More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5418 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5418  glutamate racemase  100 
 
 		 296 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393373 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0153  glutamate racemase  35.19 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  hitchhiker  0.000846216  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2160  glutamate racemase  29.96 
 
 		 267 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0454609  normal  0.382904 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1916  glutamate racemase  30.47 
 
 		 269 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1195  glutamate racemase  30.7 
 
 		 277 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1996  glutamate racemase  31.58 
 
 		 278 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1949  glutamate racemase  29.57 
 
 		 266 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.513252  normal  0.377399 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3824  glutamate racemase  33.33 
 
 		 264 aa  122  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0482316  normal  0.0601496 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1157  glutamate racemase  30.26 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.553374  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1516  glutamate racemase  30.27 
 
 		 271 aa  119  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1799  glutamate racemase  30.36 
 
 		 277 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.627391  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  31.15 
 
 		 267 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0781  glutamate racemase  31.28 
 
 		 291 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.264959 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1269  glutamate racemase  28.35 
 
 		 274 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  32.64 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000510238  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  34.26 
 
 		 265 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  32.35 
 
 		 287 aa  112  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000547214  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  31.22 
 
 		 285 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2361  glutamate racemase  34.26 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.566119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  31.22 
 
 		 285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  31.93 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  30.73 
 
 		 272 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03852  glutamate racemase  34.04 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000349509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4019  glutamate racemase  34.04 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000548786  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03801  hypothetical protein  34.04 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000631879  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  29.87 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4453  glutamate racemase  34.26 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  28.17 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4414  glutamate racemase  34.26 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000386576  hitchhiker  0.00203904 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5431  glutamate racemase  34.26 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000134929  normal  0.011427 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  29.1 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  33.62 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  33.62 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000739162  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4049  glutamate racemase  34.26 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000985082  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  30.28 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0827  glutamate racemase  29.03 
 
 		 271 aa  108  2e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0389659  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  31.98 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  31.54 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0396  glutamate racemase  30.84 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.971705 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  30.28 
 
 		 272 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  30.04 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000684264  normal  0.0718658 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  31.11 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  27.51 
 
 		 268 aa  106  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000122262  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  28.25 
 
 		 268 aa  106  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1797  glutamate racemase  33.49 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  32.87 
 
 		 260 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518556  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  32.87 
 
 		 260 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000170429  hitchhiker  0.00000000000595997 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  32.87 
 
 		 260 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  0.0000000000462365 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  32.87 
 
 		 260 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0055  glutamate racemase  32.6 
 
 		 272 aa  105  9e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0124044  normal  0.0422358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  30.71 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4460  glutamate racemase  32.87 
 
 		 260 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00398465  hitchhiker  0.000459053 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2226  glutamate racemase  31.98 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  31.02 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1317  glutamate racemase  33.94 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  31.25 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0603  glutamate racemase  34.4 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1606  glutamate racemase  32.63 
 
 		 265 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0588  glutamate racemase  34.4 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1613  glutamate racemase  29.95 
 
 		 272 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.572761  normal  0.655413 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0060  glutamate racemase  31.93 
 
 		 251 aa  102  6e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1207  glutamate racemase  31.02 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0860  glutamate racemase  32.7 
 
 		 284 aa  101  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000213664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  27.07 
 
 		 274 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  33.98 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000394018  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002158  glutamate racemase  28.89 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000004702  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  28.7 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000177868  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  27.07 
 
 		 274 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4337  glutamate racemase  28.95 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000357145  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3541  glutamate racemase  29.34 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.476153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3694  glutamate racemase  30.95 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  33.49 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  27.07 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3217  glutamate racemase  29.12 
 
 		 291 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  28.89 
 
 		 274 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1645  glutamate racemase  32.24 
 
 		 265 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  27.43 
 
 		 268 aa  99.8  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0232  glutamate racemase  30.43 
 
 		 277 aa  99.4  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000508837  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4236  glutamate racemase  33.01 
 
 		 269 aa  99  8e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0987  glutamate racemase  30.21 
 
 		 260 aa  99  8e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.507565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3000  glutamate racemase  27.88 
 
 		 270 aa  98.6  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  30.26 
 
 		 259 aa  98.2  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000153552  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0194  glutamate racemase  29.63 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010481  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0733  glutamate racemase  29.79 
 
 		 267 aa  97.8  2e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1768  glutamate racemase  31.15 
 
 		 266 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.454909  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0541  glutamate racemase  32.38 
 
 		 267 aa  97.8  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000256058  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  32.32 
 
 		 269 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4379  glutamate racemase  32.54 
 
 		 269 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.119134  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4220  glutamate racemase  32.54 
 
 		 269 aa  97.4  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.328787  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4717  glutamate racemase  32.54 
 
 		 269 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000252581  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4573  glutamate racemase  32.54 
 
 		 269 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  32.32 
 
 		 269 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1955  glutamate racemase  29.14 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00243974  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4589  glutamate racemase  32.54 
 
 		 269 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.547606  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  33.17 
 
 		 267 aa  96.7  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4623  glutamate racemase  32.54 
 
 		 269 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000438915  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  31.11 
 
 		 264 aa  96.7  4e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0161  glutamate racemase  29.07 
 
 		 270 aa  96.7  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0534068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  30.12 
 
 		 265 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3412  glutamate racemase  31.65 
 
 		 286 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>