 458 aa  326  6e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.260148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2777  proline/glycine betaine transporter  39.49 
 
 		 500 aa  325  7e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.426081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2914  proline/glycine betaine transporter  39.49 
 
 		 500 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.839203 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1860  proline/glycine betaine transporter  38.11 
 
 		 500 aa  325  8.000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2869  proline/glycine betaine transporter  39.03 
 
 		 500 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6155  general substrate transporter  41.09 
 
 		 531 aa  323  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5839  general substrate transporter  42.82 
 
 		 453 aa  323  5e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450465 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2112  proline/glycine betaine transporter  38.8 
 
 		 500 aa  323  5e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0800  general substrate transporter  41.16 
 
 		 452 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4576  proline/glycine betaine transporter  37.64 
 
 		 500 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5997  general substrate transporter  40.62 
 
 		 489 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5889  general substrate transporter  40.38 
 
 		 489 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2955  general substrate transporter  42.3 
 
 		 444 aa  322  9.999999999999999e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00217924  normal  0.0672974 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2045  major facilitator transporter  45.05 
 
 		 445 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.817358 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5632  general substrate transporter  40.62 
 
 		 489 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0315  proline/glycine betaine transporter  38.69 
 
 		 500 aa  321  1.9999999999999998e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0135583 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4665  proline/glycine betaine transporter  37.41 
 
 		 500 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4351  proline/glycine betaine transporter  37.41 
 
 		 500 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3817  general substrate transporter  43.66 
 
 		 436 aa  320  3e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.133781 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7406  major facilitator transporter  40.86 
 
 		 489 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3831  general substrate transporter  43.66 
 
 		 436 aa  320  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3905  general substrate transporter  43.66 
 
 		 436 aa  320  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0290855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0467  general substrate transporter  42.25 
 
 		 434 aa  319  5e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000495817  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6488  general substrate transporter  40.38 
 
 		 489 aa  319  7e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932771 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03982  proline/glycine betaine transporter  37.41 
 
 		 500 aa  319  7.999999999999999e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3881  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  37.41 
 
 		 500 aa  319  7.999999999999999e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03943  hypothetical protein  37.41 
 
 		 500 aa  319  7.999999999999999e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5624  proline/glycine betaine transporter  37.41 
 
 		 500 aa  319  7.999999999999999e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3916  proline/glycine betaine transporter  37.41 
 
 		 500 aa  319  7.999999999999999e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2791  major facilitator superfamily MFS_1  41.94 
 
 		 443 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1103  major facilitator transporter  43.06 
 
 		 452 aa  318  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1958  general substrate transporter  39.95 
 
 		 441 aa  318  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0889  major facilitator transporter  40.88 
 
 		 447 aa  316  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.242663  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3056  major facilitator superfamily protein superfamily  39.52 
 
 		 485 aa  316  5e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.150401  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0069  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  38.52 
 
 		 445 aa  316  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.085509  hitchhiker  0.00969207 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2807  major facilitator family transporter  39.52 
 
 		 485 aa  316  6e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2757  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  39.52 
 
 		 485 aa  316  6e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000489566  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3017  major facilitator family transporter  39.52 
 
 		 485 aa  316  6e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.352179 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3020  major facilitator family transporter  39.52 
 
 		 485 aa  316  6e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3055  major facilitator family transporter  39.52 
 
 		 485 aa  316  6e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6159  general substrate transporter  41.55 
 
 		 461 aa  315  9e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5794  general substrate transporter  41.55 
 
 		 461 aa  315  9e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.390402  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6639  general substrate transporter  41.55 
 
 		 461 aa  315  9e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4433  amino acid MFS transporter  38.24 
 
 		 450 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000773933 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2738  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  39.52 
 
 		 485 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3018  major facilitator family transporter  39.52 
 
 		 485 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2222  major facilitator family transporter  39.52 
 
 		 485 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000297213 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3284  major facilitator transporter  45.28 
 
 		 445 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703744  normal  0.714733 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3801  major facilitator family transporter  43.75 
 
 		 445 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2780  proline/glycine betaine transporter  38.11 
 
 		 501 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4266  general substrate transporter  43.15 
 
 		 435 aa  314  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286575 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2411  major facilitator family transporter  45.28 
 
 		 445 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.421854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1453  general substrate transporter  39.33 
 
 		 482 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0358051  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2818  general substrate transporter  38.35 
 
 		 483 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.139895  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1753  major facilitator transporter  40.84 
 
 		 463 aa  313  4.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.945556  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32150  arabinose efflux permease family protein  40.65 
 
 		 467 aa  313  4.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.426648 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1914  major facilitator transporter  44.44 
 
 		 445 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197879 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6031  general substrate transporter  41.94 
 
 		 461 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3438  major facilitator transporter  43.06 
 
 		 448 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3836  general substrate transporter  43.36 
 
 		 445 aa  311  2e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0813841  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5260  major facilitator transporter  43.06 
 
 		 448 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0336827  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3910  general substrate transporter  43.36 
 
 		 441 aa  311  2e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0553  proline/betaine transporter  40.61 
 
 		 495 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1462  putative proline/betaine transporter  40.61 
 
 		 495 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>